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万見
- PDB-3c6l: Crystal structure of mouse MHC class II I-Ab/3K peptide complexed... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3c6l
タイトルCrystal structure of mouse MHC class II I-Ab/3K peptide complexed with mouse TCR 2W20
要素
  • 3K peptide, Linker,and H-2 class II histocompatibility antigen (A beta chain)
  • H-2 class II histocompatibility antigen, A-B alpha chain
  • TCR 2W20 alpha chain
  • TCR 2W20 beta chain
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / TCR-pMHC complex / Glycoprotein / Immune response / Membrane / MHC II / Transmembrane / SUGAR BINDING PROTEIN-IMMUNE SYSTEM COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of antigen processing and presentation / positive regulation of alpha-beta T cell activation / positive regulation of T-helper 1 type immune response / protein antigen binding / antigen processing and presentation of peptide antigen / B cell affinity maturation / positive regulation of T cell differentiation / response to type II interferon / antigen processing and presentation / toxic substance binding ...positive regulation of antigen processing and presentation / positive regulation of alpha-beta T cell activation / positive regulation of T-helper 1 type immune response / protein antigen binding / antigen processing and presentation of peptide antigen / B cell affinity maturation / positive regulation of T cell differentiation / response to type II interferon / antigen processing and presentation / toxic substance binding / negative regulation of T cell proliferation / multivesicular body / cellular response to type II interferon / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / MHC class II protein complex / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / positive regulation of T cell activation / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / adaptive immune response / lysosome / early endosome / immune response / lysosomal membrane / external side of plasma membrane / ubiquitin protein ligase binding / protein-containing complex binding / Golgi apparatus / cell surface / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / MHC classes I/II-like antigen recognition protein ...Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / Class II Histocompatibility Antigen, M Beta Chain; Chain B, domain 1 / MHC class II, beta chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, beta domain / Class II histocompatibility antigen, beta domain / MHC class II, alpha chain, N-terminal / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / Class II histocompatibility antigen, alpha domain / MHC class II, alpha/beta chain, N-terminal / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Roll / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
H-2 class II histocompatibility antigen, A-B alpha chain / H-2 class II histocompatibility antigen, A beta chain
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Dai, S.
引用ジャーナル: Immunity / 年: 2008
タイトル: Crossreactive T Cells spotlight the germline rules for alphabeta T cell-receptor interactions with MHC molecules.
著者: Dai, S. / Huseby, E.S. / Rubtsova, K. / Scott-Browne, J. / Crawford, F. / Macdonald, W.A. / Marrack, P. / Kappler, J.W.
履歴
登録2008年2月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年8月16日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software / Item: _software.classification
改定 1.32017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TCR 2W20 alpha chain
B: TCR 2W20 beta chain
C: H-2 class II histocompatibility antigen, A-B alpha chain
D: 3K peptide, Linker,and H-2 class II histocompatibility antigen (A beta chain)
E: TCR 2W20 alpha chain
F: TCR 2W20 beta chain
G: H-2 class II histocompatibility antigen, A-B alpha chain
H: 3K peptide, Linker,and H-2 class II histocompatibility antigen (A beta chain)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)186,08311
ポリマ－185,9638
非ポリマー1203
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)46.540, 113.930, 386.260
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 TCR 2W20 alpha chain


分子量: 20957.309 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): SF9
#2: タンパク質 TCR 2W20 beta chain


分子量: 26487.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): SF9
#3: タンパク質 H-2 class II histocompatibility antigen, A-B alpha chain / IAalpha


分子量: 20597.957 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 27-208 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: H2-Aa
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): SF9 / 参照: UniProt: P14434
#4: タンパク質 3K peptide, Linker,and H-2 class II histocompatibility antigen (A beta chain)


分子量: 24938.830 Da / 分子数: 2
Fragment: Fusion protein of Ealpha3K peptide residues 1-13, linker 14-28 and MHC class II Ab UNP residues 30-218
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: H2-Ab1, H2-iabeta
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): SF9 / 参照: UniProt: P14483
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
配列の詳細IN A RELATED ENTRY 1LNU, AUTHORS STATED TWO SEPARATE SEQUENCES, AN EALPHA3KPEPTIDE(1-13), AND ...IN A RELATED ENTRY 1LNU, AUTHORS STATED TWO SEPARATE SEQUENCES, AN EALPHA3KPEPTIDE(1-13), AND LINKER(14-28), WHICH START FROM RESIDUE 1 TO RESIDUE 28 WERE ADDED TO THE N-TERMINUS OF THE BETACHAIN OF THE CLASS II MHC IAB OF CHAINS D AND H

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.3 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 16% PEG 4000, 100mM calcium acetate, pH 6.0, Vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月9日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 5.4 % / Av σ(I) over netI: 8 / 数: 157260 / Rmerge(I) obs: 0.131 / Χ2: 1.65 / D res high: 3.4 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 28945 / % possible obs: 97.6
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
7.325099.110.0371.9235.4
5.817.3298.410.0831.7085.3
5.085.8198.110.1061.8565.4
4.615.0898.610.111.7895.5
4.284.6198.810.1361.5955.5
4.034.2899.110.2341.545.6
3.834.0399.310.4011.4865.5
3.663.839910.5311.5665.6
3.523.669610.7071.5195.4
3.43.5289.510.7691.4445.1
反射解像度: 3.4→50 Å / Num. obs: 28945 / % possible obs: 97.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.131 / Χ2: 1.649 / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル解像度: 3.4→3.52 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.769 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 2613 / Χ2: 1.444 / % possible all: 89.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
CNS1.1精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
HKL-3000データ削減
PHASES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.4→49.07 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 4521952 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.325 1425 4.9 %RANDOM
Rwork0.268 ---
obs-28844 97.7 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 39.886 Å2 / ksol: 0.283 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 95.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.64 Å20 Å20 Å2
2--19.01 Å20 Å2
3----16.37 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.59 Å0.46 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.83 Å0.74 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.4→49.07 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12714 0 3 0 12717
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.16
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 3.4→3.61 Å / Rfactor Rfree error: 0.027 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.406 225 5 %
Rwork0.348 4238 -
all-4463 -
obs-4238 92.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param&_1_TOPOLOGY_INFILE_1
X-RAY DIFFRACTION2carbohydrate.param&_1_TOPOLOGY_INFILE_2
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.param&_1_TOPOLOGY_INFILE_3
X-RAY DIFFRACTION4ion.param&_1_TOPOLOGY_INFILE_4
X-RAY DIFFRACTION5ioh.par&_1_TOPOLOGY_INFILE_5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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