- PDB-3c6f: Crystal structure of protein Bsu07140 from Bacillus subtilis -
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基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 3c6f
タイトル
Crystal structure of protein Bsu07140 from Bacillus subtilis
要素
YetF protein
キーワード
STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / UNCHARACTERIZED PROTEIN / PREDICTED MEMBRANE PROTEIN / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI-2 / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC
モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 2.21→50 Å / Num. obs: 31443 / % possible obs: 96.1 % / Observed criterion σ(I): -0.5 / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 5.7
反射 シェル
解像度: 2.21→2.28 Å / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.77 / Mean I/σ(I) obs: 0.4 / % possible all: 89.2
-
解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
SHELX
モデル構築
REFMAC
5.3.0034
精密化
MAR345
CCD
データ収集
HKL-2000
データ削減
HKL-2000
データスケーリング
SHELXD
位相決定
精密化
構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.5→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 13.217 / SU ML: 0.293 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.796 / ESU R Free: 0.342 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.28763
681
3.2 %
RANDOM
Rwork
0.23289
-
-
-
obs
0.2346
20786
98.86 %
-
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK