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万見
- PDB-3c5t: Crystal structure of the ligand-bound glucagon-like peptide-1 rec... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3c5t
タイトルCrystal structure of the ligand-bound glucagon-like peptide-1 receptor extracellular domain
要素
  • Exendin-4
  • Glucagon-like peptide 1 receptor
キーワードSignaling protein/Signaling protein / ligand-bound G protein-coupled receptor extracellular domain / G-protein coupled receptor / Glycoprotein / Membrane / Transducer / Transmembrane / Amidation / Cleavage on pair of basic residues / Secreted / Signaling protein-Signaling protein COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


glucagon-like peptide 1 receptor activity / glucagon receptor activity / hormone secretion / positive regulation of blood pressure / post-translational protein targeting to membrane, translocation / regulation of heart contraction / response to psychosocial stress / peptide hormone binding / activation of adenylate cyclase activity / cAMP-mediated signaling ...glucagon-like peptide 1 receptor activity / glucagon receptor activity / hormone secretion / positive regulation of blood pressure / post-translational protein targeting to membrane, translocation / regulation of heart contraction / response to psychosocial stress / peptide hormone binding / activation of adenylate cyclase activity / cAMP-mediated signaling / negative regulation of blood pressure / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / hormone activity / regulation of blood pressure / Glucagon-type ligand receptors / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / transmembrane signaling receptor activity / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / toxin activity / G alpha (s) signalling events / learning or memory / cell surface receptor signaling pathway / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / Hormone receptor fold / GPCR, family 2, glucagon-like peptide-1 receptor / : / Glucagon/GIP/secretin/VIP / Peptide hormone / Glucagon / GIP / secretin / VIP family signature. / Glucagon like hormones / GPCR, family 2, glucagon-like peptide-1/glucagon receptor / G-protein coupled receptors family 2 signature 1. ...GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / Hormone receptor fold / GPCR, family 2, glucagon-like peptide-1 receptor / : / Glucagon/GIP/secretin/VIP / Peptide hormone / Glucagon / GIP / secretin / VIP family signature. / Glucagon like hormones / GPCR, family 2, glucagon-like peptide-1/glucagon receptor / G-protein coupled receptors family 2 signature 1. / : / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / G-protein coupled receptors family 2 profile 1. / Domain present in hormone receptors / Hormone receptor domain / GPCR family 2, extracellular hormone receptor domain superfamily / G-protein coupled receptors family 2 signature 2. / GPCR, family 2, secretin-like, conserved site / GPCR, family 2, secretin-like / 7 transmembrane receptor (Secretin family) / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2. / Few Secondary Structures / Irregular
類似検索 - ドメイン・相同性
Exendin-4 / Glucagon-like peptide 1 receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Runge, S.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Crystal Structure of the Ligand-bound Glucagon-like Peptide-1 Receptor Extracellular Domain
著者: Runge, S. / Thogersen, H. / Madsen, K. / Lau, J. / Rudolph, R.
履歴
登録2008年2月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22018年5月23日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glucagon-like peptide 1 receptor
B: Exendin-4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,1983
ポリマ－17,7002
非ポリマー4991
水2,270126
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1370 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area8940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.910, 75.910, 87.770
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Glucagon-like peptide 1 receptor / GLP-1 receptor / GLP-1-R / GLP-1R


分子量: 14325.841 Da / 分子数: 1
断片: N-terminal extracellular domain, UNP residues 24-145
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: Glucagon-like peptide-1 receptor(GLP1R) / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P43220
#2: タンパク質・ペプチド Exendin-4 / Exenatide


分子量: 3373.765 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 56-86 / 由来タイプ: 合成
詳細: Exendin-4(9-39) was generated by chemical synthesis; this sequence occurs naturally in Heloderma suspectum.
参照: UniProt: P26349
#3: 糖 ChemComp-10M / decyl 4-O-alpha-D-glucopyranosyl-1-thio-beta-D-glucopyranoside / (2R,3R,4S,5S,6R)-2-((2R,3S,4R,5R,6S)-6-Decylsulfanyl-4,5-dihydroxy-2-hydroxymethyl-tetrahydro-pyran-3-yloxy)-6-hydroxymethyl-tetrahydro-pyran-3,4,5-triol, n-Decyl-beta-D-thiomaltoside / デシルβ-D-チオマルトピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 498.628 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C22H42O10S / コメント: 可溶化剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.18 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1M Tris-HCl pH 8.5, 0.1M MgCl2, 0.4M MgTartrate, 9mM n-Decyl-beta-D-thiomaltoside, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-3 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月14日 / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→40 Å / Num. all: 17572 / Num. obs: 17273 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.9 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 27.1
反射 シェル解像度: 2.1→2.2 Å / 冗長度: 11.1 % / Rmerge(I) obs: 0.395 / Mean I/σ(I) obs: 7.3 / Num. unique all: 2205 / % possible all: 97.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.3.0040精密化
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3C59 without the ligand present

3c59


解像度: 2.1→36.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 6.608 / SU ML: 0.093 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.142 / ESU R Free: 0.14 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23809 909 5.3 %RANDOM
Rwork0.20328 ---
obs0.20503 16321 98.28 %-
all-16607 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.26 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.07 Å20.54 Å20 Å2
2--1.07 Å20 Å2
3----1.61 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→36.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1055 0 33 126 1214
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0221126
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7021.9631535
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.7475127
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.39323.92956
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.01615170
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.422158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1120.2158
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02861
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.230.2484
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3130.2760
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1660.2106
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1470.215
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.170.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3591.5664
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.29821045
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.7373553
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.3854.5490
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.325 69 -
Rwork0.211 1182 -
obs--97.96 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.86460.61330.72930.7244-0.1332.08420.02690.0777-0.0110.024-0.07370.0131-0.09120.18690.0469-0.03670.0106-0.01270.00270.0053-0.0846-32.34622.494-7.541
214.62087.8112-2.87264.651-2.08453.21370.02080.0843-0.72220.0043-0.003-0.3740.573-0.1396-0.01790.09770.0402-0.0544-0.0642-0.0313-0.0301-39.975.955-6.971
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA28 - 1315 - 108
2X-RAY DIFFRACTION2BB9 - 331 - 25

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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