PDB-3c5h: Crystal structure of the Ras homolog domain of human GRLF1 (p190R...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3c5h

タイトル

Crystal structure of the Ras homolog domain of human GRLF1 (p190RhoGAP)

要素

Glucocorticoid receptor DNA-binding factor 1

キーワード

SIGNALING PROTEIN / ras / gtpase / glucorticoid receptor / Structural Genomics Consortium / SGC / Alternative splicing / Anti-oncogene / Cell cycle / Cytoplasm / DNA-binding / GTPase activation / Nucleus / Phosphoprotein / Repressor / Transcription / Transcription regulation

機能・相同性

機能・相同性情報

neuron projection guidance / central nervous system neuron axonogenesis / establishment or maintenance of actin cytoskeleton polarity / regulation of actin polymerization or depolymerization / positive regulation of cilium assembly / mammary gland development / camera-type eye development / RHOD GTPase cycle / negative regulation of vascular permeability / axonal fasciculation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Shen, L. / Tong, Y. / Tempel, W. / MacKenzie, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. / Park, H. / Structural Genomics Consortium (SGC)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the Ras homolog domain of human GRLF1 (p190RhoGAP).
著者: Shen, L. / Tong, Y. / Tempel, W. / MacKenzie, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Weigelt, J. / Bochkarev, A. / Park, H.

履歴

登録	2008年1月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年2月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3c5h.cif.gz	66.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3c5h.ent.gz	45.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3c5h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3c5h_validation.pdf.gz	761.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3c5h_full_validation.pdf.gz	764.1 KB	表示
XML形式データ	3c5h_validation.xml.gz	12.3 KB	表示
CIF形式データ	3c5h_validation.cif.gz	16.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c5/3c5h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c5/3c5h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2j9n-d 1tkf-d 1tf8-d 5aby-3 6d4g-1 1lec-d 3nol-d 1xbu-d 4p3h-2 1f2p-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (8) #35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (12) #148 - 2012年4月 Rasタンパク質 (Ras Protein) 類似性 (4) #81 - 2006年9月伸長因子 (Elongation Factors) 類似性 (1) #195 - 2016年3月 RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (8)
#35 - 2002年11月
フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin)
類似性 (12)
#148 - 2012年4月
Rasタンパク質 (Ras Protein)
類似性 (4)
#81 - 2006年9月
伸長因子 (Elongation Factors)
類似性 (1)
#195 - 2016年3月
RAFタンパク質キナーゼ (RAF Protein Kinases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Glucocorticoid receptor DNA-binding factor 1

ヘテロ分子

29.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	108.959, 108.959, 51.319
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	79
Space group name H-M	I4

詳細

AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS PROTEIN IS UNKNOWN.

#1: タンパク質	Glucocorticoid receptor DNA-binding factor 1 / Glucocorticoid receptor repression factor 1 / GRF-1 / Rho GAP p190A / p190-A 分子量: 28946.740 Da / 分子数: 1 / 断片: Ras homolog domain: Residues 13-249 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GRLF1, GRF1, KIAA1722 / プラスミド: pET28-mhl / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus(DE3)-RIL / 参照: UniProt: Q9NRY4
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-GNP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-GUANYLATE ESTER / Gpp(NH)p 分子量: 522.196 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₆O₁₃P₃ コメント: GppNHp, GMPPNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物	ChemComp-UNX / UNKNOWN ATOM OR ION 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 96 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

ID	マシュー密度 (Å³/Da)	溶媒含有率 (%)
1	2.63	53.25
2

結晶化

Crystal-ID	詳細
1	Native crystal, used for model refinement: 26% PEG 4000, 0.1M Tris-HCl, 0.2M Magnesium chloride, 0.1mM DTT, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K
2	Seleno-methionine derivative crystal, used for MAD phasing: 33% PEG 4000, 0.1M Tris-HCl, 0.2M Magnesium chloride, 0.1mM DTT, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K. A ten-fold excess of GppNHp was added to the protein samples prior to crystallization.

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	APS	23-ID-B	1	0.97926
シンクロトロン	APS	19-ID	2	0.97931, 0.97945, 0.98166, 0.97243

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
MARMOSAIC 300 mm CCD	1	CCD	2007年11月29日
ADSC QUANTUM 315	2	CCD	2007年12月6日

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	MAD	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.97926	1
2	0.97931	1
3	0.97945	1
4	0.98166	1
5	0.97243	1

反射

解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 26661 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 6.7 % / R_merge(I) obs: 0.075 / Χ²: 1.527 / Net I/σ(I): 10.9

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
1.8-1.86	2.7	0.456	1690	0.941	61.8
1.86-1.94	4.1	0.387	2491	1.14	89.1
1.94-2.03	6.1	0.328	2796	1.053	98.9
2.03-2.13	7.3	0.238	2788	1.184	100
2.13-2.27	7.5	0.18	2797	1.296	100
2.27-2.44	7.6	0.14	2791	1.306	100
2.44-2.69	7.6	0.103	2775	1.331	100
2.69-3.08	7.6	0.08	2811	1.779	100
3.08-3.88	7.5	0.055	2839	2.219	100
3.88-50	7.4	0.045	2883	2.174	100

-
位相決定

位相決定

手法:

多波長異常分散

Phasing set

ID
1
2
3
4

Phasing MAD

D res high: 3 Å / D res low: 30 Å / FOM : 0.71 / 反射: 6679

Phasing MAD set

Clust-ID	Expt-ID	Set-ID	波長 (Å)	F double prime refined	F prime refined
1	4 wavelength	1	0.9793	5.56	-8.17
1	4 wavelength	2	0.9794	3.58	-10.47
1	4 wavelength	3	0.9817	0.73	-6.61
1	4 wavelength	4	0.9724	3.09	-3.56

Phasing MAD set site

ID	Atom type symbol	B iso	Fract x	Fract y	Fract z	Occupancy
1	Se	60	0.052	0.277	0	0.872
2	Se	60	0.727	0.448	0.331	0.707
3	Se	60	0.333	0.277	0.405	0.584

Phasing MAD shell

解像度 (Å)	FOM	反射
10.49-30	0.75	329
6.73-10.49	0.81	567
5.29-6.73	0.8	711
4.5-5.29	0.8	825
3.98-4.5	0.76	935
3.61-3.98	0.72	1020
3.32-3.61	0.63	1116
3.1-3.32	0.56	1176

Phasing dm

FOM : 0.61 / FOM acentric: 0.61 / FOM centric: 0.62 / 反射: 10178 / Reflection acentric: 9456 / Reflection centric: 722

Phasing dm shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
7.4-28.739	0.95	0.95	0.96	449	368	81
4.6-7.4	0.93	0.94	0.86	1389	1239	150
3.7-4.6	0.92	0.92	0.88	1709	1581	128
3.3-3.7	0.82	0.83	0.62	1729	1613	116
2.8-3.3	0.44	0.45	0.28	3026	2854	172
2.6-2.8	0.12	0.12	0.08	1876	1801	75

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE	2.13	位相決定
RESOLVE	2.13	位相決定
REFMAC	refmac_5.3.0037	精密化
PDB_EXTRACT	3.005	データ抽出
ADSC	Quantum	データ収集
MAR345	CCD	データ収集

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.8→19.26 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.926 / WR_factor R_free: 0.238 / WR_factor R_work: 0.197 / SU B: 2.936 / SU ML: 0.092 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.127 / ESU R Free: 0.127 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: Due to considerable non-isomorphism between the phasing and refinement data sets, a preliminary model obtained by the program 'resolve' based on the phasing data was used in molecular ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.247	1352	5.1 %	RANDOM
R_work	0.205	-	-	-
obs	0.207	26626	95.06 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 21.063 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.02 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.02 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→19.26 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1799	0	39	96	1934

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.022	1869
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1193
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.465	1.973	2549
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.954	3	2938
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.285	5	238
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.331	25.309	81
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.656	15	306
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	25.159	15	5
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	298
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	2076
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	364
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.211	0.2	352
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.186	0.2	1235
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.173	0.2	916
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.081	0.2	915
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.131	0.2	94
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.027	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.284	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.229	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.119	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.72	2	1291
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.702	2	477
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.601	3	1876
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.861	2	785
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.899	3	668

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.8-1.848	0.391	61	0.285	1152	2089	58.066
1.848-1.898	0.298	75	0.267	1501	1952	80.738
1.898-1.952	0.344	95	0.249	1718	1923	94.28
1.952-2.012	0.277	79	0.231	1779	1875	99.093
2.012-2.077	0.302	94	0.226	1772	1867	99.946
2.077-2.149	0.237	108	0.208	1653	1761	100
2.149-2.229	0.292	83	0.21	1615	1698	100
2.229-2.319	0.24	90	0.203	1567	1659	99.879
2.319-2.42	0.257	84	0.211	1482	1566	100
2.42-2.536	0.222	76	0.205	1452	1528	100
2.536-2.671	0.237	79	0.207	1348	1427	100
2.671-2.829	0.217	77	0.209	1273	1350	100
2.829-3.02	0.339	55	0.208	1240	1296	99.923
3.02-3.255	0.239	66	0.202	1145	1211	100
3.255-3.556	0.242	45	0.196	1058	1104	99.909
3.556-3.959	0.246	53	0.186	948	1001	100
3.959-4.54	0.193	43	0.16	870	913	100
4.54-5.484	0.196	38	0.177	726	764	100
5.484-7.459	0.229	26	0.244	602	628	100
7.459-19.263	0.245	25	0.214	373	399	99.749

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関連情報:EMDBヘッダ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)