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万見
- PDB-3c56: Class II fructose-1,6-bisphosphate aldolase from helicobacter pyl... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3c56
タイトルClass II fructose-1,6-bisphosphate aldolase from helicobacter pylori in complex with N-(3-Hydroxypropyl)-glycolohydroxamic acid bisphosphate, a competitive inhibitor
要素Fructose-bisphosphate aldolase
キーワードLYASE / CLASS II / FBP / aldolase / glycolysis / inhibitor / Metal-binding / Zinc
機能・相同性
機能・相同性情報


tagatose-bisphosphate aldolase activity / fructose-bisphosphate aldolase / fructose-bisphosphate aldolase activity / fructose 1,6-bisphosphate metabolic process / glycolytic process / zinc ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Fructose-1,6-bisphosphate aldolase, class 2 / Fructose-bisphosphate aldolase class-II signature 1. / Fructose-bisphosphate aldolase class-II signature 2. / Fructose-bisphosphate aldolase, class-II / Fructose-bisphosphate aldolase class-II / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-PH4 / Fructose-bisphosphate aldolase
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Coincon, M. / Sygusch, J. / Potvin-Dulude, P.
引用ジャーナル: Chemistry / 年: 2008
タイトル: Synthesis and Biochemical Evaluation of Selective Inhibitors of Class II Fructose Bisphosphate Aldolases: Towards New Synthetic Antibiotics.
著者: Fonvielle, M. / Coincon, M. / Daher, R. / Desbenoit, N. / Kosieradzka, K. / Barilone, N. / Gicquel, B. / Sygusch, J. / Jackson, M. / Therisod, M.
履歴
登録2008年1月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.contact_author / _software.contact_author_email ..._software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fructose-bisphosphate aldolase
B: Fructose-bisphosphate aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,3516
ポリマ－67,6022
非ポリマー7494
水10,683593
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3800 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.222, 62.005, 65.615
Angle α, β, γ (deg.)82.900, 79.770, 71.030
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Fructose-bisphosphate aldolase


分子量: 33800.812 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 遺伝子: fba / プラスミド: PKK233-3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109 / 参照: UniProt: P56109, fructose-bisphosphate aldolase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-PH4 / 3-{hydroxy[(phosphonooxy)acetyl]amino}propyl dihydrogen phosphate


分子量: 309.105 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H13NO10P2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 593 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.87 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 12% PEG 1000, 12% PEG 8000, 0.2 M Calcium Acetate,50 mM Tris/HOAc, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年8月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→50 Å / Num. all: 38907 / Num. obs: 28829 / % possible obs: 0.74061 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.8 % / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 8.75
反射 シェル解像度: 1.99→2.06 Å / % possible all: 28.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIXAutoMR位相決定
CNS精密化
精密化開始モデル: free enzyme structure

解像度: 2.3→30 Å / σ(F): 726 / σ(I): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2075 1460 5.7 %RANDOM
Rwork0.1723 ---
all-25435 --
obs-21015 82.6 %-
溶媒の処理Bsol: 44.814 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 28.842 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.109 Å2-0.692 Å21.651 Å2
2--1.189 Å2-10.36 Å2
3---0.92 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.2946 Å0.2347 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.295 Å0.235 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4567 0 38 593 5198
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.618
X-RAY DIFFRACTIONf_mcbond_it1.1431.5
X-RAY DIFFRACTIONf_scbond_it5.0834.5
X-RAY DIFFRACTIONf_mcangle_it1.8872
X-RAY DIFFRACTIONf_scangle_it6.866
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.paramCNS_TOPPAR:protein.top
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:dna-rna_rep.paramCNS_TOPPAR:dna-rna.top
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.paramCNS_TOPPAR:water.top
X-RAY DIFFRACTION4CNS_TOPPAR:ion.paramCNS_TOPPAR:ion.top
X-RAY DIFFRACTION5pghpp.parpghpp.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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