ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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CNS | 1.1 | 精密化 | DNA | | データ収集 | DENZO | | データ削減 | SCALEPACK | | データスケーリング | CNS | | 位相決定 |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3C3Z 解像度: 2→26.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 834219.64 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0
| Rfactor | 反射数 | %反射 | Selection details |
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Rfree | 0.247 | 762 | 8.2 % | RANDOM |
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Rwork | 0.224 | - | - | - |
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obs | 0.224 | 9315 | 92 % | - |
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all | - | 9333 | - | - |
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 66.5866 Å2 / ksol: 0.444731 e/Å3 |
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原子変位パラメータ | Biso mean: 35.7 Å2
| Baniso -1 | Baniso -2 | Baniso -3 |
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1- | -0.4 Å2 | 0 Å2 | 0 Å2 |
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2- | - | -0.51 Å2 | 0 Å2 |
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3- | - | - | 0.91 Å2 |
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Refine analyze | | Free | Obs |
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Luzzati coordinate error | 0.32 Å | 0.29 Å |
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Luzzati d res low | - | 5 Å |
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Luzzati sigma a | 0.29 Å | 0.26 Å |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→26.55 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 0 | 978 | 90 | 139 | 1207 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal |
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X-RAY DIFFRACTION | c_bond_d0.005 | X-RAY DIFFRACTION | c_angle_deg1.1 | X-RAY DIFFRACTION | c_dihedral_angle_d9.5 | X-RAY DIFFRACTION | c_improper_angle_d1.39 | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.032 / Total num. of bins used: 6
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.33 | 108 | 7.9 % |
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Rwork | 0.306 | 1267 | - |
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obs | - | - | 83.7 % |
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Xplor file | Refine-ID | Serial no | Param file | Topol file |
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X-RAY DIFFRACTION | 1 | dna-rna_multi_end.param | dna-rna_multi_end.top | X-RAY DIFFRACTION | 2 | paromomycine.paramparomomycine.topX-RAY DIFFRACTION | 3 | water_rep.paramwater_rep.topX-RAY DIFFRACTION | 4 | ion.paramion.top | | | | | |
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