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- PDB-3c37: X-ray structure of the putative Zn-dependent peptidase Q74D82 at ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3c37
タイトルX-ray structure of the putative Zn-dependent peptidase Q74D82 at the resolution 1.7 A. Northeast Structural Genomics Consortium target GsR143A
要素Peptidase, M48 family
キーワードHYDROLASE / Q74D82 / GsR143A / Peptidase / M48 family / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG / Metalloprotease / Protease
機能・相同性
機能・相同性情報


proteolysis involved in protein catabolic process / metalloendopeptidase activity / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
: / Peptidase M48 / Peptidase family M48 / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Peptidase lipoprotein, M48 family
類似検索 - 構成要素
生物種Geobacter sulfurreducens PCA (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Kuzin, A.P. / Chen, Y. / Seetharaman, J. / Vorobiev, S.M. / Forouhar, F. / Wang, D. / Mao, L. / Maglaqui, M. / Xiao, R. / Liu, J. ...Kuzin, A.P. / Chen, Y. / Seetharaman, J. / Vorobiev, S.M. / Forouhar, F. / Wang, D. / Mao, L. / Maglaqui, M. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: X-ray structure of the putative Zn-dependent peptidase Q74D82 at the resolution 1.7 A.
著者: Kuzin, A.P. / Chen, Y. / Seetharaman, J. / Vorobiev, S.M. / Forouhar, F. / Wang, D. / Mao, L. / Maglaqui, M. / Xiao, R. / Liu, J. / Baran, M.C. / Acton, T.B. / Rost, B. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Hunt, J.F.
履歴
登録2008年1月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Refinement description / Version format compliance
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptidase, M48 family
B: Peptidase, M48 family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,1566
ポリマ－57,8132
非ポリマー3434
水4,468248
1
A: Peptidase, M48 family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0783
ポリマ－28,9061
非ポリマー1722
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Peptidase, M48 family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0783
ポリマ－28,9061
非ポリマー1722
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.840, 44.613, 71.772
Angle α, β, γ (deg.)88.07, 75.18, 65.64
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Peptidase, M48 family


分子量: 28906.326 Da / 分子数: 2 / 断片: Residues 21-264 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Geobacter sulfurreducens PCA (バクテリア)
生物種: Geobacter sulfurreducens / 株: PCA / DSM 12127 / 遺伝子: GSU1437 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q74D82
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 248 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.791 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.32 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1M Ammonium thiocyanate, 0.1M Sodium citrate, 40% PEG 4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
1,21
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X4C10.979
シンクロトロンAPS 23-ID-D20.979
検出器
タイプID検出器日付
MAR CCD 165 mm1CCD2007年11月11日
ADSC QUANTUM 3152CCD2007年12月14日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→30 Å / Num. obs: 84304 / % possible obs: 94.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.92 % / Rsym value: 0.024 / Net I/σ(I): 30.2
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 1.93 % / Mean I/σ(I) obs: 3.9 / Rsym value: 0.167 / % possible all: 86.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
ADSCQuantumデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SnB位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.7→27.43 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 2.544 / SU ML: 0.087 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.147 / ESU R Free: 0.134 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: The Friedel pairs were used in phasing
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25386 2160 5 %RANDOM
Rwork0.21928 ---
obs0.22106 40662 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 25.071 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20 Å2
2--0.03 Å20 Å2
3----0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→27.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3522 0 16 248 3786
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0223635
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2381.9664869
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2475439
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.55524.696181
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.38915665
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.0261522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2531
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022724
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.220.21703
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3090.22521
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1310.2229
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.230.286
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1710.226
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it11.52253
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.41723528
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.32831516
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4494.51341
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.74 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.327 129 -
Rwork0.262 2786 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 18.189 Å / Origin y: 7.005 Å / Origin z: 18.244 Å
111213212223313233
T0.0358 Å20.0087 Å20.0227 Å2-0.0405 Å20.0044 Å2--0.0523 Å2
L0.5387 °20.1036 °20.799 °2-0.0761 °20.1529 °2--1.1849 °2
S-0.0169 Å °0.0706 Å °-0.0083 Å °-0.0062 Å °0.011 Å °-0.0276 Å °-0.0131 Å °0.1173 Å °0.0058 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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