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- PDB-3c2r: Crystal structure of the quinolinate phosphoribosyl transferase (... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3c2r
タイトルCrystal structure of the quinolinate phosphoribosyl transferase (BNA6) from Sachharomyces cerevisiae complexed with the inhibitor phthalate
要素Nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / QPRTase / PRTase / BNA6 / quinolinate (キノリン酸) / phthalate / Cytoplasm (細胞質) / Glycosyltransferase (グリコシルトランスフェラーゼ) / Nucleus (Nucleus) / Pyridine nucleotide biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


ニコチン酸 / quinolinate catabolic process / nicotinate-nucleotide diphosphorylase (carboxylating) / nicotinate-nucleotide diphosphorylase (carboxylating) activity / 'de novo' NAD biosynthetic process from tryptophan / NAD biosynthetic process / 細胞核 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase / Nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase/Putative pyrophosphorylase ModD / Quinolinate phosphoribosyl transferase, N-terminal / Quinolinate phosphoribosyl transferase, N-terminal domain / Quinolinate phosphoribosyl transferase, N-terminal domain / Quinolinate phosphoribosyl transferase, C-terminal / Quinolinate phosphoribosyl transferase, N-terminal domain superfamily / Quinolinate phosphoribosyl transferase, C-terminal domain / Nicotinate phosphoribosyltransferase-like, C-terminal / Aldehyde Oxidoreductase; domain 3 ...Nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase / Nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase/Putative pyrophosphorylase ModD / Quinolinate phosphoribosyl transferase, N-terminal / Quinolinate phosphoribosyl transferase, N-terminal domain / Quinolinate phosphoribosyl transferase, N-terminal domain / Quinolinate phosphoribosyl transferase, C-terminal / Quinolinate phosphoribosyl transferase, N-terminal domain superfamily / Quinolinate phosphoribosyl transferase, C-terminal domain / Nicotinate phosphoribosyltransferase-like, C-terminal / Aldehyde Oxidoreductase; domain 3 / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIMバレル / Alpha-Beta Barrel / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
フタル酸 / Nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase [carboxylating]
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者di Luccio, E. / Wilson, D.K.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008
タイトル: Comprehensive X-ray Structural Studies of the Quinolinate Phosphoribosyl Transferase (BNA6) from Saccharomyces cerevisiae.
著者: di Luccio, E. / Wilson, D.K.
履歴
登録2008年1月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase
B: Nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,1364
ポリマ－64,8042
非ポリマー3322
水1,820101
1
A: Nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase
B: Nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase
ヘテロ分子

A: Nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase
B: Nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase
ヘテロ分子

A: Nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase
B: Nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)195,40812
ポリマ－194,4116
非ポリマー9976
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area31690 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)155.524, 155.524, 121.072
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質 Nicotinate-nucleotide pyrophosphorylase / Quinolinate phosphoribosyltransferase [decarboxylating] / QAPRTase


分子量: 32401.914 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: BNA6, QPT1 / プラスミド: pTYB12 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): bl21*
参照: UniProt: P43619, nicotinate-nucleotide diphosphorylase (carboxylating)
#2: 化合物 ChemComp-PHT / PHTHALIC ACID / フタル酸 / フタル酸


分子量: 166.131 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H6O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 101 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.43 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 20% PEG 3350, 0.2 M potassium formate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2005年8月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→46.932 Å / Num. all: 22088 / Num. obs: 22088 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 10.9 % / Biso Wilson estimate: 50 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Rsym value: 0.099 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル解像度: 2.4→2.46 Å / 冗長度: 11 % / Rmerge(I) obs: 0.578 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. measured all: 17785 / Num. unique all: 1622 / Rsym value: 0.578 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
Blu-Iceデータ収集
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.4→46.93 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 7.034 / SU ML: 0.167 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.593 / ESU R Free: 0.263 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.225 2189 10.2 %RANDOM
Rwork0.183 ---
obs0.188 21560 97.62 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 50.701 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.28 Å2-0.64 Å20 Å2
2---1.28 Å20 Å2
3---1.92 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→46.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4082 0 24 101 4207
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0224174
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9371.9635646
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg2.0795528
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.52624.828174
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.41215714
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.91518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1230.2648
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.023100
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.3060.22279
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.340.22873
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2050.2228
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2790.2122
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1810.214
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it15.3991.52703
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it17.2724224
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it24.87231662
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it25.3894.51422
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.288 153 -
Rwork0.217 1362 -
all-1515 -
obs--93.52 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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