PDB-3c2j: Crystal structure analysis of trioxacarcin A covalently bound to ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3c2j

タイトル

Crystal structure analysis of trioxacarcin A covalently bound to d(AACCGGTT)

要素

DNA (5'-D(*DAP*DAP*DCP*DCP*DGP*DGP*DTP*DT)-3')

キーワード

DNA (デオキシリボ核酸) / DNA-drug complex / base flipping /

B-DNA

機能・相同性

Trioxacarcin A /

デオキシリボ核酸

機能・相同性情報

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 1.78 Å

データ登録者

Pfoh, R. / Sheldrick, G.M.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2008
タイトル: Crystal structure of trioxacarcin A covalently bound to DNA
著者: Pfoh, R. / Laatsch, H. / Sheldrick, G.M.

履歴

登録	2008年1月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2008年6月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.2	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3c2j.cif.gz	23.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3c2j.ent.gz	15.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3c2j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c2/3c2j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c2/3c2j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1tfs-d 1y62-6 5ofs-4 6nl7-1 1oa6-d 2kak-d 2roo-d 1tcp-d 1y62-4 6kh8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #255 - 2021年3月シスプラチンとDNA (Cisplatin and DNA) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DNA (5'-D(*DAP*DAP*DCP*DCP*DGP*DGP*DTP*DT)-3')

B: DNA (5'-D(*DAP*DAP*DCP*DCP*DGP*DGP*DTP*DT)-3')

ヘテロ分子

6.61 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	37.600, 37.600, 91.620
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	91
Space group name H-M	P4₁22

#1: DNA鎖	DNA (5'-D(DAPDAPDCPDCPDGPDGPDTPDT)-3') 分子量: 2426.617 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: CHEMICALLY SYNTHESIZED
#2: 化合物	ChemComp-GGT / Trioxacarcin A / (1S,2R,3aS,4S,8S,10S,13aS)-13a-[(4-C-acetyl-2,6-dideoxy-alpha-L-xylo-hexopyranosyl)oxy]-2-(dimethoxymethyl)-10,12-dihydroxy-7-methoxy-5-methyl-11-oxo-3a,8,9,10,11,13a-hexahydro-4H-spiro[2,4-epoxyfuro[3,2-b]naphtho[2,3-h]chromene-1,2'-oxiran]-8-yl 4-O-acetyl-2,6-dideoxy-3-C-methyl-alpha-L-xylo-hexopyranoside 分子量: 876.850 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄₂H₅₂O₂₀
#3: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 21 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.5 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.47 %

結晶化

温度: 313 K / 手法: ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: tri-ammoniumcitrate, DMSO, pH 7.0, hanging drop, temperature 313K

溶液の組成

ID	名称	Crystal-ID	Sol-ID
1	tri-ammoniumcitrate	1	1
2	DMSOジメチルスルホキシド	1	1
3	HOH	1	1
4	tri-ammoniumcitrate	1	2
5	DMSOジメチルスルホキシド	1	2
6	HOH	1	2

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.2 / 波長: 0.92039, 0.92032, 0.92047

検出器

タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年8月8日

放射

モノクロメーター: Si 111 double crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.92039	1
2	0.92032	1
3	0.92047	1

反射

解像度: 1.67→37.6 Å / Num. all: 8306 / Num. obs: 8225 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 12.5 % / R_merge(I) obs: 0.039 / R_sym value: 0.021 / Net I/σ(I): 27.81

反射シェル

解像度: 1.67→1.76 Å / 冗長度: 8.98 % / R_merge(I) obs: 0.64 / Mean I/σ(I) obs: 2.92 / R_sym value: 0.35 / % possible all: 94.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
PDB_EXTRACT	3.004	データ抽出
MAR345dtb		データ収集
HKL-2000		データ削減
SADABS		データスケーリング
SHELXDE		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 1.78→25.53 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.962 / SU B: 8.799 / SU ML: 0.129 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.127 / ESU R Free: 0.128 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.265	314	4.6 %	RANDOM
R_work	0.22	-	-	-
obs	0.222	6802	99.82 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 53.16 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.01 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.78→25.53 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	0	322	124	21	467

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.021	500
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	180
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.49	3	780
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.566	3	468
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	94
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.025	0.02	226
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	34
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.198	0.2	118
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.246	0.2	227
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.257	0.2	244
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.121	0.2	112
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.163	0.2	27
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.096	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.304	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.091	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.039	3	774
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.03	4.5	780

LS精密化シェル

解像度: 1.78→1.826 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.415	30	-
R_work	0.355	458	-
all	-	488	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 27.8075 Å / Origin y: 26.7001 Å / Origin z: 10.8679 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0408 Å²	0.063 Å²	-0.0403 Å²	-	0.0232 Å²	-0.0308 Å²	-	-	0.0633 Å²
L	6.0011 °²	-5.6741 °²	4.8055 °²	-	6.9791 °²	-5.6437 °²	-	-	4.5977 °²
S	-0.0461 Å °	-0.1295 Å °	-0.0523 Å °	0.0054 Å °	0.0876 Å °	-0.0697 Å °	-0.0277 Å °	-0.1275 Å °	-0.0415 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 8
2	X-RAY DIFFRACTION	1	B	102 - 108

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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