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万見
- PDB-3c2i: The Crystal Structure of Methyl-CpG Binding Domain of Human MeCP2... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3c2i
タイトルThe Crystal Structure of Methyl-CpG Binding Domain of Human MeCP2 in Complex with a Methylated DNA Sequence from BDNF
要素
  • DNA (5'-D(*DAP*DTP*DAP*DGP*DAP*DAP*DGP*DAP*DAP*DTP*DTP*DCP*(5CM)P*DGP*DTP*DTP*DCP*DCP*DAP*DG)-3')
  • DNA (5'-D(*DTP*DCP*DTP*DGP*DGP*DAP*DAP*(5CM)P*DGP*DGP*DAP*DAP*DTP*DTP*DCP*DTP*DTP*DCP*DTP*DA)-3')
  • Methyl-CpG-binding protein 2
キーワードTranscription regulator / water mediated recognition / protein-methylated DNA complex / Asx-ST-motif / Disease mutation / DNA-binding / Nucleus / Phosphoprotein / Repressor
機能・相同性
機能・相同性情報


Loss of MECP2 binding ability to 5hmC-DNA / trans-synaptic signaling by BDNF / catecholamine secretion / MECP2 regulates transcription of genes involved in GABA signaling / biogenic amine metabolic process / cardiolipin metabolic process / Loss of MECP2 binding ability to 5mC-DNA / nervous system process involved in regulation of systemic arterial blood pressure / proprioception / MECP2 regulates transcription of neuronal ligands ...Loss of MECP2 binding ability to 5hmC-DNA / trans-synaptic signaling by BDNF / catecholamine secretion / MECP2 regulates transcription of genes involved in GABA signaling / biogenic amine metabolic process / cardiolipin metabolic process / Loss of MECP2 binding ability to 5mC-DNA / nervous system process involved in regulation of systemic arterial blood pressure / proprioception / MECP2 regulates transcription of neuronal ligands / negative regulation of smooth muscle cell differentiation / Loss of MECP2 binding ability to the NCoR/SMRT complex / double-stranded methylated DNA binding / Transcriptional Regulation by MECP2 / phosphatidylcholine metabolic process / inositol metabolic process / regulation of respiratory gaseous exchange by nervous system process / glucocorticoid metabolic process / ventricular system development / respiratory gaseous exchange by respiratory system / positive regulation of microtubule nucleation / genomic imprinting / response to other organism / siRNA binding / neuron maturation / glutamine metabolic process / methyl-CpG binding / MECP2 regulates transcription factors / Loss of phosphorylation of MECP2 at T308 / negative regulation of gene expression via chromosomal CpG island methylation / startle response / dendrite development / histone reader activity / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / Regulation of MECP2 expression and activity / positive regulation of glial cell proliferation / social behavior / long-term memory / behavioral fear response / glial cell proliferation / heterochromatin / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / synapse assembly / Notch signaling pathway / sensory perception of pain / negative regulation of angiogenesis / cerebellum development / adult locomotory behavior / excitatory postsynaptic potential / post-embryonic development / promoter-specific chromatin binding / molecular condensate scaffold activity / visual learning / long-term synaptic potentiation / transcription corepressor activity / intracellular protein localization / heterochromatin formation / molecular adaptor activity / gene expression / negative regulation of neuron apoptotic process / nucleic acid binding / response to hypoxia / postsynapse / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / mRNA binding / centrosome / chromatin binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Methyl-CpG binding protein MeCP2 / Methyl-cpg-binding Protein 2; Chain A / Methyl-cpg-binding Protein 2; Chain A / Methyl-CpG binding protein MeCP2/MBD4 / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG DNA binding / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG-binding domain (MBD) profile. / DNA-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Methyl-CpG-binding protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Ho, K.L. / McNae, I.W. / Schmiedeberg, L. / Klose, R.J. / Bird, A.P. / Walkinshaw, M.D.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2008
タイトル: MeCP2 binding to DNA depends upon hydration at methyl-CpG
著者: Ho, K.L. / McNae, I.W. / Schmiedeberg, L. / Klose, R.J. / Bird, A.P. / Walkinshaw, M.D.
履歴
登録2008年1月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年1月11日Group: Other
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methyl-CpG-binding protein 2
B: DNA (5'-D(*DTP*DCP*DTP*DGP*DGP*DAP*DAP*(5CM)P*DGP*DGP*DAP*DAP*DTP*DTP*DCP*DTP*DTP*DCP*DTP*DA)-3')
C: DNA (5'-D(*DAP*DTP*DAP*DGP*DAP*DAP*DGP*DAP*DAP*DTP*DTP*DCP*(5CM)P*DGP*DTP*DTP*DCP*DCP*DAP*DG)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,5753
ポリマ－23,5753
非ポリマー00
水84747
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4520 Å2
ΔGint-12.7 kcal/mol
Surface area10880 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.710, 53.600, 65.730
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 132.100, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Methyl-CpG-binding protein 2 / MeCP-2 protein / MeCP2


分子量: 11281.381 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 77-167, Human MeCP2 MBD domain / 変異: A140(MSE) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MECP2 / プラスミド: pET30b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLys / 参照: UniProt: P51608
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*DTP*DCP*DTP*DGP*DGP*DAP*DAP*(5CM)P*DGP*DGP*DAP*DAP*DTP*DTP*DCP*DTP*DTP*DCP*DTP*DA)-3')


分子量: 6138.003 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic oligonucleotide
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*DAP*DTP*DAP*DGP*DAP*DAP*DGP*DAP*DAP*DTP*DTP*DCP*(5CM)P*DGP*DTP*DTP*DCP*DCP*DAP*DG)-3')


分子量: 6156.032 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic oligonucleotide
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.33 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 26% PEG2000, 0.2M Ammonium acetate, 0.01M Mg acetate, 0.05M Na cacodylate pH6.5, 0.002M DTT, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG200011
2Ammonium acetate11
3Mg acetate11
4Na cacodylate11
5HOH11
6PEG200012
7Ammonium acetate12
8Mg acetate12
9Na cacodylate12
10HOH12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年8月7日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: silicon / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→48.795 Å / Num. all: 7122 / Num. obs: 7122 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 84.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 3.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.5-2.645.30.377250559500.37790.7
2.64-2.87.10.3122.3706910000.31299.9
2.8-2.997.50.2053.668639210.205100
2.99-3.237.40.0952.164838710.095100
3.23-3.547.40.0762.158867910.07699.9
3.54-3.957.40.0696.254337300.069100
3.95-4.567.40.0629.947106360.062100
4.56-5.597.40.0698.441235600.069100
5.59-7.917.30.067.731184290.06100
7.91-25.666.70.0569.615672340.05696.4

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing MADD res high: 2.5 Å / D res low: 1000 Å / FOM : 0.25 / 反射: 7115
Phasing MAD set site
IDAtom type symbolB isoFract xFract yFract zOccupancy
1Se59.7310.8370.3650.1471.023
2Se600.9710.0240.0520.861
Phasing MAD shell
解像度 (Å)FOM 反射
9.13-10000.44330
5.72-9.130.5590
4.46-5.720.45759
3.77-4.460.38905
3.33-3.770.291004
3.01-3.330.191129
2.77-3.010.111190
2.58-2.770.061208
Phasing dmFOM : 0.53 / FOM acentric: 0.53 / FOM centric: 0.55 / 反射: 7115 / Reflection acentric: 6648 / Reflection centric: 467
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
7.1-25.6560.940.950.8731726156
4.5-7.10.90.910.7397288389
3.6-4.50.840.850.761222113191
3.1-3.60.640.650.541207113671
2.7-3.10.30.30.2721522038114
2.5-2.70.140.140.151245119946

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SOLVE2.11位相決定
RESOLVE2.11位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.5→23.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 24.894 / SU ML: 0.266 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.651 / ESU R Free: 0.325 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.276 331 4.7 %RANDOM
Rwork0.212 ---
obs0.215 7115 98.53 %-
all-7115 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 59.076 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.29 Å20 Å20.07 Å2
2--0.3 Å20 Å2
3----0.49 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→23.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数584 816 0 47 1447
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0211512
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8482.6282212
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.524571
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.42522.75929
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.45415107
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.077156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2237
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02870
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2190.2551
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3170.2893
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1890.291
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2310.229
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1290.25
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6931.5363
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.8982576
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.00131553
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.5794.51636
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.429 22 -
Rwork0.428 442 -
all-464 -
obs--88.38 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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