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万見
- PDB-3c2a: Antibody Fab fragment 447-52D in complex with UG1033 peptide -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3c2a
タイトルAntibody Fab fragment 447-52D in complex with UG1033 peptide
要素
  • Envelope glycoprotein
  • Fab 447-52D heavy chain
  • Fab 447-52D light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / antibody fab hiv-1 peptide / Envelope protein
機能・相同性
機能・相同性情報


IgD immunoglobulin complex / IgM immunoglobulin complex / IgA immunoglobulin complex / IgE immunoglobulin complex / CD22 mediated BCR regulation / IgG immunoglobulin complex / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / FCGR activation ...IgD immunoglobulin complex / IgM immunoglobulin complex / IgA immunoglobulin complex / IgE immunoglobulin complex / CD22 mediated BCR regulation / IgG immunoglobulin complex / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / FCGR activation / immunoglobulin mediated immune response / Role of phospholipids in phagocytosis / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Scavenging of heme from plasma / viral process / FCERI mediated Ca+2 mobilization / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / Regulation of Complement cascade / Cell surface interactions at the vascular wall / FCERI mediated MAPK activation / FCGR3A-mediated phagocytosis / antigen binding / B cell receptor signaling pathway / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / FCERI mediated NF-kB activation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / adaptive immune response / Potential therapeutics for SARS / blood microparticle / viral envelope / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain ...Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120 / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin lambda constant 3 / Glycoprotein 120
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Dhillon, A.K. / Stanfield, R.L. / Wilson, I.A.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2008
タイトル: Structure determination of an anti-HIV-1 Fab 447-52D-peptide complex from an epitaxially twinned data set
著者: Dhillon, A.K. / Stanfield, R.L. / Gorny, M.K. / Williams, C. / Zolla-Pazner, S. / Wilson, I.A.
履歴
登録2008年1月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22018年5月9日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_src_nat ...entity / entity_src_nat / pdbx_entity_src_syn / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct
Item: _entity.pdbx_description / _entity_src_nat.pdbx_ncbi_taxonomy_id ..._entity.pdbx_description / _entity_src_nat.pdbx_ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific / _struct.pdbx_descriptor
改定 1.32023年8月30日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: Fab 447-52D light chain
H: Fab 447-52D heavy chain
P: Envelope glycoprotein
M: Fab 447-52D light chain
I: Fab 447-52D heavy chain
Q: Envelope glycoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)97,9416
ポリマ－97,9416
非ポリマー00
水3,369187
1
L: Fab 447-52D light chain
H: Fab 447-52D heavy chain
P: Envelope glycoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,9713
ポリマ－48,9713
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4720 Å2
ΔGint-34.4 kcal/mol
Surface area21350 Å2
手法PISA
2
M: Fab 447-52D light chain
I: Fab 447-52D heavy chain
Q: Envelope glycoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,9713
ポリマ－48,9713
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4830 Å2
ΔGint-32.1 kcal/mol
Surface area21440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.251, 76.482, 114.130
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 101.49, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体 Fab 447-52D light chain


分子量: 22787.254 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0DOY3*PLUS
#2: 抗体 Fab 447-52D heavy chain


分子量: 24763.775 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質・ペプチド Envelope glycoprotein


分子量: 1419.651 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: The peptide is naturally found in HIV-1 gp120.
由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
参照: UniProt: Q9YWB6
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 187 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.83 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.9
詳細: 1.58M ammonium sulfate 0.1M Tris 1mM CuCl2, pH 7.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2002年8月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 60586 / Num. obs: 60586 / % possible obs: 85.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5.1 % / Rsym value: 0.084 / Net I/σ(I): 27.1
反射 シェル解像度: 2.1→2.15 Å / 冗長度: 4.5 % / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique all: 3035 / Rsym value: 0.445 / % possible all: 86

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
Blu-Iceデータ収集
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1q1j

1q1j


解像度: 2.1→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.931 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.895 / SU B: 13.52 / SU ML: 0.173 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.261 / ESU R Free: 0.232 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29775 1395 2.3 %RANDOM
Rwork0.24 ---
obs0.2413 58014 85.66 %-
all-58014 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 37.165 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.78 Å20 Å20.31 Å2
2--0.95 Å20 Å2
3----1.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6884 0 0 187 7071
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0227056
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6371.9539622
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2675914
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.68624.048252
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.885151088
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.9991526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.21094
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.025274
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2170.22783
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3070.24705
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1660.2391
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2520.256
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0910.210
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7981.54654
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.30927364
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.97632813
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.8164.52258
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.375 99 -
Rwork0.299 4323 -
obs--86.88 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.22961.4239-0.59042.6299-0.8441.4299-0.1082-0.1534-0.19390.0749-0.031-0.15680.09650.09650.1392-0.25030.0112-0.0326-0.1437-0.0279-0.11464.706359.548872.9161
23.0233-1.3088-2.63612.2441.71485.125-0.1126-0.0627-0.05680.20780.02530.01660.39590.2050.0872-0.2392-0.0081-0.0443-0.17820.0109-0.10397.180135.483251.6844
32.2769-0.1422-1.09263.1520.52953.71180.0346-0.11960.29260.16020.1170.0275-0.09520.0828-0.1516-0.2429-0.0401-0.0258-0.1931-0.0032-0.04518.448274.476959.3255
43.13842.6164-0.20813.49970.01282.773-0.03180.0126-0.2127-0.11340.0817-0.13810.0295-0.0365-0.0499-0.21090.03090.0044-0.18140.0034-0.1512-3.068538.182339.6178
50.3389-0.98030.44534.5455-1.67127.3273-0.10250.19020.0486-0.00420.0683-0.5719-0.75021.25660.0341-0.0256-0.1560.04910.193-0.13970.002321.978122.6723-8.8557
60.07610.1343-0.21343.92382.24619.54940.0675-0.06530.1171-0.60610.2922-0.5399-0.90781.1619-0.35970.0266-0.11820.13850.0951-0.09390.029615.978647.85811.5354
70.875-0.23310.23.48172.19067.76750.04980.0505-0.1484-0.09610.3603-0.25610.65480.7157-0.41010.02020.1334-0.08120.0403-0.11210.017519.0298.08465.2665
83.2479-2.14250.09663.741-1.46064.53610.04040.19160.3045-0.03470.1148-0.1707-0.28530.1819-0.1552-0.0734-0.0559-0.0083-0.1273-0.0057-0.15821.443444.974218.1815
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1LA1 - 1071 - 112
2X-RAY DIFFRACTION2LA108 - 213113 - 215
3X-RAY DIFFRACTION3HB1 - 1131 - 131
4X-RAY DIFFRACTION3PC305 - 3191 - 13
5X-RAY DIFFRACTION4HB114 - 227132 - 231
6X-RAY DIFFRACTION5MD1 - 1071 - 112
7X-RAY DIFFRACTION6MD108 - 213113 - 215
8X-RAY DIFFRACTION7IE1 - 1131 - 131
9X-RAY DIFFRACTION7QF305 - 3191 - 13
10X-RAY DIFFRACTION8IE114 - 227132 - 231

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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