[日本語] English
万見
- PDB-3c1l: Crystal structure of an antioxidant defense protein (mlr4105) fro... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3c1l
タイトルCrystal structure of an antioxidant defense protein (mlr4105) from mesorhizobium loti maff303099 at 2.00 A resolution
要素Putative antioxidant defense protein Mlr4105
キーワードOXIDOREDUCTASE / Structural genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2
機能・相同性
機能・相同性情報


peroxiredoxin activity
類似検索 - 分子機能
AhpD-like / Uncharacterised peroxidase-related / Alkylhydroperoxidase AhpD core / AhpD-like / Carboxymuconolactone decarboxylase-like / AhpD-like / Carboxymuconolactone decarboxylase family / AhpD-like / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Mlr4105 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mesorhizobium loti (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散, 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of putative antioxidant defense protein (NP_105057.1) from Mesorhizobium loti at 2.00 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2008年1月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: software / struct_conn
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.42023年2月1日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月20日Group: Data collection / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Putative antioxidant defense protein Mlr4105
B: Putative antioxidant defense protein Mlr4105
C: Putative antioxidant defense protein Mlr4105
D: Putative antioxidant defense protein Mlr4105
E: Putative antioxidant defense protein Mlr4105
F: Putative antioxidant defense protein Mlr4105
G: Putative antioxidant defense protein Mlr4105
H: Putative antioxidant defense protein Mlr4105
I: Putative antioxidant defense protein Mlr4105
J: Putative antioxidant defense protein Mlr4105
K: Putative antioxidant defense protein Mlr4105
L: Putative antioxidant defense protein Mlr4105
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)255,15338
ポリマ－252,46412
非ポリマー2,68826
水13,169731
1
A: Putative antioxidant defense protein Mlr4105
B: Putative antioxidant defense protein Mlr4105
C: Putative antioxidant defense protein Mlr4105
D: Putative antioxidant defense protein Mlr4105
E: Putative antioxidant defense protein Mlr4105
F: Putative antioxidant defense protein Mlr4105
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,93022
ポリマ－126,2326
非ポリマー1,69816
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17920 Å2
手法PISA
2
G: Putative antioxidant defense protein Mlr4105
H: Putative antioxidant defense protein Mlr4105
I: Putative antioxidant defense protein Mlr4105
J: Putative antioxidant defense protein Mlr4105
K: Putative antioxidant defense protein Mlr4105
L: Putative antioxidant defense protein Mlr4105
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,22316
ポリマ－126,2326
非ポリマー99110
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.690, 68.060, 266.830
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.940, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11G
21B
31C
41D
51E
61F
71A
81H
91I
101J
111K
121L

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: 4

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11MSEMSEGG1 - 1872 - 188
23GLYGLYBB3 - 1874 - 188
33GLYGLYCC3 - 1874 - 188
44LYSLYSDD4 - 1875 - 188
54LYSLYSEE4 - 1875 - 188
64LYSLYSFF4 - 1875 - 188
74LYSLYSAA4 - 1875 - 188
84LYSLYSHH4 - 1875 - 188
93GLYGLYII3 - 1874 - 188
103GLYGLYJJ3 - 1874 - 188
113GLYGLYKK3 - 1874 - 188
123GLYGLYLL3 - 1874 - 188

-
要素

#1: タンパク質
Putative antioxidant defense protein Mlr4105


分子量: 21038.684 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mesorhizobium loti (根粒菌) / 株: MAFF303099 / 遺伝子: NP_105057.1, mlr4105 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100 / 参照: UniProt: Q98ES4
#2: 化合物...
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 731 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細1. THE CONSTRUCT USED FOR REFINEMENT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE ...1. THE CONSTRUCT USED FOR REFINEMENT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY RESIDUES 1-187 OF THE TARGET SEQUENCE. 2. THE CRYSTAL USED FOR SAD PHASING WAS FROM AN N-TERMINAL TRUNCATED CONSTRUCT. THE CONSTRUCT USED THE SAME TEV-CLEAVED TAG FOLLOWED BY RESIDUES 34-187 OF THE TARGET SEQUENCE.

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)解説
12.3547.66TWO CRYSTALS WERE USED FOR THE SOLUTION OF THIS STRUCTURE. 2.50 ANGSTROM SAD DATA COLLECTED FROM A CRYSTAL IN SPACE GROUP P3121 WERE USED TO PHASE AND TRACE AN INITIAL MODEL. THIS MODEL WAS THEN USED FOR MOLECULAR REPLACEMENT AGAINST A CRYSTAL IN SPACE GROUP P21 THAT DIFFRACTED TO 2.0 ANGSTROMS. REFINEMENT WAS AGAINST THE AMPLITUDES FROM THE P21 CRYSTAL. NOTE THAT THE TWO CRYSTALS ARE FROM SLIGHTLY DIFFERENT PROTEIN CONSTRUCTS. THE P3121 SAD PHASING CRYSTAL IS OF A TRUNCATED CONSTRUCT (RESIDUES 34-187), WHILE THE P21 CRYSTAL USED FOR REFINEMENT WAS FROM THE FULL LENGTH CONSTRUCT, RESIDUES 1-187.
2
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2771蒸気拡散法, シッティングドロップ法8NANODROP, 20.0% PEG 6000, 0.1M Tris-HCl pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
2772蒸気拡散法, シッティングドロップ法6.2NANODROP, 0.2M NaCl, 50.0% PEG 200, 0.1M Na,K Phosphate pH 6.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21002
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSSRL BL11-110.91837
シンクロトロンAPS 23-ID-D20.97942
検出器
タイプID検出器日付詳細
MARMOSAIC 325 mm CCD1CCD2007年2月11日Flat mirror (vertical focusing)
MARMOSAIC 300 mm CCD2CCD2007年8月19日Adjustable focusing mirrors in K-B geometry
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1Single crystal Si(111) bent (horizontal focusing)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2Si(111) Double crystalSINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.918371
20.979421
反射解像度: 2→29.814 Å / Num. obs: 138837 / % possible obs: 84.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 21.909 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 7.38
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. unique obsDiffraction-ID% possible all
2-2.070.3541.65368127371,241.9
2.07-2.150.3041.97970166601,255.3
2.15-2.250.232.513005240911,275.4
2.25-2.370.1863.320920297321,294.6
2.37-2.520.1454.222565301671,295.9
2.52-2.710.1175.222541294001,296.7
2.71-2.990.0856.923833307361,296.4
2.99-3.420.05510.323314299121,297
3.42-4.30.03714.623186299211,296.8
4.3-29.8140.02816.723505295611,294.6

-
位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散, 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.4.0066精密化
PHENIX精密化
MolProbity3beta29モデル構築
PDB_EXTRACT3データ抽出
MAR345CCDデータ収集
XDSデータ削減
MOSFLMデータ削減
XSCALEデータスケーリング
SCALAデータスケーリング
SHARP位相決定
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散, 分子置換 / 解像度: 2→29.814 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 9.244 / SU ML: 0.124 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.194 / ESU R Free: 0.175 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 3. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. 4. CHAIN L, PARTICULARLY THE FIRST 60 RESIDUES, IS LOCATED IN WEAK DENSITY. 5. PEG AND CL WERE MODELED BASED ON CRYSTALLIZATION CONDITIONS. 6. RAMACHANDRAN OUTLIERS ARE IN POOR DENSITY.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.225 6959 5 %RANDOM
Rwork0.171 ---
obs0.174 138822 87.53 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.95 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.31 Å20 Å2-0.04 Å2
2--0.25 Å20 Å2
3---0.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→29.814 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16600 0 176 731 17507
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.02217097
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0211602
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4981.97223039
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.992328145
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.84652178
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.99523.542751
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.072152827
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.8615135
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.22581
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0219166
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023533
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.466310907
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.71134391
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.248517255
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.22386190
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.879115776
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 2091 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1GMEDIUM POSITIONAL0.390.5
2BMEDIUM POSITIONAL0.40.5
3CMEDIUM POSITIONAL0.380.5
4DMEDIUM POSITIONAL0.320.5
5EMEDIUM POSITIONAL0.330.5
6FMEDIUM POSITIONAL0.30.5
7AMEDIUM POSITIONAL0.410.5
8HMEDIUM POSITIONAL0.310.5
9IMEDIUM POSITIONAL0.360.5
10JMEDIUM POSITIONAL0.380.5
11KMEDIUM POSITIONAL0.430.5
12LMEDIUM POSITIONAL0.530.5
1GMEDIUM THERMAL1.212
2BMEDIUM THERMAL1.142
3CMEDIUM THERMAL1.192
4DMEDIUM THERMAL1.152
5EMEDIUM THERMAL1.112
6FMEDIUM THERMAL1.042
7AMEDIUM THERMAL1.22
8HMEDIUM THERMAL1.032
9IMEDIUM THERMAL1.142
10JMEDIUM THERMAL1.092
11KMEDIUM THERMAL0.892
12LMEDIUM THERMAL0.832
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.315 264 -
Rwork0.242 5071 -
all-5335 -
obs--45.85 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.89260.11250.64951.2116-0.20181.46820.0201-0.0970.14760.13080.0063-0.0325-0.14960.0645-0.0265-0.1506-0.00290.0256-0.1648-0.0355-0.112514.804823.349557.4757
21.3449-0.42150.15312.3747-0.06281.3951-0.03370.0040.22130.05250.0602-0.2095-0.28330.1703-0.0265-0.1411-0.05580.0229-0.0995-0.0419-0.074428.12428.202741.3535
31.9890.0411-0.86881.13750.04051.5222-0.0454-0.0395-0.18120.09470.00490.01320.1495-0.05160.0405-0.154-0.0066-0.0179-0.1750.0132-0.1271-0.6876-1.482653.5917
41.954-0.4793-0.1691.81540.76471.9949-0.03530.1055-0.25180.0464-0.02630.18970.2684-0.15570.0617-0.1597-0.03240.0083-0.11110.0055-0.122-11.3634-2.11134.3328
51.6047-0.03140.45111.2171-0.12811.57940.02640.2241-0.0556-0.2145-0.0289-0.04680.05130.02230.0026-0.07880.00030.0319-0.1044-0.0161-0.13865.73756.1211.5172
61.99740.15320.38071.4270.03971.4727-0.01920.31580.1273-0.31210.0102-0.1081-0.26630.09810.009-0.0072-0.02390.0288-0.09410.0162-0.108115.424325.400114.5343
72.5567-0.4484-0.43121.05060.32341.8680.01920.0535-0.3078-0.0774-0.02510.0510.20840.07120.0058-0.10860.0043-0.0361-0.1663-0.0215-0.037147.546434.39381.3987
82.84170.0576-0.27712.058-0.61312.131-0.1292-0.3625-0.38970.08890.0932-0.19510.32610.22220.036-0.08730.0515-0.0329-0.02090.0192-0.025560.706735.511698.6736
92.0330.26430.3341.79770.11071.43050.01030.12480.1963-0.14370.00440.1181-0.1085-0.0748-0.0147-0.13990.0119-0.001-0.13110.0056-0.108431.615558.807577.3727
101.68810.0249-0.20822.5523-0.26881.6772-0.0229-0.13170.19610.09010.07160.1585-0.2186-0.143-0.0487-0.11350.0198-0.002-0.02-0.0418-0.104421.107665.745295.4402
112.988-0.8307-0.04752.10690.34241.4713-0.2563-0.87040.37810.47130.2468-0.2305-0.15880.14910.00950.14110.0691-0.1130.2896-0.1347-0.028238.532765.4774119.1444
124.3258-2.4254-0.22062.89570.05361.3877-0.5766-1.2235-0.23260.88210.5680.13380.13770.10480.00860.25570.20930.01240.47270.1108-0.072247.454645.3355122.1956
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA4 - 1875 - 188
2X-RAY DIFFRACTION2BB3 - 1874 - 188
3X-RAY DIFFRACTION3CC3 - 1874 - 188
4X-RAY DIFFRACTION4DD4 - 1875 - 188
5X-RAY DIFFRACTION5EE4 - 1875 - 188
6X-RAY DIFFRACTION6FF4 - 1875 - 188
7X-RAY DIFFRACTION7GG1 - 1872 - 188
8X-RAY DIFFRACTION8HH4 - 1875 - 188
9X-RAY DIFFRACTION9II3 - 1874 - 188
10X-RAY DIFFRACTION10JJ3 - 1874 - 188
11X-RAY DIFFRACTION11KK3 - 1874 - 188
12X-RAY DIFFRACTION12LL3 - 1874 - 188

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る