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万見
- PDB-3c10: Crystal structure of catalytic domain of human histone deacetylas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3c10
タイトルCrystal structure of catalytic domain of human histone deacetylase HDAC7 in complex with Trichostatin A (TSA)
要素Histone deacetylase 7a
キーワードHYDROLASE / HDAC / STRUCTURAL GENOMICS / STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / SGC / Alternative splicing / Chromatin regulator / Cytoplasm / Nucleus / Phosphoprotein / Polymorphism / Repressor / Transcription / Transcription regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of mRNA processing / protein deacetylation / histone deacetylase / negative regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / protein lysine deacetylase activity / SUMO transferase activity / cell-cell junction assembly / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / histone deacetylase activity ...regulation of mRNA processing / protein deacetylation / histone deacetylase / negative regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / protein lysine deacetylase activity / SUMO transferase activity / cell-cell junction assembly / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / histone deacetylase activity / negative regulation of interleukin-2 production / Notch-HLH transcription pathway / protein sumoylation / negative regulation of osteoblast differentiation / vasculogenesis / SUMOylation of DNA damage response and repair proteins / 14-3-3 protein binding / Regulation of PTEN gene transcription / protein kinase C binding / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / transcription corepressor activity / DNA-binding transcription factor binding / chromatin binding / protein kinase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Histone deacetylase domain / Arginase; Chain A / : / Histone deacetylase family / Histone deacetylase domain / Histone deacetylase domain superfamily / Histone deacetylase domain / Ureohydrolase domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / TRICHOSTATIN A / Histone deacetylase 7
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Min, J. / Schuetz, A. / Loppnau, P. / Weigelt, J. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bochkarev, A. / Plotnikov, A.N. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Human HDAC7 harbors a class IIa histone deacetylase-specific zinc binding motif and cryptic deacetylase activity.
著者: Schuetz, A. / Min, J. / Allali-Hassani, A. / Schapira, M. / Shuen, M. / Loppnau, P. / Mazitschek, R. / Kwiatkowski, N.P. / Lewis, T.A. / Maglathin, R.L. / McLean, T.H. / Bochkarev, A. / ...著者: Schuetz, A. / Min, J. / Allali-Hassani, A. / Schapira, M. / Shuen, M. / Loppnau, P. / Mazitschek, R. / Kwiatkowski, N.P. / Lewis, T.A. / Maglathin, R.L. / McLean, T.H. / Bochkarev, A. / Plotnikov, A.N. / Vedadi, M. / Arrowsmith, C.H.
履歴
登録2008年1月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2008年2月19日ID: 2PQP
改定 1.02008年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Histone deacetylase 7a
B: Histone deacetylase 7a
C: Histone deacetylase 7a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)138,08918
ポリマ－136,5553
非ポリマー1,53415
水8,269459
1
A: Histone deacetylase 7a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,0306
ポリマ－45,5181
非ポリマー5115
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Histone deacetylase 7a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,0306
ポリマ－45,5181
非ポリマー5115
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Histone deacetylase 7a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,0306
ポリマ－45,5181
非ポリマー5115
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.827, 81.827, 148.970
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

#1: タンパク質 Histone deacetylase 7a / HD7a / HDAC7


分子量: 45518.340 Da / 分子数: 3 / 断片: Catalytic domain: Residues 482-903 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HDAC7A, HDAC7 / プラスミド: pET28A-MHL / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8WUI4
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物 ChemComp-TSN / TRICHOSTATIN A / 7-[4-(DIMETHYLAMINO)PHENYL]-N-HYDROXY-4,6-DIMETHYL-7-OXO-2,4-HEPTADIENAMIDE / トリコスタチンA


分子量: 302.368 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H22N2O3 / コメント: 抗真菌剤, 抗生剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 459 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.67 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 20 % PEG 3350, 0.1 M HEPES pH 7.5, 10 % Isopropanol, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 300K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年9月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 73439 / Num. obs: 73439 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.041 / Net I/σ(I): 26.3
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.238 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique all: 6619 / % possible all: 79

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
ARP/wARPモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2NVR

2nvr
PDB 未公開エントリ


解像度: 2→35.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 5.243 / SU ML: 0.147 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.212 / ESU R Free: 0.193 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26312 3651 5 %RANDOM
Rwork0.20126 ---
obs0.20428 69791 97.47 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 36.648 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.04 Å20.02 Å20 Å2
2--0.04 Å20 Å2
3----0.06 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→35.42 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8424 0 78 459 8961
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0218726
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6891.94211790
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.38851104
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.70823.712396
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.874151330
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.4471556
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1240.21262
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.026790
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2210.24203
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3060.25841
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1660.2487
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.2830.212
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2260.286
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1840.220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0011.55499
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.67828714
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.65633254
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.0074.53076
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.371 206 -
Rwork0.265 3989 -
obs--75.56 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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