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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3c0m | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the proaerolysin mutant Y221G | ||||||
要素 | Aerolysin | ||||||
キーワード | TOXIN / CYTOLYTIC TOXIN / PORE-FORMING TOXIN / Membrane / Secreted | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 toxin activity / host cell plasma membrane / extracellular region / identical protein binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Aeromonas hydrophila (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.88 Å | ||||||
データ登録者 | Pernot, L. / Schiltz, M. / Thurnheer, S. / Burr, S.E. / van der Goot, G. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2013 タイトル: Molecular assembly of the aerolysin pore reveals a swirling membrane-insertion mechanism. 著者: Degiacomi, M.T. / Iacovache, I. / Pernot, L. / Chami, M. / Kudryashev, M. / Stahlberg, H. / van der Goot, F.G. / Dal Peraro, M. #1: ジャーナル: Nature / 年: 1994 タイトル: Structure of the Aeromonas toxin proaerolysin in its water-soluble and membrane-channel states. 著者: Parker, M.W. / Buckley, J.T. / Postma, J.P. / Tucker, A.D. / Leonard, K. / Pattus, F. / Tsernoglou, D. #2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1990 タイトル: Crystallization of a proform of aerolysin, a hole-forming toxin from Aeromonas hydrophila. 著者: Tucker, A.D. / Parker, M.W. / Tsernoglou, D. / Buckley, J.T. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3c0m.cif.gz | 182.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3c0m.ent.gz | 147.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3c0m.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3c0m_validation.pdf.gz | 433.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3c0m_full_validation.pdf.gz | 459 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3c0m_validation.xml.gz | 34 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3c0m_validation.cif.gz | 45.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c0/3c0m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/c0/3c0m | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 51874.332 Da / 分子数: 2 / 変異: Y221G / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Aeromonas hydrophila (バクテリア) 遺伝子: aerA / プラスミド: pMMB66EH / 発現宿主: Aeromonas salmonicida (バクテリア) / 株 (発現宿主): CD3 / 参照: UniProt: P09167 #2: 水 | ChemComp-HOH / | Has protein modification | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.02 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.4 詳細: 9-11% PEG 4000, 100mM sodium acetate, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 291 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM1A / 波長: 0.82 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年10月1日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.82 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.88→44.58 Å / Num. all: 24769 / Num. obs: 24769 / % possible obs: 91.7 % / 冗長度: 2.8 % / Rmerge(I) obs: 0.123 / Rsym value: 0.087 / Net I/σ(I): 10.39 |
反射 シェル | 解像度: 2.88→3 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.512 / Mean I/σ(I) obs: 2.24 / Num. unique all: 6253 / Rsym value: 0.363 / % possible all: 67.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1PRE 解像度: 2.88→44.56 Å / Isotropic thermal model: restrained / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 36.12 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.88→44.56 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.88→3.06 Å / Rfactor Rfree error: 0.022
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