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万見
- PDB-3c0c: X-ray Crystal Structure of the Rat Endophilin A2 SH3 Domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3c0c
タイトルX-ray Crystal Structure of the Rat Endophilin A2 SH3 Domain
要素Endophilin-A2
キーワードENDOCYTOSIS / SH3 / voltage-gated calcium channel / Endosome / Lipid-binding / Membrane / Phosphoprotein / Proto-oncogene / SH3 domain
機能・相同性
機能・相同性情報


Negative regulation of MET activity / EGFR downregulation / beta-1 adrenergic receptor binding / positive regulation of synaptic vesicle endocytosis / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / podosome / anchoring junction / modulation of excitatory postsynaptic potential / regulation of synaptic vesicle endocytosis ...Negative regulation of MET activity / EGFR downregulation / beta-1 adrenergic receptor binding / positive regulation of synaptic vesicle endocytosis / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / podosome / anchoring junction / modulation of excitatory postsynaptic potential / regulation of synaptic vesicle endocytosis / postsynaptic density, intracellular component / phosphatase binding / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / cell projection / Schaffer collateral - CA1 synapse / SH3 domain binding / endocytosis / presynapse / GTPase binding / early endosome membrane / transmembrane transporter binding / synapse / lipid binding / glutamatergic synapse / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Endophilin-A, SH3 domain / BAR domain / BAR domain profile. / BAR / : / BAR domain / AH/BAR domain superfamily / SH3 Domains / SH3 domain / Src homology 3 domains ...Endophilin-A, SH3 domain / BAR domain / BAR domain profile. / BAR / : / BAR domain / AH/BAR domain superfamily / SH3 Domains / SH3 domain / Src homology 3 domains / SH3 type barrels. / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Loll, P.J. / Swain, E.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the SH3 domain of rat endophilin A2
著者: Loll, P.J. / Swain, E. / Chen, Y. / Turner, B.T. / Zhang, J.
履歴
登録2008年1月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endophilin-A2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,2991
ポリマ－8,2991
非ポリマー00
水1,45981
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)64.970, 64.970, 41.270
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Endophilin-A2 / Endophilin-2 / SH3 domain-containing GRB2-like protein 1 / SH3 domain protein 2B / Extra eleven- ...Endophilin-2 / SH3 domain-containing GRB2-like protein 1 / SH3 domain protein 2B / Extra eleven-nineteen leukemia fusion gene protein / EEN / EEN fusion partner of MLL


分子量: 8299.041 Da / 分子数: 1 / 断片: SH3 domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Sh3gl1, Sh3p8 / プラスミド: GST-parallel / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: O35964
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.12 %
結晶化温度: 277 K / 手法: hanging drop vapor diffusion / pH: 6.5
詳細: 1.9 M magnesium sulfate, 0.1 M MES, pH 6.5, hanging drop vapor diffusion, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 0.9000, 0.9795, 0.9798
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月15日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.91
20.97951
30.97981
反射解像度: 1.41→34.89 Å / Num. obs: 13188 / % possible obs: 75.2 % / 冗長度: 9.04 % / Rmerge(I) obs: 0.081 / Χ2: 0.92 / Net I/σ(I): 11 / Scaling rejects: 1668
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allΧ2% possible all
1.41-1.461.230.620.72802261.7513.3
1.46-1.521.810.6860.512396771.639.4
1.52-1.592.880.7170.6312910561.3961
1.59-1.684.140.6661569713561.5478.3
1.68-1.785.730.6021.5912815501.4790.1
1.78-1.9290.4952.81506616571.3695.2
1.92-2.1112.530.3065.22126316661.1295.6
2.11-2.4212.870.1797.72172716690.7594.3
2.42-3.0412.940.095132160916500.6392.5
3.04-34.8912.810.03932.42171816810.4788.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
d*TREK8.0Lデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
精密化解像度: 1.7→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 4.207 / SU ML: 0.071 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.106 / ESU R Free: 0.1 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.217 433 4.6 %RANDOM
Rwork0.196 ---
obs0.197 9419 92.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 41.328 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.91 Å20 Å20 Å2
2---0.91 Å20 Å2
3---1.82 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数514 0 0 81 595
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.022539
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.41.977736
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.427565
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.78326.33330
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.0621582
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.402151
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.275
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021437
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7241.5326
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.292527
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1423213
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.5334.5209
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.29 25 -
Rwork0.299 637 -
all-662 -
obs--89.95 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 26.721 Å / Origin y: 13.262 Å / Origin z: 4.591 Å
111213212223313233
T-0.1788 Å20.0132 Å2-0.0006 Å2--0.1795 Å2-0.0022 Å2---0.2064 Å2
L3.6482 °2-1.1872 °21.2769 °2-3.0647 °2-1.087 °2--4.2674 °2
S0.022 Å °0.0152 Å °0.092 Å °0.0414 Å °-0.0077 Å °-0.1264 Å °-0.0487 Å °0.1627 Å °-0.0143 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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