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- PDB-3c05: Crystal structure of Acostatin from Agkistrodon Contortrix Contortrix -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3c05
タイトルCrystal structure of Acostatin from Agkistrodon Contortrix Contortrix
要素
  • Disintegrin acostatin alpha
  • Disintegrin acostatin-beta
キーワードBLOOD CLOTTING/ANTITUMOR PROTEIN / beta-sheets / disulfide bridges / Blood coagulation / Cell adhesion / Secreted / Hydrolase / Metal-binding / Metalloprotease / Protease / Zinc / Zymogen / BLOOD CLOTTING-ANTITUMOR PROTEIN COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; その他のペプチターゼ / negative regulation of blood coagulation / metalloendopeptidase activity / toxin activity / cell adhesion / proteolysis / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Disintegrin domain / Echistatin / Disintegrin, conserved site / Disintegrins signature. / Peptidase M12B, propeptide / Reprolysin family propeptide / Reprolysin domain, adamalysin-type / Reprolysin (M12B) family zinc metalloprotease / Disintegrin / Disintegrin domain profile. ...Disintegrin domain / Echistatin / Disintegrin, conserved site / Disintegrins signature. / Peptidase M12B, propeptide / Reprolysin family propeptide / Reprolysin domain, adamalysin-type / Reprolysin (M12B) family zinc metalloprotease / Disintegrin / Disintegrin domain profile. / Homologues of snake disintegrins / Disintegrin domain / Disintegrin domain superfamily / Peptidase M12B, ADAM/reprolysin / ADAM type metalloprotease domain profile. / Metallopeptidase, catalytic domain superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Few Secondary Structures / Irregular
類似検索 - ドメイン・相同性
Zinc metalloproteinase/disintegrin / Disintegrin acostatin-alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Agkistrodon contortrix contortrix (ヘビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Moiseeva, N. / Bau, R. / Allaire, M.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2008
タイトル: Crystal structure of acostatin, a dimeric disintegrin from southern copperhead (Agkistrodon contortrix contortrix) at 1.7 A resolution
著者: Moiseeva, N. / Bau, R. / Swenson, S.D. / Markland, F.S. / Choe, J.-Y. / Liu, Z.-J. / Allaire, M.
履歴
登録2008年1月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 2.02023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_poly / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 2.12024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Disintegrin acostatin alpha
B: Disintegrin acostatin-beta
C: Disintegrin acostatin alpha
D: Disintegrin acostatin-beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,3837
ポリマ－27,0954
非ポリマー2883
水5,459303
1
A: Disintegrin acostatin alpha
B: Disintegrin acostatin-beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8365
ポリマ－13,5472
非ポリマー2883
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1280 Å2
手法PISA
2
C: Disintegrin acostatin alpha
D: Disintegrin acostatin-beta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,5472
ポリマ－13,5472
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.449, 59.808, 121.307
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Disintegrin acostatin alpha


分子量: 6747.774 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 48-109 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Agkistrodon contortrix contortrix (ヘビ) / 参照: UniProt: Q805F7
#2: タンパク質 Disintegrin acostatin-beta


分子量: 6799.651 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 419-482 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Agkistrodon contortrix contortrix (ヘビ) / 参照: UniProt: Q805F6
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 303 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.43 %
結晶化pH: 8.5
詳細: 1.8M AMMONIUM SULFATE, 0.1M TRIS-HCL, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298K, pH 8.50

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21
31
41
放射光源
由来サイトビームラインID波長
シンクロトロンALS 5.0.210.9486
シンクロトロンNSLS X6A2
シンクロトロンSSRL BL9-13
シンクロトロンSSRL BL7-14
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 2101CCD2002年10月19日
ADSC QUANTUM 2102CCD
MAR scanner 345 mm plate3IMAGE PLATE
MAR scanner 345 mm plate4IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9486 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→20 Å / Num. obs: 30457 / % possible obs: 98.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 13.7 % / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 13.1
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 9.2 % / Rmerge(I) obs: 0.156 / Mean I/σ(I) obs: 8.5 / % possible all: 90.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化開始モデル: PDB ENTRY 1J2L

1j2l


解像度: 1.7→19.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 1.838 / SU ML: 0.062 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.1 / ESU R Free: 0.099 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS ADDITIONAL RESIDUAL ELECTRON DENSITIES HAVE BEEN TENTATIVELY MODELED BY SULFATE ION A66 AND 10 WATER MOLECULES (A149-A152,C132-C137)
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.215 1543 5.1 %RANDOM
Rwork0.186 ---
obs0.188 28838 98.8 %-
all-30750 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.54 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å20 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→19.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1686 0 15 303 2004
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0211738
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3291.9782345
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8835228
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.8292475
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.96215289
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.3051517
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0970.2240
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021320
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1890.2668
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2950.21203
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1360.2182
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1530.257
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1410.239
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.161.51182
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.85121813
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.9593611
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.7554.5532
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.745 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.225 97 -
Rwork0.192 1901 -
obs--90.08 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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