PDB-3byd: Crystal structure of beta-lactamase OXY-1-1 from Klebsiella oxytoca

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3byd

タイトル

Crystal structure of beta-lactamase OXY-1-1 from Klebsiella oxytoca

要素

Beta-lactamase OXY-1

キーワード

HYDROLASE / Multi-domain proteins (alpha and beta) / Antibiotic resistance

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能

生物種

Klebsiella oxytoca (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.93 Å

データ登録者

Liang, Y.-H. / Wu, S.W. / Su, X.-D.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2012
タイトル: Structural insights into the broadened substrate profile of the extended-spectrum beta-lactamase OXY-1-1 from Klebsiella oxytoca
著者: Liang, Y.-H. / Gao, R. / Su, X.-D.

履歴

登録	2008年1月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2009年1月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2012年11月7日	Group: Database references
改定 1.3	2017年10月25日	Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: diffrn_source / software Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _software.classification ..._diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.4	2023年11月1日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3byd.cif.gz	68.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3byd.ent.gz	49.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3byd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3byd_validation.pdf.gz	441.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3byd_full_validation.pdf.gz	441.8 KB	表示
XML形式データ	3byd_validation.xml.gz	13.3 KB	表示
CIF形式データ	3byd_validation.cif.gz	19.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/by/3byd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/by/3byd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1bzaS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3bfc-2 3hre-1 3bff-3 3bfd-4 5eua-2 6cyu-d 1g68-d 3bff-2 6v6p-d 3hlw-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (5) #29 - 2002年5月ペニシリン結合タンパク質 (Penicillin-binding Proteins) 類似性 (3) #187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Beta-lactamase OXY-1

ヘテロ分子

29 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	46.545, 73.431, 84.561
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Beta-lactamase OXY-1 / Penicillinase 分子量: 28606.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella oxytoca (バクテリア) / プラスミド: pQESW-9 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15 / 参照: UniProt: P22391, beta-lactamase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 203 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.3 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: 25%(w/v) PEG 4000, 0.1M sodium acetate buffer, 0.2M ammonium sulfate, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 1.0292 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年9月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0292 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.93→56 Å / Num. obs: 21787 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.6 % / B_iso Wilson estimate: 28.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.052 / Χ²: 1.071 / Net I/σ(I): 14.8
反射シェル	解像度: 1.93→2 Å / 冗長度: 4.2 % / R_merge(I) obs: 0.129 / Num. unique all: 2091 / Χ²: 0.758 / % possible all: 96.1

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換
Phasing MR	Method rotation: fast direct / Method translation: &STRIP%trans_method

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
CNS		精密化
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.004	データ抽出
MAR345dtb		データ収集
HKL-2000		データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1BZA

1bza

解像度: 1.93→55.47 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.947 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.927 / SU B: 5.489 / SU ML: 0.086 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.154 / ESU R Free: 0.145 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.225	1120	5.1 %	RANDOM
R_work	0.182	-	-	-
all	0.211	22433	-	-
obs	0.184	21754	96.97 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 15.24 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.59 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.04 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.62 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.218 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.93→55.47 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1941	0	24	203	2168

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	1997
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.236	1.978	2710
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.487	5	260
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.582	25.195	77
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.751	15	344
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	11.324	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	317
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	1463
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.199	0.2	993
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.293	0.2	1409
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.122	0.2	185
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.151	0.2	37
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.144	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.627	1.5	1343
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.923	2	2070
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.717	3	751
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.514	4.5	640

LS精密化シェル

解像度: 1.93→1.98 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.283	65	-
R_work	0.182	1470	-
all	-	1535	-
obs	-	-	95.82 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5721	-0.6817	0.4159	3.0439	-0.476	1.1648	0.0651	0.0313	0.04	-0.4333	-0.1224	0.3104	-0.1153	0.0053	0.0572	0.1944	0.0196	-0.0426	-0.126	-0.0083	0.0309	-26.955	68.843	19.115
2	0.4174	-0.0972	0.1741	1.3055	0.1793	0.7497	-0.0052	-0.0379	0.0054	-0.1125	-0.0288	0.002	-0.1149	0.0473	0.0339	0.1159	-0.0134	0.0013	-0.0944	0.0143	0.0306	-17.898	64.292	32.557
3	0.9448	0.2915	-0.2234	10.4048	3.386	1.3035	0.0178	-0.0262	0.0659	-0.1019	-0.0884	0.2788	-0.0507	-0.1151	0.0707	0.1788	0.0391	-0.0641	-0.1136	-0.0175	0.0665	-30.834	66.063	24
4	6.8301	4.5604	7.7573	13.7409	15.0027	26.8405	0.0386	-0.0293	-0.1508	-0.1189	-0.4749	1.2903	0.2589	-0.5406	0.4362	0.073	0.0323	-0.1042	-0.1731	-0.0238	0.2297	-37.761	66.712	21.693

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	31 - 86	7 - 62
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	87 - 251	63 - 227
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	252 - 275	228 - 251
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	276 - 291	252 - 267

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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