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万見
- PDB-3by9: Crystal structure of the V. cholerae Histidine Kinase DctB Sensor... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3by9
タイトルCrystal structure of the V. cholerae Histidine Kinase DctB Sensor Domain
要素Sensor protein
キーワードTRANSFERASE / histidine kinase sensor domain / Phosphoprotein / Two-component regulatory system
機能・相同性
機能・相同性情報


histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Signal transduction histidine kinase, DctB (C4-dicarboxylate transport system regulator) / Cache domain / Periplasmic sensor-like domain superfamily / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / PAS domain / Histidine kinase domain ...Signal transduction histidine kinase, DctB (C4-dicarboxylate transport system regulator) / Cache domain / Periplasmic sensor-like domain superfamily / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / PAS domain / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Beta-Lactamase / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
SUCCINIC ACID / C4-dicarboxylate transport sensor protein DctB
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio cholerae (コレラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Cheung, J. / Hendrickson, W.A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Crystal Structures of C4-Dicarboxylate Ligand Complexes with Sensor Domains of Histidine Kinases DcuS and DctB.
著者: Cheung, J. / Hendrickson, W.A.
履歴
登録2008年1月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sensor protein
B: Sensor protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,3116
ポリマ－59,9942
非ポリマー3164
水12,989721
1
A: Sensor protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1954
ポリマ－29,9971
非ポリマー1983
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Sensor protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1152
ポリマ－29,9971
非ポリマー1181
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.311, 90.982, 114.196
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Sensor protein


分子量: 29997.102 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 28-286 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / 遺伝子: VC1925 / プラスミド: pET22b+ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9KQS3, histidine kinase
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID / コハク酸


分子量: 118.088 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 721 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.55 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: isopropanol, calcium acetate, pH 7.5, vapor diffusion, temperature 277K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.9637, 0.9788, 0.9791, 0.9946
検出器検出器: CCD / 日付: 2003年2月19日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.96371
20.97881
30.97911
40.99461
ReflectionAv σ(I) over netI: 15.4 / 数: 284212 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Χ2: 1.01 / D res high: 2.2 Å / D res low: 20 Å / Num. obs: 56978 / % possible obs: 98.8
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squared
4.722099.910.0411.01
3.764.7210010.0441.026
3.283.7610010.0511.02
2.983.2810010.0621.023
2.772.9810010.0751.04
2.612.7710010.0921.033
2.482.6199.910.1061.027
2.372.4899.410.1160.994
2.282.3797.710.1250.947
2.22.2891.210.1290.914
反射解像度: 1.6→20 Å / Num. obs: 76821 / % possible obs: 98.4 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Χ2: 0.998 / Net I/σ(I): 11.5
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.6-1.660.39570890.8391.8
1.66-1.720.31474190.88596.5
1.72-1.80.23776980.96699.7
1.8-1.90.17677071.02299.6
1.9-2.020.12376951.04199.5
2.02-2.170.08977381.03299.6
2.17-2.390.0777481.01899.7
2.39-2.730.05677931.0399.6
2.73-3.440.03978531.04399.4
3.44-200.03280811.0398.6

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散
Phasing dm手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 64840
Phasing dm shell
解像度 (Å)Delta phi finalFOM 反射
8.6-10046.30.927506
6.29-8.642.30.936834
5.19-6.2939.20.9381041
4.53-5.1937.90.9491221
4.06-4.5339.20.9431342
3.72-4.0641.40.9361476
3.45-3.7242.10.9241609
3.23-3.4542.60.9181709
3.05-3.2342.70.9161808
2.89-3.0544.30.8991917
2.76-2.8944.50.9092001
2.64-2.7644.20.9072101
2.54-2.6446.80.9042176
2.45-2.5451.70.9012241
2.37-2.4554.30.9082361
2.29-2.3760.20.9142418
2.23-2.2964.60.9052493
2.16-2.2381.20.9022544
2.11-2.1690.70.9082638
2.05-2.1190.20.9042691
2-2.0588.30.9022741
1.96-289.50.8992820
1.92-1.96890.8862926
1.88-1.92910.8852897
1.84-1.88890.8763021
1.8-1.84900.8743059
1.77-1.890.90.8593123
1.74-1.7790.40.8153190
1.7-1.74900.6773936

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
直接法4.2位相決定
CNS1.1精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.7→19.78 Å / Rfactor Rfree error: 0.003 / FOM work R set: 0.895 / Data cutoff high absF: 1911155.375 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.199 3285 5.1 %RANDOM
Rwork0.162 ---
obs-64840 99.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 50.92 Å2 / ksol: 0.353 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 20.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.93 Å20 Å20 Å2
2---2.62 Å20 Å2
3----0.31 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.19 Å0.15 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.13 Å0.08 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→19.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4399 0 18 721 5138
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.7
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.321.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.192
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it3.952
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it5.432.5
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.81 Å / Rfactor Rfree error: 0.01 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.237 572 5.4 %
Rwork0.189 10058 -
all-10630 -
obs--99.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramsin_xplor_top.txt
X-RAY DIFFRACTION3sin_xplor_par.txtwater.top
X-RAY DIFFRACTION4ion.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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