PDB-3by7: CRYSTAL STRUCTURE OF A PROTEIN STRUCTURALLY SIMILAR TO SM/LSM-LIK...

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登録情報

データベース: PDB / ID: 3by7

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF A PROTEIN STRUCTURALLY SIMILAR TO SM/LSM-LIKE RNA-BINDING PROTEINS (JCVI_PEP_1096686650277) FROM UNCULTURED MARINE ORGANISM AT 2.60 A RESOLUTION

要素

uncharacterized protein

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / METAGENOMICS / STRUCTURAL GENOMICS / JOINT CENTER FOR STRUCTURAL GENOMICS / JCSG / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI-2

機能・相同性

SH3 type barrels. - #100 / SH3 type barrels. / Roll / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

uncultured marine organism (環境試料)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Joint Center for Structural Genomics (JCSG)

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2009
タイトル: Crystal structure of a novel Sm-like protein of putative cyanophage origin at 2.60 A resolution.
著者: Das, D. / Kozbial, P. / Axelrod, H.L. / Miller, M.D. / McMullan, D. / Krishna, S.S. / Abdubek, P. / Acosta, C. / Astakhova, T. / Burra, P. / Carlton, D. / Chen, C. / Chiu, H.J. / Clayton, T. ...

履歴

登録	2008年1月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年1月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Author supporting evidence / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_assembly_auth_evidence / software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.3	2019年7月24日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: software / struct_conn Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.4	2023年2月1日	Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.5	2024年10月30日	Group: Data collection / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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関連構造データ

類似構造データ	6ial-1 3chb-d 6hmy-2 1ct1-d 2chb-d 5lzi-d 3q1g-1 1md2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: 380229

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: uncharacterized protein

B: uncharacterized protein

C: uncharacterized protein

D: uncharacterized protein

E: uncharacterized protein

55.7 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, light scattering

単位格子

Length a, b, c (Å)	108.250, 77.180, 71.470
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 113.820, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LYS	LYS	ASN	ASN	5	A	A	2 - 3	3 - 4
2	1	LYS	LYS	ASN	ASN	5	B	B	2 - 3	3 - 4
3	1	LYS	LYS	ASN	ASN	5	C	C	2 - 3	3 - 4
4	1	LYS	LYS	ASN	ASN	5	D	D	2 - 3	3 - 4
5	1	ASN	ASN	ASN	ASN	5	E	E	3	4
6	2	ILE	ILE	MSE	MSE	2	A	A	4 - 7	5 - 8
7	2	ILE	ILE	MSE	MSE	2	B	B	4 - 7	5 - 8
8	2	ILE	ILE	MSE	MSE	2	C	C	4 - 7	5 - 8
9	2	ILE	ILE	MSE	MSE	2	D	D	4 - 7	5 - 8
10	2	ILE	ILE	MSE	MSE	2	E	E	4 - 7	5 - 8
11	3	ARG	ARG	ARG	ARG	3	A	A	8	9
12	3	ARG	ARG	ARG	ARG	3	B	B	8	9
13	3	ARG	ARG	ARG	ARG	3	C	C	8	9
14	3	ARG	ARG	ARG	ARG	3	D	D	8	9
15	3	ARG	ARG	ARG	ARG	3	E	E	8	9
16	4	LEU	LEU	GLN	GLN	2	A	A	9 - 38	10 - 39
17	4	LEU	LEU	GLN	GLN	2	B	B	9 - 38	10 - 39
18	4	LEU	LEU	ALA	ALA	2	C	C	9 - 39	10 - 40
19	4	LEU	LEU	GLN	GLN	2	D	D	9 - 38	10 - 39
20	4	LEU	LEU	MSE	MSE	2	E	E	9 - 37	10 - 38
21	5	VAL	VAL	GLN	GLN	5	A	A	45 - 46	46 - 47
22	5	VAL	VAL	GLN	GLN	5	B	B	45 - 46	46 - 47
23	5	VAL	VAL	GLN	GLN	5	C	C	45 - 46	46 - 47
24	5	VAL	VAL	GLN	GLN	5	D	D	45 - 46	46 - 47
25	5	VAL	VAL	GLN	GLN	5	E	E	45 - 46	46 - 47
26	6	LEU	LEU	ILE	ILE	2	A	A	47 - 69	48 - 70
27	6	LEU	LEU	ILE	ILE	2	B	B	47 - 69	48 - 70
28	6	LEU	LEU	ILE	ILE	2	C	C	47 - 69	48 - 70
29	6	LEU	LEU	ILE	ILE	2	D	D	47 - 69	48 - 70
30	6	LEU	LEU	ILE	ILE	2	E	E	47 - 69	48 - 70
31	7	THR	THR	THR	THR	5	A	A	70	71
32	7	THR	THR	THR	THR	5	B	B	70	71
33	7	THR	THR	THR	THR	5	C	C	70	71
34	7	THR	THR	THR	THR	5	D	D	70	71
35	7	THR	THR	THR	THR	5	E	E	70	71
36	8	ILE	ILE	ASP	ASP	2	A	A	71 - 76	72 - 77
37	8	ILE	ILE	ASP	ASP	2	B	B	71 - 76	72 - 77
38	8	ILE	ILE	ASP	ASP	2	C	C	71 - 76	72 - 77
39	8	ILE	ILE	ASP	ASP	2	D	D	71 - 76	72 - 77
40	8	ILE	ILE	ASP	ASP	2	E	E	71 - 76	72 - 77
41	9	ASP	ASP	ASP	ASP	5	A	A	77	78
42	9	ASP	ASP	ASP	ASP	5	B	B	77	78
43	9	ASP	ASP	ASP	ASP	5	C	C	77	78
44	9	ASP	ASP	ASP	ASP	5	D	D	77	78
45	9	ASP	ASP	ASP	ASP	5	E	E	77	78
46	10	ILE	ILE	LYS	LYS	2	A	A	78 - 80	79 - 81
47	10	ILE	ILE	LYS	LYS	2	B	B	78 - 80	79 - 81
48	10	ILE	ILE	LYS	LYS	2	C	C	78 - 80	79 - 81
49	10	ILE	ILE	LYS	LYS	2	D	D	78 - 80	79 - 81
50	10	ILE	ILE	LYS	LYS	2	E	E	78 - 80	79 - 81
51	11	SER	SER	SER	SER	3	A	A	81	82
52	11	SER	SER	SER	SER	3	B	B	81	82
53	11	SER	SER	SER	SER	3	C	C	81	82
54	11	SER	SER	SER	SER	3	D	D	81	82
55	11	SER	SER	SER	SER	3	E	E	81	82
56	12	TYR	TYR	SER	SER	2	A	A	82 - 84	83 - 85
57	12	TYR	TYR	SER	SER	2	B	B	82 - 84	83 - 85
58	12	TYR	TYR	SER	SER	2	C	C	82 - 84	83 - 85
59	12	TYR	TYR	SER	SER	2	D	D	82 - 84	83 - 85
60	12	TYR	TYR	SER	SER	2	E	E	82 - 84	83 - 85
61	13	HIS	HIS	THR	THR	5	A	A	85 - 86	86 - 87
62	13	HIS	HIS	THR	THR	5	B	B	85 - 86	86 - 87
63	13	HIS	HIS	THR	THR	5	C	C	85 - 86	86 - 87
64	13	HIS	HIS	THR	THR	5	D	D	85 - 86	86 - 87
65	13	HIS	HIS	HIS	HIS	5	E	E	85	86

詳細

THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 5 CHAINS FORMING A PENTAMER AS JUDGED BY CRYSTAL PACKING ANALYSIS. SIZE EXCLUSION CHROMATOGRAPHY WITH STATIC LIGHT SCATTERING SUPPORTS THE ASSIGNMENT OF A PENTAMER AS THE SIGNIFICANT OLIGOMERIZATION STATE IN SOLUTION.

#1: タンパク質	uncharacterized protein 分子量: 11147.415 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) uncultured marine organism (環境試料) 遺伝子: Synthetic gene: The gene product was based on JCVI_PEP_1096686650277 from the Sorcerer II Global Ocean Sampling experiment プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): HK100
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y
配列の詳細	1. THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED ...1. THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE. 2. THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE (UNIPROTKB) DATABASE AT THE TIME OF DEPOSITION. THE SEQUENCE INFORMATION IS AVAILABLE AT THE J. CRAIG VENTER INSTITUTE WITH ACCESSION CODE JCVI_PEP_1096686650277, FROM THE UNIPROT ARCHIVE (UNIPARC) UNDER ACCESSION ID UPI000148A153 AND FROM THE UNIPROT METAGENOMIC AND ENVIRONMENTAL SEQUENCES (UNIMES) DATABASE UNDER ACCESSION ID MES00005880000.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.8 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.3 詳細: NANODROP, 0.2M Ca Acetate, 20.0% PEG 3350, No Buffer pH 7.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-D / 波長: 0.95373, 0.97957, 0.97942

検出器

タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年8月19日 / 詳細: Adjustable focusing mirrors in K-B geometry

放射

モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.95373	1
2	0.97957	1
3	0.97942	1

反射

解像度: 2.6→27.057 Å / Num. obs: 16122 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / B_iso Wilson estimate: 58.562 Å² / R_merge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 9.46

反射シェル

解像度 (Å)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. unique obs	Diffraction-ID	% possible all
2.6-2.69	0.404	1.8	1918	2946	1	92.4
2.69-2.8	0.367	2.1	2072	3203	1	96.2
2.8-2.93	0.32	2.5	2109	3225	1	96.5
2.93-3.08	0.191	4	1986	3068	1	96.5
3.08-3.27	0.154	5.4	2009	3111	1	96.6
3.27-3.52	0.076	8.4	2045	3151	1	97
3.52-3.88	0.057	11.4	2069	3257	1	96.8
3.88-4.43	0.035	15.6	1972	3104	1	96.6
4.43-5.57	0.028	20.8	2030	3164	1	96.5
5.57-27.057	0.021	22.6	1982	3047	1	91.6

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
PHENIX		精密化
SHELX		位相決定
MolProbity	3beta29	モデル構築
XSCALE		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3	データ抽出
MAR345	CCD	データ収集
XDS		データ削減
SHELXD		位相決定
autoSHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.6→27.057 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.935 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.897 / SU B: 36.405 / SU ML: 0.331 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.616 / ESU R Free: 0.339
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.285	825	5.1 %	RANDOM
R_work	0.235	-	-	-
obs	0.238	16120	96.58 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.898 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.18 Å²	0 Å²	-0.3 Å²
2-	-	4.18 Å²	0 Å²
3-	-	-	-4.25 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→27.057 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3024	0	0	7	3031

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.022	3068
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.005	0.02	1944
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.247	1.973	4184
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.871	3	4873
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.42	5	395
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	42.758	26.667	93
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.684	15	529
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.625	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	543
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	3256
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	486
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.198	0.2	551
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.192	0.2	1927
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.175	0.2	1507
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.083	0.2	1687
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.162	0.2	61
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.125	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.233	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.242	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.785	2.5	2174
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.268	2.5	797
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.027	4	3327
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.381	6	1131
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.747	8	857

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	413	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
2	B	413	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
3	C	413	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
4	D	413	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
5	E	413	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
1	A	424	MEDIUM POSITIONAL	0.23	0.5
2	B	424	MEDIUM POSITIONAL	0.37	0.5
3	C	424	MEDIUM POSITIONAL	0.24	0.5
4	D	424	MEDIUM POSITIONAL	0.28	0.5
5	E	424	MEDIUM POSITIONAL	0.23	0.5
1	A	40	LOOSE POSITIONAL	0.59	5
2	B	40	LOOSE POSITIONAL	1.17	5
3	C	40	LOOSE POSITIONAL	0.73	5
4	D	40	LOOSE POSITIONAL	0.67	5
5	E	40	LOOSE POSITIONAL	0.87	5
1	A	413	TIGHT THERMAL	0.06	0.5
2	B	413	TIGHT THERMAL	0.06	0.5
3	C	413	TIGHT THERMAL	0.06	0.5
4	D	413	TIGHT THERMAL	0.06	0.5
5	E	413	TIGHT THERMAL	0.04	0.5
1	A	424	MEDIUM THERMAL	0.55	2
2	B	424	MEDIUM THERMAL	0.59	2
3	C	424	MEDIUM THERMAL	0.53	2
4	D	424	MEDIUM THERMAL	0.46	2
5	E	424	MEDIUM THERMAL	0.37	2
1	A	40	LOOSE THERMAL	1.12	10
2	B	40	LOOSE THERMAL	2.35	10
3	C	40	LOOSE THERMAL	1.17	10
4	D	40	LOOSE THERMAL	2.15	10
5	E	40	LOOSE THERMAL	2.17	10

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.367	59	-
R_work	0.365	1120	-
all	-	1179	-
obs	-	-	94.09 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.5346	-0.3198	-3.0385	5.9261	2.1947	6.9862	0.1445	0.3224	0.6042	0.1944	-0.0262	0.3556	-0.7899	-1.0617	-0.1183	0.0716	0.1415	-0.0416	0.0748	0.0775	0.1339	-69.0444	41.4362	11.2369
2	2.8904	0.105	0.0704	4.4254	1.0722	9.8149	0.2829	-0.6578	0.3067	0.1306	-0.2738	-0.2933	-0.4839	1.0906	-0.009	0.0363	-0.2539	-0.0278	0.32	-0.0793	0.0915	-48.1945	38.668	20.0615
3	7.2333	0.5126	-1.3973	5.4258	-1.1681	4.8179	-0.2595	0.2741	-0.0959	-0.1367	0.0412	0.4207	0.4408	-1.443	0.2184	0.2037	-0.3944	-0.0246	0.454	-0.1728	0.1216	-78.0402	21.2478	7.4305
4	5.8483	0.3562	2.2491	4.2232	-0.3556	4.7359	-0.2747	-0.5854	-0.4591	0.3804	0.2204	-0.0792	0.6318	1.0178	0.0543	0.3088	0.5132	0.0345	0.4399	0.251	0.1147	-43.8915	16.475	22.524
5	5.2511	-0.6147	1.658	4.3283	-1.4497	2.5506	-0.3119	-0.5812	-0.9067	0.0162	-0.2326	0.3142	1.4759	0.1624	0.5445	0.7895	-0.1163	0.207	0.1775	0.0061	0.3439	-62.6117	5.8266	13.6023

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	2 - 86	3 - 87
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	B	2 - 87	3 - 88
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	C	2 - 87	3 - 88
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	D	2 - 90	3 - 91
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	E	3 - 85	4 - 86

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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