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万見
- PDB-3bxw: Crystal Structure of Stabilin-1 Interacting Chitinase-Like Protei... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bxw
タイトルCrystal Structure of Stabilin-1 Interacting Chitinase-Like Protein, SI-CLP
要素Chitinase domain-containing protein 1
キーワードHYDROLASE / TIM barrel / Lysosome / Secreted
機能・相同性
機能・相同性情報


oligosaccharide binding / chitin binding / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / endomembrane system / lysosomal lumen / trans-Golgi network / late endosome / Platelet degranulation / carbohydrate metabolic process / lysosome ...oligosaccharide binding / chitin binding / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / endomembrane system / lysosomal lumen / trans-Golgi network / late endosome / Platelet degranulation / carbohydrate metabolic process / lysosome / innate immune response / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / nucleus / membrane
類似検索 - 分子機能
3,6-anhydro-alpha-l-galactosidase / Chitinase A; domain 3 - #10 / Chitinase insertion domain superfamily / Chitinase II / Glyco_18 / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) domain profile. / Glycosyl hydrolases family 18 / Glycoside hydrolase family 18, catalytic domain / Chitinase A; domain 3 / Helicase, Ruva Protein; domain 3 ...3,6-anhydro-alpha-l-galactosidase / Chitinase A; domain 3 - #10 / Chitinase insertion domain superfamily / Chitinase II / Glyco_18 / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) domain profile. / Glycosyl hydrolases family 18 / Glycoside hydrolase family 18, catalytic domain / Chitinase A; domain 3 / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Roll / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chitinase domain-containing protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Meng, G. / Green, T.J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Structure of human stabilin-1 interacting chitinase-like protein (SI-CLP) reveals a saccharide-binding cleft with lower sugar-binding selectivity.
著者: Meng, G. / Zhao, Y. / Bai, X. / Liu, Y. / Green, T.J. / Luo, M. / Zheng, X.
履歴
登録2008年1月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年4月11日Group: Database references
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Chitinase domain-containing protein 1
A: Chitinase domain-containing protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,2034
ポリマ－90,0112
非ポリマー1922
水36020
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2020 Å2
ΔGint-36.9 kcal/mol
Surface area30240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.110, 100.110, 249.970
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 Chitinase domain-containing protein 1 / Stabilin-1-interacting chitinase-like protein / SI-CLP / CHID1


分子量: 45005.570 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CHID1 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: Q9BWS9
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.38 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 2M(NH4)2SO4, 200mM NaCl, 100mM MgCl2, PH6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL11-1 / 波長: 0.9745 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月8日
放射モノクロメーター: Ni FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9745 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→86.711 Å / Num. obs: 40805 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 2.5 / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.127 / Rsym value: 0.127 / Net I/σ(I): 5.5
反射 シェル解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.751 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. measured all: 38872 / Num. unique all: 5853 / Rsym value: 0.751 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAdata processing
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化解像度: 2.7→30 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.253 2041 5 %RANDOM
Rwork0.222 ---
all0.243 40805 --
obs0.243 40737 99.9 %-
溶媒の処理Bsol: 25.68 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 44.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-9.409 Å20 Å20 Å2
2--9.409 Å20 Å2
3----18.819 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5846 0 10 20 5876
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.2951.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.8762
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.262
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.9792.5
Xplor fileSerial no: 1 / Param file: protein_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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