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- PDB-3bxf: Crystal structure of effector binding domain of central glycolyti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bxf
タイトルCrystal structure of effector binding domain of central glycolytic gene regulator (CggR) from Bacillus subtilis in complex with effector fructose-1,6-bisphosphate
要素Central glycolytic gene regulator
キーワードGENE REGULATION / effector binding domain / catabolic repressor / transcriptional regulator / DeoR family / DNA-binding / Transcription regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of DNA-templated transcription initiation / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / carbohydrate binding
類似検索 - 分子機能
: / CggR N-terminal DNA binding domain / Sugar-binding domain, putative / : / Putative sugar-binding domain / Rossmann fold - #1360 / NagB/RpiA transferase-like / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Rossmann fold ...: / CggR N-terminal DNA binding domain / Sugar-binding domain, putative / : / Putative sugar-binding domain / Rossmann fold - #1360 / NagB/RpiA transferase-like / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,3-DIHYDROXYACETONEPHOSPHATE / 1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / Central glycolytic genes regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Rezacova, P. / Otwinowski, Z.
引用ジャーナル: Mol.Microbiol. / 年: 2008
タイトル: Crystal structures of the effector-binding domain of repressor Central glycolytic gene Regulator from Bacillus subtilis reveal ligand-induced structural changes upon binding of several ...タイトル: Crystal structures of the effector-binding domain of repressor Central glycolytic gene Regulator from Bacillus subtilis reveal ligand-induced structural changes upon binding of several glycolytic intermediates.
著者: Rezacova, P. / Kozisek, M. / Moy, S.F. / Sieglova, I. / Joachimiak, A. / Machius, M. / Otwinowski, Z.
履歴
登録2008年1月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Central glycolytic gene regulator
B: Central glycolytic gene regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,7738
ポリマ－55,1212
非ポリマー6526
水11,440635
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1510 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.447, 83.245, 116.457
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細AUTHORS STATE THAT THE DIMERIC ASSEMBLY OF THE BIOLOGICAL UNIT THAT IS SHOWN IN REMARK 350 IS PUTATIVE AT THE TIME OF DEPOSITION.

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要素

#1: タンパク質 Central glycolytic gene regulator


分子量: 27560.508 Da / 分子数: 2 / 断片: Effector binding domain: Residues 89-340 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 株: 168 / 遺伝子: cggR, yvbQ, BSU33950 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O32253
#2: 糖 ChemComp-FBP / 1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructofuranose / BETA-FRUCTOSE-1,6-DIPHOSPHATE / FRUCTOSE-1,6-BISPHOSPHATE / 1,6-di-O-phosphono-beta-D-fructose / 1,6-di-O-phosphono-D-fructose / 1,6-di-O-phosphono-fructose / β-D-フルクトフラノ-ス1,6-ビスりん酸


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 340.116 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H14O12P2
識別子タイププログラム
b-D-Fruf1PO36PO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-13P / 1,3-DIHYDROXYACETONEPHOSPHATE / ジヒドロキシアセトンリン酸


分子量: 170.058 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H7O6P
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 635 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.62 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6
詳細: Reservoir: 0.2M Ammonium formate pH 6.6, 20% (w/v) PEG 3350. 25mg/ml protein with 90mM fructose-1,6-bisphosphate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月11日
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock high-resolution double crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→23.94 Å / Num. obs: 50944 / % possible obs: 91.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 29 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 21.86
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.66 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 94.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.3.0037精密化
HKL-3000データ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2OKG

2okg


解像度: 1.7→22.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 6.006 / SU ML: 0.106 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.13 / ESU R Free: 0.134 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25678 2727 5.1 %RANDOM
Rwork0.20067 ---
obs0.2035 50942 96.33 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.484 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.46 Å20 Å20 Å2
2---0.54 Å20 Å2
3---0.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→22.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3765 0 34 635 4434
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0223933
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3981.9845325
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4915523
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.65225.032157
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.94515736
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.2681523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2619
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.022875
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2140.22082
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.30.22755
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.160.2538
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2070.258
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1510.232
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6181.52601
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.924057
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.73831477
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.5994.51258
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.745 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.331 186 -
Rwork0.277 3513 -
obs--91.06 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.32014.06472.336920.5224.709112.702-0.4278-0.3250.67580.2874-0.2060.67160.9339-0.61110.63380.0151-0.02270.0278-0.0525-0.0227-0.037512.778-21.45227.35
21.19340.99290.33622.18521.24824.11370.0555-0.1265-0.04880.099-0.0756-0.23320.0647-0.00410.0202-0.13510.0427-0.0007-0.12610.0338-0.108615.747-10.82720.145
33.3473-0.9085-1.44771.9858-0.79592.5649-0.07720.1229-0.23380.00370.04590.12650.1658-0.24520.0313-0.1606-0.02490.0121-0.1557-0.008-0.16161.933-7.6212.276
424.05252.3516-12.92113.32551.498210.03030.1905-0.1348-0.00340.6907-0.01490.04560.3667-0.3958-0.17560.005-0.07080.0269-0.04960.0466-0.0727-6.995-11.99913.382
52.88431.4929-1.76194.7526-2.81575.8572-0.10050.33090.0202-0.01940.0833-0.1782-0.149-0.27950.0171-0.16040.00570.0036-0.10370.0415-0.1699-1.2892.116.066
663.18251.6918-53.584112.151-17.372866.42740.29380.76841.9281-0.9366-0.3019-0.12561.65031.50120.00820.03570.035-0.00590.18190.0923-0.11289.3034.682-7.869
71.3892.2141-1.42794.8002-4.32486.7087-0.07760.0689-0.029-0.26150.13420.10370.4335-0.1789-0.0566-0.1088-0.0135-0.0033-0.09860.0138-0.1568-1.719-1.7690.6
86.1513-0.5988-4.49372.1288-1.14919.3913-0.1748-0.3083-0.08450.39880.1909-0.259-0.30490.1222-0.0161-0.04650.0198-0.0385-0.1442-0.039-0.07232.22817.529-5.913
92.5778-0.00550.15440.06970.06421.6887-0.17040.0970.12460.09260.1091-0.0018-0.3138-0.22510.0613-0.12150.02180.024-0.14820.0091-0.1150.2176.6238.267
107.6416-5.00163.04217.8489-11.868143.11670.19440.5194-1.0406-0.39040.17130.1184-0.09491.7572-0.3658-0.1755-0.02890.023-0.0731-0.0851-0.014622.2310.4962.331
113.42080.3281-1.57032.9494-0.15742.70960.09420.3076-0.1382-0.1748-0.0642-0.0625-0.31470.0646-0.0299-0.1241-0.0196-0.005-0.12160.0006-0.164220.8198.4264.92
124.4364-0.225-1.77960.2697-1.28988.0879-0.05430.08250.39980.10180.06760.1801-0.3205-0.0056-0.0133-0.00050.0086-0.0128-0.13120.033-0.04827.81411.487.638
1312.8961-5.327-3.01632.65070.14693.3883-0.0489-0.19890.09670.39270.0684-0.0837-0.2132-0.1262-0.0195-0.1320.00890.0373-0.16750.0112-0.18136.6960.09616.473
143.12490.4929-0.94525.0632-0.37612.69630.1111-0.1271-0.08940.2587-0.2158-0.3524-0.16470.27060.1047-0.1464-0.011-0.0281-0.14610.0301-0.170217.436-2.517.26
158.14411.222510.009423.54315.481920.85320.1586-0.2798-0.70880.94230.006-2.97681.0281.0168-0.1647-0.06220.0587-0.0890.05560.12890.216325.167-10.15920.691
1610.168-8.916613.085710.729-11.039916.90580.266-0.0483-0.8321-0.913-0.01070.72050.9601-0.5457-0.25530.03840.0099-0.11890.0374-0.19160.2028-24.011-15.275-29.651
173.3619-1.75511.00813.9179-3.0639.42160.11740.1002-0.818-0.2225-0.18390.4569-0.0367-0.14470.0665-0.1045-0.0157-0.1025-0.1409-0.03650.138-21.406-11.327-22.905
181.9222.048-1.20863.6416-2.16362.73670.08760.0958-0.3809-0.24120.04540.15740.23290.0476-0.133-0.12780.0294-0.0682-0.1418-0.02650.0115-6.944-10.545-21.451
193.8945-0.7047-0.08275.7418-0.123.71430.1417-0.2323-0.6583-0.13150.01570.01260.31220.1629-0.1574-0.1406-0.0231-0.0712-0.13980.0648-0.0194-5.635-8.605-15.221
2012.4053-6.8909-3.333511.12913.7336.70010.07840.3878-1.1967-0.1698-0.22430.40190.81770.41740.1459-0.05140.0565-0.0462-0.0563-0.0317-0.04043.176-6.08-24.106
215.1266-0.55674.21738.5042-4.74047.77990.0408-0.28790.0838-0.0494-0.2594-0.0134-0.27270.06410.2186-0.1319-0.01480.0008-0.06070.0073-0.1812-9.255.721-9.766
222.9629-0.432-0.1895.18142.16133.05810.1779-0.2002-0.3743-0.0649-0.0889-0.27760.00870.1381-0.089-0.1673-0.0103-0.0213-0.10560.0511-0.14811.051-0.68-14.148
230.3126-1.2345-1.09635.39454.23013.8649-0.10280.26770.1413-0.0784-0.14510.2763-0.1709-0.28140.2479-0.10630.00420.0192-0.1055-0.0137-0.0687-0.39116.447-17.699
245.6037-1.136-2.15652.14310.36684.39240.0309-0.3056-0.31340.09860.03770.2788-0.1111-0.0918-0.0686-0.16030.0091-0.0222-0.13340.0315-0.1517-15.1442.162-16.287
2535.01870.77314.95331.37983.158526.1687-0.5015-1.47381.0584-0.03790.50280.1452-1.8197-0.3131-0.00130.17370.11720.0411-0.0128-0.0784-0.0145-23.09615.558-9.977
266.0637-0.4459-0.45235.3045-0.41283.1694-0.107-0.14840.11320.10110.11970.2427-0.3199-0.2962-0.0127-0.13640.0401-0.0334-0.12880.0027-0.1394-22.668.568-20.353
2736.98774.4908-3.080710.926610.020310.664-0.7338-0.24140.2262-0.76740.9132-0.4286-0.27830.553-0.1794-0.04690.00490.0169-0.0685-0.0280.0033-10.69414.472-18.31
2829.7659-4.7742-0.52081.76223.16549.5403-0.30660.86440.9128-0.38740.06780.4313-0.55210.26520.2387-0.0576-0.0146-0.0529-0.12220.0123-0.0614-10.6619.653-26.928
294.0385-0.4325-0.14731.0442-0.48712.43120.15180.1085-0.4493-0.11490.00120.1834-0.0003-0.1299-0.153-0.13840.0127-0.0678-0.1451-0.027-0.0575-18.727-3.223-24.609
3024.4687-11.520614.709812.5094-3.533527.75030.4087-0.6611-2.5968-0.15340.35421.81970.4229-1.2802-0.7629-0.1154-0.0671-0.0759-0.02160.07110.3763-29.913-11.087-20.73
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA86 - 931 - 8
2X-RAY DIFFRACTION2AA94 - 1249 - 39
3X-RAY DIFFRACTION3AA125 - 15840 - 73
4X-RAY DIFFRACTION4AA159 - 16674 - 81
5X-RAY DIFFRACTION5AA167 - 17982 - 94
6X-RAY DIFFRACTION6AA180 - 18495 - 99
7X-RAY DIFFRACTION7AA185 - 208100 - 123
8X-RAY DIFFRACTION8AA209 - 222124 - 137
9X-RAY DIFFRACTION9AA223 - 242138 - 157
10X-RAY DIFFRACTION10AA243 - 249158 - 164
11X-RAY DIFFRACTION11AA250 - 284165 - 199
12X-RAY DIFFRACTION12AA285 - 295200 - 210
13X-RAY DIFFRACTION13AA296 - 307211 - 222
14X-RAY DIFFRACTION14AA308 - 333223 - 248
15X-RAY DIFFRACTION15AA334 - 338249 - 253
16X-RAY DIFFRACTION16BB94 - 1029 - 17
17X-RAY DIFFRACTION17BB103 - 12018 - 35
18X-RAY DIFFRACTION18BB121 - 14736 - 62
19X-RAY DIFFRACTION19BB148 - 16363 - 78
20X-RAY DIFFRACTION20BB164 - 17479 - 89
21X-RAY DIFFRACTION21BB175 - 18490 - 99
22X-RAY DIFFRACTION22BB185 - 205100 - 120
23X-RAY DIFFRACTION23BB206 - 232121 - 147
24X-RAY DIFFRACTION24BB233 - 251148 - 166
25X-RAY DIFFRACTION25BB252 - 263167 - 178
26X-RAY DIFFRACTION26BB264 - 283179 - 198
27X-RAY DIFFRACTION27BB284 - 289199 - 204
28X-RAY DIFFRACTION28BB290 - 294205 - 209
29X-RAY DIFFRACTION29BB295 - 331210 - 246
30X-RAY DIFFRACTION30BB332 - 338247 - 253

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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