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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3bws | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the leptospiral antigen Lp49 | ||||||
要素 | protein Lp49 | ||||||
キーワード | UNKNOWN FUNCTION / Two-domain / immunoglobulin-like / 7-bladed beta propeller | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Leptospira interrogans (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.99 Å | ||||||
データ登録者 | Giuseppe, P.O. / Neves, F.O. / Nascimento, A.L.T.O. / Guimaraes, B.G. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Struct.Biol. / 年: 2008 タイトル: The leptospiral antigen Lp49 is a two-domain protein with putative protein binding function 著者: Giuseppe, P.O. / Neves, F.O. / Nascimento, A.L.T.O. / Guimaraes, B.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3bws.cif.gz | 180.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3bws.ent.gz | 149.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3bws.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3bws_validation.pdf.gz | 447.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3bws_full_validation.pdf.gz | 452.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3bws_validation.xml.gz | 35.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3bws_validation.cif.gz | 53.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bw/3bws ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bw/3bws | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 49592.988 Da / 分子数: 2 / 断片: Lp49 without predicted signal peptide / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: expression vector encodes a N-terminal Histag 由来: (組換発現) Leptospira interrogans (バクテリア) 株: Copenhageni, Fiocruz L1-130 isolate / 遺伝子: LIC10793 / プラスミド: pAE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41(DE3) / 参照: UniProt: Q8F0X1, UniProt: Q72U69*PLUS #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.26 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5 詳細: 0.2 M LiSO4, 15 % PEG 4000, 0.1 M Tris-HCl, microseeding, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 291K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: LNLS / ビームライン: W01B-MX2 / 波長: 0.9795 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年2月7日 |
放射 | モノクロメーター: DCM Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.99→53.45 Å / Num. obs: 60735 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 11.8 % / Biso Wilson estimate: 15.649 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.116 / Net I/σ(I): 19.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.99→2.1 Å / 冗長度: 10.5 % / Rmerge(I) obs: 0.379 / Mean I/σ(I) obs: 5.3 / Num. unique all: 8497 / % possible all: 93.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.99→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 4.021 / SU ML: 0.114 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.187 / ESU R Free: 0.171 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 19.839 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.99→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.99→2.041 Å / Total num. of bins used: 20
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