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万見
- PDB-3bw4: Crystal structures and site-directed mutagenesis study of nitroal... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bw4
タイトルCrystal structures and site-directed mutagenesis study of nitroalkane oxidase from Streptomyces ansochromogenes
要素2-nitropropane dioxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / TIM barrel / Dioxygenase
機能・相同性
機能・相同性情報


nitronate monooxygenase activity / dioxygenase activity / response to toxic substance / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Nitronate monooxygenase / Nitronate monooxygenase / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Propionate 3-nitronate monooxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces ansochromogenes (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Li, Y.H. / Gao, Z.Q. / Hou, H.F.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structures and site-directed mutagenesis study of nitroalkane oxidase from Streptomyces ansochromogenes
著者: Li, Y.H. / Gao, Z.Q. / Hou, H.F. / Dong, Y.H. / Tan, H.R.
履歴
登録2008年1月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年1月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年11月10日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-nitropropane dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,0963
ポリマ－38,5211
非ポリマー5752
水2,450136
1
A: 2-nitropropane dioxygenase
ヘテロ分子

A: 2-nitropropane dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,1926
ポリマ－77,0432
非ポリマー1,1494
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_554x,-y+1/2,-z-3/41
Buried area5450 Å2
ΔGint-43.9 kcal/mol
Surface area24750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.319, 113.319, 115.334
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122

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要素

#1: タンパク質 2-nitropropane dioxygenase


分子量: 38521.328 Da / 分子数: 1 / 変異: W320Y / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces ansochromogenes (バクテリア)
株: 7100 / 遺伝子: 2-npdl / プラスミド: pET23b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9FDD4, nitroalkane oxidase
#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 136 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.81 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.2M ammonium dihydrogen phosphate, 0.1M Tris-Cl, 50% MPD, pH8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年7月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. all: 25547 / Num. obs: 22020 / % possible obs: 86.2 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 9.8 % / Rmerge(I) obs: 0.089
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 9.1 % / Rmerge(I) obs: 0.53 / Num. unique all: 2524 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称分類
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
CNS精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3BW2

3bw2


解像度: 2.2→30 Å / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: maximum likelihood
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.216 910 4.7 %RANDOM
Rwork0.185 ---
obs0.185 18676 96.4 %-
all-19378 --
原子変位パラメータBiso mean: 29.12 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.012 Å20 Å20 Å2
2---5.012 Å20 Å2
3---10.023 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.2→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2530 0 39 136 2705
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.31
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d21.92
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.19
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION3FMN.param
X-RAY DIFFRACTION4MPD.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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