PDB-3bvp: Crystal Structure of the N-terminal Catalytic Domain of TP901-1 I...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3bvp

タイトル

Crystal Structure of the N-terminal Catalytic Domain of TP901-1 Integrase

要素

TP901-1 Integrase

キーワード

RECOMBINATION / DNA recombinase

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA strand exchange activity / DNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Lactococcus phage TP901-1 (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Yuan, P. / Van Duyne, G.D.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2008
タイトル: Tetrameric structure of a serine integrase catalytic domain.
著者: Yuan, P. / Gupta, K. / Van Duyne, G.D.

履歴

登録	2008年1月7日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年8月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2012年3月21日	Group: Database references
改定 1.3	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3bvp.cif.gz	70.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3bvp.ent.gz	52.8 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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CIF形式データ	3bvp_validation.cif.gz	11.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bv/3bvp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bv/3bvp	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	3bsq-d 6jni-4 6jni-1 6jni-3 6y4s-d 2od2-2 1szc-2 6jni-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: TP901-1 Integrase

B: TP901-1 Integrase

31.5 kDa, 2 ポリマー
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1

A: TP901-1 Integrase

B: TP901-1 Integrase

A: TP901-1 Integrase

B: TP901-1 Integrase

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
63 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.229, 67.229, 174.565
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

詳細

The biological assembly is a tetramer generated from the dimer in the asymmetric unit by the operations: y, x, -z.

#1: タンパク質	TP901-1 Integrase / INT 分子量: 15758.770 Da / 分子数: 2 / 断片: N-terminal catalytic domain / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Lactococcus phage TP901-1 (ファージ) 遺伝子: int / プラスミド: pGV1216 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q38184
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 200 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.62 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: PEG8000, Mg(OAc)2, pH 6.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 294K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1
3	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	ALS	8.2.1	1	1.0093
シンクロトロン	ALS	8.2.1	2	0.9200, 0.9203, 0.9099
シンクロトロン	ALS	8.2.1	3	1.0722, 1.0726, 1.0540

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
ADSC QUANTUM 4	1	CCD	2007年7月8日
ADSC QUANTUM 315	2	CCD	2007年7月8日
ADSC QUANTUM 315	3	CCD	2007年7月9日

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	Double crystal, Si(111)	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2		MAD	M	x-ray	2
3		MAD	M	x-ray	3

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1.0093	1
2	0.92	1
3	0.9203	1
4	0.9099	1
5	1.0722	1
6	1.0726	1
7	1.054	1

Reflection

冗長度: 9.4 % / Av σ(I) over netI: 11.3 / 数: 108679 / R_merge(I) obs: 0.069 / Χ²: 1.15 / D res high: 2.7 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 11556 / % possible obs: 99.2

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
5.81	50	96.2	1	0.031	1.316	8.8
4.62	5.81	97.7	1	0.048	1.487	8.8
4.03	4.62	99.4	1	0.072	1.651	9.1
3.66	4.03	99.8	1	0.096	1.741	9.4
3.4	3.66	99.9	1	0.105	1.519	9.5
3.2	3.4	100	1	0.129	1.078	9.6
3.04	3.2	100	1	0.172	0.861	9.6
2.91	3.04	99.9	1	0.24	0.683	9.7
2.8	2.91	100	1	0.329	0.609	9.7
2.7	2.8	99.9	1	0.404	0.619	9.7

反射

解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 23563 / % possible obs: 96.4 % / 冗長度: 8.1 % / R_merge(I) obs: 0.056 / Χ²: 1.115 / Net I/σ(I): 15.8

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2.1-2.18	5.1	0.44	1863	0.657	1,2,3	77.8
2.18-2.26	6.1	0.405	2135	0.65	1,2,3	89.7
2.26-2.37	7.6	0.355	2343	0.651	1,2,3	99.1
2.37-2.49	9	0.287	2408	0.672	1,2,3	100
2.49-2.65	9.2	0.194	2403	0.721	1,2,3	100
2.65-2.85	9.2	0.114	2413	0.782	1,2,3	100
2.85-3.14	9.1	0.08	2423	1.102	1,2,3	100
3.14-3.59	8.9	0.077	2459	1.883	1,2,3	99.9
3.59-4.52	8.5	0.058	2493	2.175	1,2,3	99.4
4.52-50	8	0.026	2623	1.334	1,2,3	97.9

-
位相決定

位相決定

手法:

多波長異常分散

Phasing set

ID
1
2
3
4
5
6

Phasing MAD

D res high: 2.73 Å / D res low: 20 Å / FOM : 0.39 / 反射: 9000

Phasing MAD set

Clust-ID	Expt-ID	Set-ID	波長 (Å)	F double prime refined	F prime refined
1	1	1	1.0722	12.04	-19.34
1	1	2	1.0726	8.64	-21.45
1	1	3	1.054	9.76	-9.49
1	2	4	0.92	4.16	-6.69
1	2	5	0.9203	3.24	-8.38
1	2	6	0.9099	3.4	-3.08

Phasing MAD set site

ID	Atom type symbol	B iso	Fract x	Fract y	Fract z	Occupancy
1	Br	60	0.948	0.471	0.082	0.246
2	Pt	60	0.049	0.497	0.042	0.103

Phasing MAD shell

解像度 (Å)	FOM	反射
9.19-20	0.67	614
6.03-9.19	0.7	926
4.78-6.03	0.54	1129
4.08-4.78	0.47	1293
3.62-4.08	0.37	1389
3.28-3.62	0.27	1392
3.03-3.28	0.18	1253
2.82-3.03	0.12	1004

Phasing MAD clust

ID	Expt-ID
1	1
1	2

Phasing MAD expt

ID
1
2

Phasing dm

FOM : 0.57 / FOM acentric: 0.56 / FOM centric: 0.61 / 反射: 9187 / Reflection acentric: 7411 / Reflection centric: 1776

Phasing dm shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
7.7-19.892	0.94	0.96	0.92	514	299	215
4.8-7.7	0.86	0.88	0.8	1534	1125	409
3.9-4.8	0.78	0.8	0.72	1840	1469	371
3.4-3.9	0.58	0.58	0.55	1752	1458	294
2.9-3.4	0.32	0.32	0.32	2500	2159	341
2.7-2.9	0.16	0.16	0.18	1047	901	146

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE	2.03	位相決定
RESOLVE	2.03	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.004	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.1→44 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.932 / SU B: 11.255 / SU ML: 0.147 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.182 / ESU R Free: 0.184
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.263	1195	5.1 %	RANDOM
R_work	0.198	-	-	-
obs	0.201	23494	96.44 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 64.09 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.93 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	1.93 Å²	0 Å²
3-	-	-	-3.86 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.1→44 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2132	0	0	200	2332

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	2179
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.212	1.964	2938
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.846	5	267
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.652	24.095	105
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.294	15	409
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.979	15	17
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	341
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	1606
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.211	0.2	1014
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.306	0.2	1547
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.175	0.2	128
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.186	0.2	60
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.135	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.912	2	1371
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.475	3	2144
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.949	2	918
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.436	3	792

LS精密化シェル

解像度: 2.097→2.151 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.333	69	-
R_work	0.291	1285	-
all	-	1354	-
obs	-	-	76.8 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.6047	-1.0724	-1.1784	3.51	-0.8115	8.2312	-0.0797	-0.3786	-1.0193	-0.0953	-0.3258	0.2517	0.9408	-0.0616	0.4056	0.2043	0.0519	0.1402	-0.2465	0.1019	-0.0026	64.1042	24.5778	-2.3512
2	4.5524	-1.5553	-1.3978	5.0638	0.6442	11.5625	-0.1674	-0.0263	-0.6442	-0.2266	-0.1665	0.3689	0.5248	-0.4845	0.3338	-0.1035	-0.0247	0.091	-0.3017	0.012	-0.2043	56.3982	33.0371	-2.6651
3	4.4598	-3.5255	5.4406	10.4413	-15.7438	46.7545	-0.0687	0.1107	-0.2478	-0.7051	-0.2891	0.191	1.2979	-0.5247	0.3578	-0.2387	-0.0639	0.0342	-0.2976	-0.0624	-0.2957	49.5004	45.0614	-7.8908
4	9.8592	2.1183	-0.4347	7.5416	-1.6001	8.1754	-0.0948	-0.2014	0.0376	0.0957	-0.1422	-0.585	-0.377	0.5995	0.237	-0.1904	-0.1226	-0.1561	-0.1464	0.1565	-0.187	66.7216	44.9988	22.1192
5	4.2338	-0.8265	0.4544	7.0732	-1.2744	9.0504	-0.1029	-0.2184	0.1879	-0.0019	-0.3521	-0.8317	-0.548	0.7541	0.455	-0.1871	-0.1388	-0.1282	0.0373	0.1681	-0.2124	68.8295	45.7545	21.734
6	5.003	-1.6097	-0.3992	4.6956	0.2928	9.3793	-0.1373	-0.0558	0.2815	-0.1213	-0.2289	-0.3422	-0.4888	0.0526	0.3662	-0.2121	-0.0667	-0.0825	-0.1449	0.0799	-0.2881	61.8749	50.0213	14.2486
7	32.4544	-21.931	-15.195	17.8063	10.0436	13.1578	-0.0087	-0.8557	0.614	-0.1525	0.1939	-0.2981	-0.4976	0.3611	-0.1851	-0.26	-0.0771	-0.0706	-0.2516	-0.0112	-0.3953	50.0594	56.8024	7.6395

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	3 - 73	3 - 73
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	74 - 116	74 - 116
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	117 - 138	117 - 138
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	3 - 13	3 - 13
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	B	20 - 73	20 - 73
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	B	74 - 116	74 - 116
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	B	117 - 138	117 - 138

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)