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Yorodumi- PDB-3bvp: Crystal Structure of the N-terminal Catalytic Domain of TP901-1 I... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3bvp | ||||||
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Title | Crystal Structure of the N-terminal Catalytic Domain of TP901-1 Integrase | ||||||
Components | TP901-1 Integrase | ||||||
Keywords | RECOMBINATION / DNA recombinase | ||||||
Function / homology | Function and homology information | ||||||
Biological species | Lactococcus phage TP901-1 (virus) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MAD / Resolution: 2.1 Å | ||||||
Authors | Yuan, P. / Van Duyne, G.D. | ||||||
Citation | Journal: Structure / Year: 2008 Title: Tetrameric structure of a serine integrase catalytic domain. Authors: Yuan, P. / Gupta, K. / Van Duyne, G.D. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3bvp.cif.gz | 70.2 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3bvp.ent.gz | 52.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3bvp.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bv/3bvp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bv/3bvp | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Similar structure data |
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-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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Details | The biological assembly is a tetramer generated from the dimer in the asymmetric unit by the operations: y, x, -z. |
-Components
#1: Protein | Mass: 15758.770 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: N-terminal catalytic domain Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Lactococcus phage TP901-1 (virus) / Gene: int / Plasmid: pGV1216 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) / References: UniProt: Q38184 #2: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.12 Å3/Da / Density % sol: 60.62 % |
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Crystal grow | Temperature: 294 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6 Details: PEG8000, Mg(OAc)2, pH 6.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 294K |
-Data collection
Diffraction |
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Diffraction source |
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Detector |
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Radiation |
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Radiation wavelength |
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Reflection | Redundancy: 9.4 % / Av σ(I) over netI: 11.3 / Number: 108679 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Χ2: 1.15 / D res high: 2.7 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 11556 / % possible obs: 99.2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Diffraction reflection shell |
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Reflection | Resolution: 2.1→50 Å / Num. obs: 23563 / % possible obs: 96.4 % / Redundancy: 8.1 % / Rmerge(I) obs: 0.056 / Χ2: 1.115 / Net I/σ(I): 15.8 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell |
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-Phasing
Phasing | Method: MAD | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Phasing set |
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Phasing MAD | D res high: 2.73 Å / D res low: 20 Å / FOM : 0.39 / Reflection: 9000 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing MAD set |
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Phasing MAD set site |
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Phasing MAD shell |
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Phasing MAD clust |
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Phasing MAD expt |
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Phasing dm | FOM : 0.57 / FOM acentric: 0.56 / FOM centric: 0.61 / Reflection: 9187 / Reflection acentric: 7411 / Reflection centric: 1776 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Phasing dm shell |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MAD / Resolution: 2.1→44 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 11.255 / SU ML: 0.147 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.182 / ESU R Free: 0.184 Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES Details: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.2 Å / Solvent model: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 64.09 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.1→44 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Resolution: 2.097→2.151 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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