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- PDB-3bv8: Crystal structure of the N-terminal domain of tetrahydrodipicolin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bv8
タイトルCrystal structure of the N-terminal domain of tetrahydrodipicolinate acetyltransferase from Staphylococcus aureus
要素Tetrahydrodipicolinate acetyltransferase
キーワードTRANSFERASE / acetyltransferase / pfam08503 / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


tetrahydrodipicolinate N-acetyltransferase / tetrahydrodipicolinate N-acetyltransferase activity / diaminopimelate biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate
類似検索 - 分子機能
2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-acetyltransferase, N-terminal / 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-acetyltransferase, DapH / Tetrahydrodipicolinate succinyltransferase N-terminal / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / : / Hexapeptide repeat of succinyl-transferase / Hexapeptide transferase, conserved site / Hexapeptide-repeat containing-transferases signature. / Hexapeptide repeat / Bacterial transferase hexapeptide (six repeats) ...2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-acetyltransferase, N-terminal / 2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-acetyltransferase, DapH / Tetrahydrodipicolinate succinyltransferase N-terminal / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / : / Hexapeptide repeat of succinyl-transferase / Hexapeptide transferase, conserved site / Hexapeptide-repeat containing-transferases signature. / Hexapeptide repeat / Bacterial transferase hexapeptide (six repeats) / Trimeric LpxA-like superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2,3,4,5-tetrahydropyridine-2,6-dicarboxylate N-acetyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Cuff, M.E. / Duggan, E. / Clancy, S. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: Structure of the N-terminal domain of tetrahydrodipicolinate acetyltransferase from Staphylococcus aureus.
著者: Cuff, M.E. / Duggan, E. / Clancy, S. / Joachimiak, A.
履歴
登録2008年1月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tetrahydrodipicolinate acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,2123
ポリマ－10,0971
非ポリマー1152
水2,684149
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
A: Tetrahydrodipicolinate acetyltransferase
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,27318
ポリマ－60,5826
非ポリマー69112
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+1/21
crystal symmetry operation11_655-x+y+1,y,-z+1/21
crystal symmetry operation12_555x,x-y,-z+1/21
Buried area16460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.503, 76.503, 93.862
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-103-

HOH

21A-111-

HOH

31A-113-

HOH

41A-152-

HOH

51A-236-

HOH

詳細AUTHORS STATE THAT THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS PROTEIN IS UNKNOWN.

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要素

#1: タンパク質 Tetrahydrodipicolinate acetyltransferase


分子量: 10097.082 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal domain: Residues 5-88 / 変異: S20F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
生物種: Staphylococcus aureus / 株: Mu50 / 遺伝子: dapD, SAV1397 / プラスミド: pMCSG7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q7A2S0
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 149 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.67 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 2.4M Sodium malonate pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97921, 0.97942
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2007年8月5日
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979211
20.979421
反射解像度: 1.75→50 Å / Num. all: 16945 / Num. obs: 16945 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.5 % / Biso Wilson estimate: 20.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Χ2: 1.78 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 1.75→1.79 Å / 冗長度: 9.8 % / Rmerge(I) obs: 0.522 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / Num. unique all: 1105 / Χ2: 0.924 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定手法: 多波長異常分散
Phasing MADD res high: 1.75 Å / D res low: 50 Å / FOM : 0.447 / FOM acentric: 0.48 / FOM centric: 0.285 / 反射: 16823 / Reflection acentric: 13940 / Reflection centric: 2883
Phasing MAD set

最高解像度: 1.75 Å / 最低解像度: 50 Å

IDR cullis acentricR cullis centricLoc acentricLoc centricPower acentricPower centricReflection acentricReflection centric
12.3810.20.100139402883
20.890.846.28.60.720.58138982870
Phasing MAD set shell
ID解像度 (Å)R cullis acentricR cullis centricLoc acentricLoc centricPower acentricPower centricReflection acentricReflection centric
111.24-501.1410.30.2002852
16.33-11.241.9810.50.200195149
14.41-6.331.5610.40.200531231
13.38-4.411.1910.30.2001013313
12.74-3.381.810.30.1001681409
12.31-2.742.7110.20.1002479494
11.99-2.313.0110.20.1003457582
11.75-1.995.2410.20004556653
211.24-500.740.6756.22.921.452850
26.33-11.240.570.575.26.92.281.73195149
24.41-6.330.620.655.67.51.921.31531228
23.38-4.410.750.755.98.21.440.881012311
22.74-3.380.780.755.381.230.771681409
22.31-2.740.880.885.78.20.840.482477491
21.99-2.310.970.926.19.10.540.363448581
21.75-1.990.990.98710.10.330.24526651
Phasing MAD set site
IDAtom type symbolB isoFract xFract yFract zOccupancy
1Se25.54709-0.524-0.176-0.2150
2Se25.70739-0.524-0.177-0.215-0.138
Phasing MAD shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
11.24-500.6060.8650.466802852
6.33-11.240.7390.8250.627344195149
4.41-6.330.730.8120.542762531231
3.38-4.410.6560.7350.413261013313
2.74-3.380.6250.6790.40320901681409
2.31-2.740.5260.5820.24629732479494
1.99-2.310.3950.4290.18940393457582
1.75-1.990.2540.2780.08652094556653
Phasing dm手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 16823
Phasing dm shell
解像度 (Å)Delta phi finalFOM 反射
5.96-10037.70.891503
4.67-5.9629.20.942502
4.03-4.6736.50.949514
3.65-4.03370.94505
3.37-3.6535.30.931513
3.17-3.3733.10.947501
3-3.1738.60.93522
2.86-342.70.925520
2.74-2.8640.30.913543
2.63-2.7446.10.89555
2.54-2.6344.30.878583
2.45-2.5448.10.86608
2.37-2.4549.40.864616
2.3-2.3751.80.857635
2.24-2.354.20.838657
2.18-2.2454.50.848667
2.12-2.1852.60.828699
2.07-2.1262.20.849704
2.02-2.0760.20.836731
1.98-2.0261.10.848748
1.94-1.9864.50.815763
1.9-1.9464.50.805765
1.86-1.966.40.772778
1.83-1.8671.70.749780
1.79-1.8371.80.732810
1.75-1.7974.70.7041101

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
直接法5位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
SHELXD位相決定
SHELXEモデル構築
SOLVE位相決定
RESOLVE位相決定
ARP/wARPモデル構築
CCP4位相決定
Oモデル構築
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.75→29.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 3.239 / SU ML: 0.054 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.088 / ESU R Free: 0.086
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.197 854 5.1 %RANDOM
Rwork0.175 ---
all0.176 16822 --
obs0.176 16822 99.29 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.855 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.93 Å20.47 Å20 Å2
2--0.93 Å20 Å2
3----1.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→29.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数695 0 7 149 851
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.022835
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3781.9631140
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1675108
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.27625.95242
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.7115153
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg27.59152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.10.2116
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02665
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2210.2376
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3070.2609
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1740.2114
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1380.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2020.248
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1770.240
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7331.5500
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.3892826
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.3053345
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.8044.5314
LS精密化 シェル解像度: 1.75→1.8 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.364 60 -
Rwork0.286 1143 -
all-1203 -
obs--98.45 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 47.9946 Å / Origin y: 28.75 Å / Origin z: 35.2154 Å
111213212223313233
T-0.0554 Å2-0.0204 Å2-0.0126 Å2--0.0386 Å2-0.012 Å2---0.0479 Å2
L0.5587 °2-0.2025 °20.5506 °2-0.4577 °2-0.3822 °2--2.157 °2
S0.0121 Å °-0.0436 Å °0.0404 Å °0.0609 Å °0.0094 Å °-0.0766 Å °-0.1197 Å °0.0743 Å °-0.0215 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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