PDB-3bu9: Selenomethionine derivative of monomine L57,63,87,146M mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3bu9

タイトル

Selenomethionine derivative of monomine L57,63,87,146M mutant

要素

Lipocalin

キーワード

LIGAND BINDING PROTEIN / BETA BARREL / LIPOCALIN

機能・相同性

機能・相同性情報

amine binding / symbiont-mediated perturbation of host defenses
類似検索 - 分子機能

生物種

Argas monolakensis (ダニ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Mans, B.J. / Ribeiro, J.M. / Andersen, J.F.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Structure, function, and evolution of biogenic amine-binding proteins in soft ticks.
著者: Mans, B.J. / Ribeiro, J.M. / Andersen, J.F.

履歴

登録	2008年1月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年4月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2024年10月9日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3bu9.cif.gz	73.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3bu9.ent.gz	53.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3bu9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3bu9_validation.pdf.gz	415.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3bu9_full_validation.pdf.gz	415.6 KB	表示
XML形式データ	3bu9_validation.xml.gz	10.2 KB	表示
CIF形式データ	3bu9_validation.cif.gz	13.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bu/3bu9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bu/3bu9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3brnC 3bs2C 3bu1C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6vuq-2 6gxg-3 6ay1-8 6ay1-2 3bu1-d 6ay1-4 1iuk-d 3zto-d 1adl-d 4nyn-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (1) #78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Lipocalin

16.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	36.281, 56.547, 58.747
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Lipocalin 分子量: 16180.850 Da / 分子数: 1 / 変異: L57,63,87,146M mutant / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Argas monolakensis (ダニ) / プラスミド: pET17b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q09JX9
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.86 Å³/Da / 溶媒含有率: 33.95 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 2M ammonium sulfate, 100 mM Tris HCl, pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97918 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月16日 / 詳細: Si(111)

放射

モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97918 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 3.9 % / Av σ(I) over netI: 11.2 / 数: 181485 / R_merge(I) obs: 0.05 / Χ²: 0.99 / D res high: 1.4 Å / D res low: 20 Å / Num. obs: 45974 / % possible obs: 100

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
3.01	20	99.7	1	0.027	1.155	4
2.39	3.01	100	1	0.038	1.305	4
2.09	2.39	100	1	0.044	1.144	4.1
1.9	2.09	100	1	0.061	1.251	4.1
1.76	1.9	100	1	0.079	0.851	4.1
1.66	1.76	100	1	0.113	0.802	4
1.58	1.66	100	1	0.146	0.791	4
1.51	1.58	100	1	0.2	0.881	4
1.45	1.51	100	1	0.251	0.873	3.9
1.4	1.45	100	1	0.311	0.845	3.5

反射

解像度: 1.4→40.76 Å / Num. all: 45974 / Num. obs: 45974 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.05 / Χ²: 0.993 / Net I/σ(I): 11.2

反射シェル

解像度: 1.4→1.45 Å / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.311 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique all: 4575 / Χ²: 0.845 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定

手法:

単波長異常分散

Phasing MAD

D res high: 1.4 Å / D res low: 15 Å / FOM : 0.314 / FOM acentric: 0.356 / FOM centric: 0 / 反射: 24406 / Reflection acentric: 21483 / Reflection centric: 2923

Phasing MAD set

R cullis acentric: 2 / R cullis centric: 1 / 最高解像度: 1.4 Å / 最低解像度: 15 Å / Loc acentric: 0.1 / Loc centric: 0.1 / Power acentric: 0 / Power centric: 0 / Reflection acentric: 21483 / Reflection centric: 2923

Phasing MAD set shell

ID: 1 / R cullis centric: 1 / Power acentric: 0 / Power centric: 0

解像度 (Å)	R cullis acentric	Loc acentric	Loc centric	Reflection acentric	Reflection centric
6.77-15	1.63	0.4	0.2	138	104
4.38-6.77	1.51	0.4	0.2	465	170
3.23-4.38	1.18	0.3	0.2	997	250
2.56-3.23	1.45	0.2	0.1	1719	326
2.12-2.56	1.6	0.2	0.1	2647	404
1.81-2.12	2.05	0.1	0.1	3777	484
1.58-1.81	3.73	0.1	0	5120	555
1.4-1.58	5.85	0.1	0	6620	630

Phasing MAD set site

ID	Atom type symbol	B iso	Fract x	Fract y	Fract z
1	Se	14.41721	-0.141	-0.16	-0.049
2	Se	22.1548	0.002	-0.067	-0.051
3	Se	25.59943	-0.241	-0.223	-0.019
4	Se	35.7292	-0.248	-0.249	0.275
5	Se	10.38099	-0.212	-0.232	0.304

Phasing MAD shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
6.77-15	0.305	0.535	242	138	104
4.38-6.77	0.423	0.578	635	465	170
3.23-4.38	0.424	0.53	1247	997	250
2.56-3.23	0.456	0.543	2045	1719	326
2.12-2.56	0.45	0.518	3051	2647	404
1.81-2.12	0.384	0.433	4261	3777	484
1.58-1.81	0.282	0.312	5675	5120	555
1.4-1.58	0.171	0.188	7250	6620	630

Phasing dm

手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 16497

Phasing dm shell

解像度 (Å)	Delta phi final	FOM	反射
5.24-100	68	0.783	506
4.16-5.24	63.1	0.862	508
3.61-4.16	63.1	0.879	507
3.27-3.61	60.4	0.867	506
3.03-3.27	59	0.843	505
2.85-3.03	61.2	0.866	508
2.7-2.85	62.3	0.867	513
2.58-2.7	57.7	0.875	507
2.47-2.58	61.5	0.851	536
2.38-2.47	63.7	0.868	567
2.29-2.38	57.8	0.885	575
2.22-2.29	61	0.879	604
2.15-2.22	55.2	0.891	605
2.09-2.15	59	0.89	630
2.03-2.09	54.9	0.876	638
1.97-2.03	60.6	0.887	692
1.93-1.97	58.6	0.867	674
1.88-1.93	55.9	0.845	710
1.84-1.88	60.1	0.86	716
1.8-1.84	62.4	0.834	727
1.76-1.8	61.6	0.841	742
1.72-1.76	62	0.846	749
1.69-1.72	66.8	0.819	797
1.66-1.69	66.1	0.816	785
1.63-1.66	66.5	0.773	801
1.6-1.63	67.7	0.763	889

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
MLPHARE		位相決定
直接法	5	位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.004	データ抽出
HKL-3000		データ収集

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.4→40.76 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.935 / SU B: 2.04 / SU ML: 0.038 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.082 / ESU R Free: 0.071 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.215	1246	5.1 %	RANDOM
R_work	0.177	-	-	-
all	0.179	24407	-	-
obs	0.179	24407	99.8 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 12.226 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.09 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.23 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.14 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→40.76 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1091	0	0	156	1247

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.021	1118
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.237	1.915	1526
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.898	5	151
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.965	25.577	52
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.665	15	173
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.421	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.082	0.2	167
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	871
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.193	0.2	484
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.301	0.2	801
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.095	0.2	122
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.184	0.2	41
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.211	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.058	1.5	730
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.672	2	1159
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.821	3	439
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.464	4.5	363
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	2.15	3	1169
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	4.025	3	156
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	2.612	3	1091

LS精密化シェル

解像度: 1.4→1.436 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.28	92	-
R_work	0.207	1660	-
all	-	1752	-
obs	-	-	99.38 %

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