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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3btv | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the super-repressor mutant of Gal80p from Saccharomyces cerevisiae; Gal80(S0)-[G301R] | ||||||
![]() | Galactose/lactose metabolism regulatory protein GAL80 | ||||||
![]() | TRANSCRIPTION / eukaryotic transcription repressor / Acetylation / Carbohydrate metabolism / DNA-binding / Galactose metabolism / Transcription regulation | ||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / kinase inhibitor activity / galactose metabolic process / negative regulation of phosphorylation / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / transcription repressor complex / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / nucleotide binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II ...regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / kinase inhibitor activity / galactose metabolic process / negative regulation of phosphorylation / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / transcription repressor complex / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / nucleotide binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kumar, P.R. / Joshua-Tor, L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: NADP regulates the yeast GAL induction system. 著者: Kumar, P.R. / Yu, Y. / Sternglanz, R. / Johnston, S.A. / Joshua-Tor, L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 170.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 135.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 441.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 463.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 32.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 44 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 48754.434 Da / 分子数: 2 / 変異: G301R / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: GAL80 / プラスミド: PET28a / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.09 % |
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結晶化 | 温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 20% PEG 3350, 0.15M Sodium Fluoride, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 詳細: monochromator |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→50 Å / Num. all: 57002 / Num. obs: 56922 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.6 % / Biso Wilson estimate: 42.556 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 31.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 0.767 / Mean I/σ(I) obs: 2.06 / % possible all: 99.8 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 3BTU 解像度: 2.1→46.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 12.355 / SU ML: 0.165 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.24 / ESU R Free: 0.201 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→46.61 Å
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.14 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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