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- PDB-3btn: Crystal structure of antizyme inhibitor, an ornithine decarboxyla... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3btn
タイトルCrystal structure of antizyme inhibitor, an ornithine decarboxylase homologous protein
要素Antizyme inhibitor 1
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / TIM-like a/b barrel domain and a sheet domain / Structural Genomics / Israel Structural Proteomics Center / ISPC / Polyamine biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


ornithine decarboxylase activator activity / positive regulation of polyamine transmembrane transport / positive regulation of centrosome duplication / putrescine biosynthetic process from ornithine / Regulation of ornithine decarboxylase (ODC) / ornithine decarboxylase activity / polyamine metabolic process / positive regulation of epithelial cell proliferation / negative regulation of protein catabolic process / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Antizyme inhibitor 1 / Ornithine decarboxylase / Orn/DAP/Arg decarboxylase 2, conserved site / Orn/DAP/Arg decarboxylases family 2 signature 2. / Orn/DAP/Arg decarboxylase 2, C-terminal / Pyridoxal-dependent decarboxylase, C-terminal sheet domain / Ornithine/DAP/Arg decarboxylase / Orn/DAP/Arg decarboxylase 2, N-terminal / Pyridoxal-dependent decarboxylase, pyridoxal binding domain / Lyase, Ornithine Decarboxylase; Chain A, domain 1 ...Antizyme inhibitor 1 / Ornithine decarboxylase / Orn/DAP/Arg decarboxylase 2, conserved site / Orn/DAP/Arg decarboxylases family 2 signature 2. / Orn/DAP/Arg decarboxylase 2, C-terminal / Pyridoxal-dependent decarboxylase, C-terminal sheet domain / Ornithine/DAP/Arg decarboxylase / Orn/DAP/Arg decarboxylase 2, N-terminal / Pyridoxal-dependent decarboxylase, pyridoxal binding domain / Lyase, Ornithine Decarboxylase; Chain A, domain 1 / Lyase, Ornithine Decarboxylase; Chain A, domain 1 / Alanine racemase / Alanine racemase/group IV decarboxylase, C-terminal / PLP-binding barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Beta Barrel / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Antizyme inhibitor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Dym, O. / Unger, T. / Albeck, S. / Kahana, C. / Israel Structural Proteomics Center (ISPC)
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2008
タイトル: Crystallographic and biochemical studies revealing the structural basis for antizyme inhibitor function.
著者: Albeck, S. / Dym, O. / Unger, T. / Snapir, Z. / Bercovich, Z. / Kahana, C.
履歴
登録2007年12月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Antizyme inhibitor 1
B: Antizyme inhibitor 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,1822
ポリマ－99,1822
非ポリマー00
水3,459192
1
A: Antizyme inhibitor 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,5911
ポリマ－49,5911
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Antizyme inhibitor 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,5911
ポリマ－49,5911
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.769, 98.389, 117.331
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
詳細AUTHORS STATE THAT THIS PROTEIN IS A MONOMER IN SOLUTION.

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要素

#1: タンパク質 Antizyme inhibitor 1 / AZI / Ornithine decarboxylase antizyme inhibitor


分子量: 49590.855 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Azin1, Oazi, Oazin / プラスミド: pETG-20A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O35484
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 192 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.43 %
結晶化温度: 292 K / 手法: microbatch under oil / pH: 8
詳細: 0.2M CaCl2, 0.1M Tris-HCl, 6% PEG 6000, 13mM 2,6-Dimethyl-4-heptyl-beta-D-maltoside, pH 8.0, MICROBATCH UNDER OIL, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.97900, 0.98000, 0.97600
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月4日 / 詳細: Toroidal Zerodur mirror
放射モノクロメーター: Si(111) or Si(311) crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9791
20.981
30.9761
反射解像度: 2.04→50 Å / Num. obs: 68784 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.4 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rsym value: 0.075 / Net I/σ(I): 26.7
反射 シェル解像度: 2.04→2.11 Å / 冗長度: 12.3 % / Rmerge(I) obs: 0.418 / Mean I/σ(I) obs: 5.8 / Rsym value: 0.398 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SOLVE位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
ADSCQuantumデータ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.05→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 3.756 / SU ML: 0.106 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.164 / ESU R Free: 0.156 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.241 3447 5.1 %RANDOM
Rwork0.198 ---
obs0.2 64688 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.46 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.42 Å20 Å20 Å2
2--0.59 Å20 Å2
3----0.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.05→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6091 0 0 192 6283
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0350.0226232
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.531.9468443
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg10.0855782
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.64325.318267
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.833151037
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.352158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2150.2951
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.024661
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2310.22628
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3180.24233
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1630.2249
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1960.242
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.450.220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1291.54070
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.17226286
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.75232569
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.5574.52153
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.1 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.269 294 -
Rwork0.209 4670 -
obs--99.96 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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