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- PDB-3btl: crystal structure of QacR(E58Q) bound to malachite green -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3btl
タイトルcrystal structure of QacR(E58Q) bound to malachite green
要素HTH-type transcriptional regulator qacR
キーワードTRANSCRIPTION / QacR / multidrug binding / Malachite green / dye / DNA-binding / Plasmid / Repressor / Transcription regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Transcription regulator QacR, C-terminal / QacR-like protein, C-terminal region / : / DNA-binding HTH domain, TetR-type, conserved site / TetR-type HTH domain signature. / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type ...Transcription regulator QacR, C-terminal / QacR-like protein, C-terminal region / : / DNA-binding HTH domain, TetR-type, conserved site / TetR-type HTH domain signature. / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
MALACHITE GREEN / HTH-type transcriptional regulator QacR
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50 (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Schumacher, M.A. / Schuman, J.T. / Brennan, R.G.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008
タイトル: QacR-cation recognition is mediated by a redundancy of residues capable of charge neutralization
著者: Peters, K.M. / Schuman, J.T. / Skurray, R.A. / Brown, M.H. / Brennan, R.G. / Schumacher, M.A.
履歴
登録2007年12月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: database_2 / entity_src_gen ...database_2 / entity_src_gen / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: HTH-type transcriptional regulator qacR
D: HTH-type transcriptional regulator qacR
A: HTH-type transcriptional regulator qacR
E: HTH-type transcriptional regulator qacR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,47921
ポリマ－88,6134
非ポリマー1,86617
水00
1
B: HTH-type transcriptional regulator qacR
A: HTH-type transcriptional regulator qacR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,2129
ポリマ－44,3062
非ポリマー9067
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: HTH-type transcriptional regulator qacR
E: HTH-type transcriptional regulator qacR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,26712
ポリマ－44,3062
非ポリマー96110
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
D: HTH-type transcriptional regulator qacR
E: HTH-type transcriptional regulator qacR
ヘテロ分子

D: HTH-type transcriptional regulator qacR
E: HTH-type transcriptional regulator qacR
ヘテロ分子

D: HTH-type transcriptional regulator qacR
E: HTH-type transcriptional regulator qacR
ヘテロ分子

D: HTH-type transcriptional regulator qacR
E: HTH-type transcriptional regulator qacR
ヘテロ分子

B: HTH-type transcriptional regulator qacR
A: HTH-type transcriptional regulator qacR
ヘテロ分子

B: HTH-type transcriptional regulator qacR
A: HTH-type transcriptional regulator qacR
ヘテロ分子

B: HTH-type transcriptional regulator qacR
A: HTH-type transcriptional regulator qacR
ヘテロ分子

B: HTH-type transcriptional regulator qacR
A: HTH-type transcriptional regulator qacR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)361,91684
ポリマ－354,45016
非ポリマー7,46668
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
crystal symmetry operation8_556-y,-x,-z+11
crystal symmetry operation3_455-y-1/2,x+1/2,z+1/21
crystal symmetry operation4_545y+1/2,-x-1/2,z+1/21
crystal symmetry operation5_455-x-1/2,y+1/2,-z+1/21
crystal symmetry operation6_545x+1/2,-y-1/2,-z+1/21
Buried area60270 Å2
ΔGint-1217.6 kcal/mol
Surface area121890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)171.790, 171.790, 94.760
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212

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要素

#1: タンパク質
HTH-type transcriptional regulator qacR


分子量: 22153.156 Da / 分子数: 4 / 変異: E58Q,C72A,C141S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus Mu50 (黄色ブドウ球菌)
株: Mu50 / 遺伝子: qacR / プラスミド: pQE / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A0N3
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-MGR / MALACHITE GREEN


分子量: 329.458 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H25N2 / コメント: 抗菌剤*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.82 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: ammonium sulphate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1.03 Å
検出器タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2004年4月11日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→76.83 Å / Num. all: 32156 / Num. obs: 31835 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9 % / Biso Wilson estimate: 19.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rsym value: 0.055 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 2.9→3.07 Å / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.289 / Mean I/σ(I) obs: 0.3 / Num. unique all: 500 / Rsym value: 0.2 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
CrystalClearデータ収集
d*TREKデータ削減
d*TREKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB entry 1jt6

1jt6


解像度: 2.9→76.83 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / Data cutoff high absF: 2284795.62 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.262 1576 5 %RANDOM
Rwork0.211 ---
all0.211 31835 --
obs0.211 31708 99 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 53.9449 Å2 / ksol: 0.335033 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 82.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.76 Å20 Å20 Å2
2--3.76 Å20 Å2
3----7.52 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.45 Å0.35 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.62 Å0.48 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→76.83 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6188 0 105 0 6293
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d18.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.72
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it5.551.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it8.162
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it8.992
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it122.5
LS精密化 シェル解像度: 2.9→3.08 Å / Rfactor Rfree error: 0.025 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.433 291 5.6 %
Rwork0.368 4901 -
obs-500 99.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top
X-RAY DIFFRACTION3MGR_par.txtMGR_top.txt
X-RAY DIFFRACTION4ion.paramion.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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