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万見
- PDB-3bsd: Light harvesting protein from RC of Chlorobium tepidum -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bsd
タイトルLight harvesting protein from RC of Chlorobium tepidum
要素Bacteriochlorophyll a protein
キーワードPHOTOSYNTHESIS / green bacteria / light harvesting / Bacteriochlorophyll / Chlorophyll / Chromophore / Electron transport / Magnesium / Metal-binding / Reaction center / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


bacteriochlorophyll binding / photosynthesis / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Bacteriochlorophyll-a Protein / Bacteriochlorophyll A / Bacteriochlorophyll A protein / Bacteriochlorophyll A superfamily / Bacteriochlorophyll A protein / Clam / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BACTERIOCHLOROPHYLL A / Bacteriochlorophyll a protein
類似検索 - 構成要素
生物種Chlorobaculum tepidum (バクテリア)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Nelson, N. / Frolow, F. / Brn-Shem, A.
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2004
タイトル: Evolution of photosystem I - from symmetry through pseudo-symmetry to asymmetry.
著者: Ben-Shem, A. / Frolow, F. / Nelson, N.
履歴
登録2007年12月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年1月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bacteriochlorophyll a protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,66010
ポリマ－40,3431
非ポリマー7,3169
水3,207178
1
A: Bacteriochlorophyll a protein
ヘテロ分子

A: Bacteriochlorophyll a protein
ヘテロ分子

A: Bacteriochlorophyll a protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,97930
ポリマ－121,0303
非ポリマー21,94927
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_466y-1/2,-z+3/2,-x+11
crystal symmetry operation8_656-z+1,x+1/2,-y+3/21
Buried area52080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)167.695, 167.695, 167.695
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number214
Space group name H-MI4132
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-427-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Bacteriochlorophyll a protein / BChl a protein / BCP / Fenna-Matthews-Olson protein / FMO protein / Light harvesting protein


分子量: 40343.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chlorobaculum tepidum (バクテリア) / 参照: UniProt: Q46393
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-BCL / BACTERIOCHLOROPHYLL A


分子量: 911.504 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H74MgN4O6
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 178 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細PUTATIVE ADDITIONAL CHLOROPHYLL BINDING SITE

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.49 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 2.6M hexanediol, 0.2M magnesium chloride, 0.1M HEPES pH 7.5, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU ULTRAX 18 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年12月28日 / 詳細: Osmic multilayer mirrors
放射モノクロメーター: Osmic multilayer mirrors that act also as a monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→118.68 Å / Num. all: 18219 / Num. obs: 18207 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.5 % / Biso Wilson estimate: 50 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 24.8
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 4.5 % / Rmerge(I) obs: 0.64 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 1780 / Rsym value: 0.64 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0013精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 4BCL

4bcl


解像度: 2.3→44.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 20.669 / SU ML: 0.257 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.427 / ESU R Free: 0.29 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27328 920 5.1 %RANDOM
Rwork0.17363 ---
obs0.17838 18174 99.7 %-
all-18174 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 55.462 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→44.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2798 0 505 178 3481
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0213439
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg3.3092.1384782
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.6295358
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.75623.529136
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.16915461
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.851522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1240.2471
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.022572
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2430.21687
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3130.22177
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1850.2191
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2190.2127
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1530.228
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.63821821
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.70332858
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.74721829
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.46631908
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.377 52 -
Rwork0.247 1246 -
obs--99.16 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.857-0.87850.45292.350.34741.96310.32260.6855-0.3768-0.5427-0.2710.09020.00490.097-0.0516-0.04850.1737-0.08290.0877-0.2147-0.154837.794112.946109.579
21.4396-1.05960.59711.5274-0.34341.20460.26140.6805-0.2202-0.4052-0.34880.1899-0.02030.06720.08740.00840.147-0.05890.1991-0.1509-0.151636.344118.109109.638
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA8 - 3668 - 366
2X-RAY DIFFRACTION2AC3671
3X-RAY DIFFRACTION2AD3681
4X-RAY DIFFRACTION2AE3691
5X-RAY DIFFRACTION2AF3701
6X-RAY DIFFRACTION2AG3711
7X-RAY DIFFRACTION2AH3721
8X-RAY DIFFRACTION2AI3731
9X-RAY DIFFRACTION2AJ4001
10X-RAY DIFFRACTION2AB3741

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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