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万見
- PDB-3bs7: Crystal structure of the Sterile Alpha Motif (SAM) domain of Hyph... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bs7
タイトルCrystal structure of the Sterile Alpha Motif (SAM) domain of Hyphen/Aveugle
要素Protein aveugle
キーワードSIGNALING PROTEIN / Sterile alpha motif (SAM) domain / Cytoplasm / Membrane / Sensory transduction / Vision
機能・相同性
機能・相同性情報


Phosphorylation of CI / compound eye cone cell differentiation / Phosphorylation of SMO / Phosphorylation of PER and TIM / compound eye photoreceptor cell differentiation / eye photoreceptor cell differentiation / positive regulation of Ras protein signal transduction / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / visual perception / epidermal growth factor receptor signaling pathway ...Phosphorylation of CI / compound eye cone cell differentiation / Phosphorylation of SMO / Phosphorylation of PER and TIM / compound eye photoreceptor cell differentiation / eye photoreceptor cell differentiation / positive regulation of Ras protein signal transduction / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / visual perception / epidermal growth factor receptor signaling pathway / cytoplasmic side of plasma membrane / scaffold protein binding / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Aveugle-like, SAM domain / : / Transcription Factor, Ets-1 / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / DNA polymerase; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Rajakulendran, T. / Sicheri, F.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2008
タイトル: CNK and HYP form a discrete dimer by their SAM domains to mediate RAF kinase signaling.
著者: Rajakulendran, T. / Sahmi, M. / Kurinov, I. / Tyers, M. / Therrien, M. / Sicheri, F.
履歴
登録2007年12月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年2月21日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein aveugle
B: Protein aveugle


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,9762
ポリマ－18,9762
非ポリマー00
水5,224290
1
A: Protein aveugle


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,4881
ポリマ－9,4881
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Protein aveugle


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,4881
ポリマ－9,4881
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.005, 88.470, 73.279
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-241-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Protein aveugle


分子量: 9487.867 Da / 分子数: 2
断片: Sterile Alpha Motif (SAM) domain; UNP residues 21-98
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: ave / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8ML92
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 290 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.57 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 1M Sodium citrate, 0.1M Cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9002 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年2月10日
放射モノクロメーター: Bent Ge(111) monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9002 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→19.88 Å / Num. obs: 14692 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3
反射 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHASER位相決定
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→19.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.924 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / SU B: 3.851 / SU ML: 0.116 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.189 / ESU R Free: 0.173
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.265 735 5 %RANDOM
Rwork0.214 ---
all0.217 14633 --
obs0.217 14633 99.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 22.095 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→19.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1276 0 0 290 1566
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0211309
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4081.9261764
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.8395149
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.27722.11371
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.9615248
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.041518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2191
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02980
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.3260.2772
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3130.2908
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.3150.2235
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.4120.251
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2850.233
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2721.5774
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.94221208
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.3993637
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.0434.5556
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.306 52 -
Rwork0.221 1015 -
all-1067 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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