PDB-3brs: Crystal structure of sugar transporter from Clostridium phytoferm...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3brs

タイトル

Crystal structure of sugar transporter from Clostridium phytofermentans

要素

Periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / STRUCTURAL GENOMICS / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC / sugar transporter / PSI-2

機能・相同性

機能・相同性情報

carbohydrate binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Clostridium phytofermentans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Malashkevich, V.N. / Patskovsky, Y. / Toro, R. / Meyers, A.J. / Wasserman, S. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of sugar transporter from Clostridium phytofermentans.
著者: Malashkevich, V.N. / Patskovsky, Y. / Toro, R. / Meyers, A.J. / Wasserman, S. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Almo, S.C.

履歴

登録	2007年12月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年2月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description ...Advisory / Refinement description / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2018年11月14日	Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.4	2021年2月3日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: audit_author / citation_author / struct_ref_seq_dif Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.5	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3brs.cif.gz	120.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3brs.ent.gz	94.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3brs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	3brs_validation.pdf.gz	436.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3brs_full_validation.pdf.gz	449 KB	表示
XML形式データ	3brs_validation.xml.gz	24.9 KB	表示
CIF形式データ	3brs_validation.cif.gz	35.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/br/3brs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/br/3brs	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1dbp-d 2gx6-d 5t20-1 4rk5-d 3p91-d 6ljk-d 6lf1-d 1bxi-d 4hda-2 4g1c-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: NYSGXRC-11009m

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator

B: Periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator

64.7 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32.3 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
32.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.620, 54.700, 90.240
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 111.78, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator 分子量: 32330.143 Da / 分子数: 2 / 断片: Residues 32-309 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridium phytofermentans (バクテリア) 株: ISDg / 遺伝子: CphyDRAFT_2568 / プラスミド: BC-pSGX3(BC) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)CODON+RIL / 参照: UniProt: Q1FMG2, UniProt: A9KIC5*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 265 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator

分子量: 32330.143 Da / 分子数: 2 / 断片: Residues 32-309 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Clostridium phytofermentans (バクテリア)
株: ISDg / 遺伝子: CphyDRAFT_2568 / プラスミド: BC-pSGX3(BC) / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)CODON+RIL / 参照: UniProt: Q1FMG2, UniProt: A9KIC5*PLUS

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 265 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.43 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.43 %
結晶化	温度: 294 K / pH: 5.5 詳細: 0.2M Ammonium sulfate, 0.1M Bis-Tris pH 5.5, 25% PEG 3350, cryoprotected in 20% Glycerol, VAPOR DIFFUSION, temperature 294K, pH 5.50

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9798

検出器

タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月29日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9798 Å / 相対比: 1

Reflection

冗長度: 2.4 % / Av σ(I) over netI: 3.9 / 数: 191431 / R_merge(I) obs: 0.109 / Χ²: 0.88 / D res high: 2 Å / D res low: 50 Å / Num. obs: 80628 / % possible obs: 97.9

Diffraction reflection shell

最高解像度 (Å)	最低解像度 (Å)	% possible obs (%)	ID	R_merge(I) obs	Chi squared	Redundancy
4.31	50	98.4	1	0.08	2.077	2.6
3.42	4.31	99.6	1	0.09	1.636	2.6
2.99	3.42	99	1	0.112	1.105	2.5
2.71	2.99	97.5	1	0.142	0.857	2.3
2.52	2.71	97.1	1	0.19	0.723	2.3
2.37	2.52	97	1	0.231	0.559	2.3
2.25	2.37	97.2	1	0.277	0.451	2.3
2.15	2.25	98	1	0.317	0.323	2.3
2.07	2.15	98	1	0.368	0.287	2.3
2	2.07	97.4	1	0.44	0.237	2.2

反射

解像度: 2→50 Å / Num. obs: 80628 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 2.4 % / R_merge(I) obs: 0.109 / Net I/σ(I): 3.9

反射シェル

解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 2.2 % / R_merge(I) obs: 0.44 / % possible all: 97.4

-
位相決定

位相決定	手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHELX		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.004	データ抽出
SHELXD		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2→19.68 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.913 / SU B: 12.388 / SU ML: 0.154 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.188 / ESU R Free: 0.194 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28284	2121	5.1 %	RANDOM
R_work	0.20339	-	-	-
obs	0.20744	39783	99.22 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 37.538 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.02 Å²	0 Å²	-0.01 Å²
2-	-	0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→19.68 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4208	0	0	265	4473

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.027	0.022	4263
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.313	1.993	5737
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.299	5	540
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.021	26.552	174
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.163	15	841
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.008	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.186	0.2	666
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	3064
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.244	0.2	2135
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.32	0.2	2941
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.231	0.2	270
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.248	0.2	38
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.085	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.326	1.5	2798
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.485	20	4329
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	13.773	20	1704
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.955	4.5	1407
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2→2.051 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.332	167	-
R_work	0.234	2682	-
obs	-	-	93.56 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 51.2759 Å / Origin y: 37.003 Å / Origin z: 19.2784 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.0593 Å²	0.0217 Å²	0.0045 Å²	-	0.0014 Å²	0.0042 Å²	-	-	-0.0818 Å²
L	0.4102 °²	0.1465 °²	-0.0094 °²	-	1.0487 °²	0.0181 °²	-	-	0.2986 °²
S	-0.0245 Å °	-0.0458 Å °	0.0022 Å °	-0.0096 Å °	0.0315 Å °	0.0168 Å °	0.0018 Å °	0.0019 Å °	-0.007 Å °

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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