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万見
- PDB-3brn: Crystal Structure of AM182 Serotonin Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3brn
タイトルCrystal Structure of AM182 Serotonin Complex
要素Lipocalin
キーワードLIGAND BINDING PROTEIN (リガンド) / BETA BARREL (Βバレル) / LIPOCALIN
機能・相同性
機能・相同性情報


amine binding / symbiont-mediated perturbation of host defenses
類似検索 - 分子機能
Tick histamine-binding protein / Tick histamine binding protein / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Βバレル / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
セロトニン / Lipocalin
類似検索 - 構成要素
生物種Argas monolakensis (ダニ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Mans, B.J. / Ribeiro, J.M. / Andersen, J.F.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Structure, function, and evolution of biogenic amine-binding proteins in soft ticks.
著者: Mans, B.J. / Ribeiro, J.M. / Andersen, J.F.
履歴
登録2007年12月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lipocalin
B: Lipocalin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0104
ポリマ－33,6572
非ポリマー3522
水1,42379
1
A: Lipocalin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,0052
ポリマ－16,8291
非ポリマー1761
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Lipocalin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,0052
ポリマ－16,8291
非ポリマー1761
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)91.694, 91.694, 37.836
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

#1: タンパク質 Lipocalin /


分子量: 16828.646 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Argas monolakensis (ダニ) / プラスミド: pET17b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q09JR9
#2: 化合物 ChemComp-SRO / SEROTONIN / 3-(2-AMINOETHYL)-1H-INDOL-5-OL / セロトニン / セロトニン


分子量: 176.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12N2O / コメント: 神経伝達物質*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 79 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.92 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 25% PEG 2000 MME, 0.1M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年7月27日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→79.31 Å / Num. obs: 30083 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 7.8 % / Rmerge(I) obs: 0.097 / Χ2: 1.095 / Net I/σ(I): 16.6
反射 シェル解像度: 1.85→1.92 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.462 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique all: 2952 / Χ2: 1.76 / % possible all: 97

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å23.51 Å
Translation2.5 Å23.51 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
MX-basedデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2→79.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 11.061 / SU ML: 0.155 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.194 / ESU R Free: 0.173 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26 1206 5 %RANDOM
Rwork0.222 ---
obs0.224 23961 99.69 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 43.938 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.34 Å2-0.67 Å20 Å2
2---1.34 Å20 Å2
3---2 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→79.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2285 0 26 79 2390
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0222385
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2141.963254
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5955299
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.47524.706102
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.02715347
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.722158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.3730.2345
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0160.021860
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2550.2994
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3230.21629
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.210.2106
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.3260.243
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2270.27
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.3781.51519
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.69122407
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it6.91131009
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.7494.5847
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.414 81 -
Rwork0.286 1680 -
all-1761 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 0.0904 Å / Origin y: 26.5729 Å / Origin z: -4.6386 Å
111213212223313233
T-0.003 Å2-0.018 Å20.1649 Å2--0.194 Å2-0.0114 Å2---0.0329 Å2
L0.7861 °2-1.0606 °21.0214 °2-2.6487 °2-0.2327 °2--2.454 °2
S-0.0513 Å °0.0671 Å °-0.1012 Å °-0.0319 Å °0.0651 Å °-0.1038 Å °0.5548 Å °0.0272 Å °-0.0138 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA6 - 1576 - 157
2X-RAY DIFFRACTION1BB6 - 1576 - 157

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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