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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3brh | ||||||
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タイトル | Protein Tyrosine Phosphatase PTPN-22 (Lyp) bound to the mono-Phosphorylated Lck active site peptide | ||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / Lyp / PTPN22 / phosphatase (ホスファターゼ) / Lck / Alternative splicing (選択的スプライシング) / Cytoplasm (細胞質) / Polymorphism / Protein phosphatase (プロテインホスファターゼ) / Systemic lupus erythematosus (全身性エリテマトーデス) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 phosphoanandamide dephosphorylation / positive regulation of granzyme B production / positive regulation of toll-like receptor 3 signaling pathway / regulation of natural killer cell proliferation / negative regulation of nucleotide-binding oligomerization domain containing 2 signaling pathway / regulation of B cell receptor signaling pathway / positive regulation of toll-like receptor 7 signaling pathway / regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / negative regulation of p38MAPK cascade / positive regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway ...phosphoanandamide dephosphorylation / positive regulation of granzyme B production / positive regulation of toll-like receptor 3 signaling pathway / regulation of natural killer cell proliferation / negative regulation of nucleotide-binding oligomerization domain containing 2 signaling pathway / regulation of B cell receptor signaling pathway / positive regulation of toll-like receptor 7 signaling pathway / regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / negative regulation of p38MAPK cascade / positive regulation of toll-like receptor 4 signaling pathway / positive regulation of toll-like receptor 9 signaling pathway / negative regulation of T cell activation / positive regulation of protein K63-linked ubiquitination / cellular response to muramyl dipeptide / negative regulation of interleukin-8 production / negative regulation of JUN kinase activity / negative regulation of T cell receptor signaling pathway / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / regulation of innate immune response / Translocation of ZAP-70 to Immunological synapse / Phosphorylation of CD3 and TCR zeta chains / phosphatase activity / negative regulation of interleukin-6 production / non-membrane spanning protein tyrosine phosphatase activity / negative regulation of tumor necrosis factor production / T cell differentiation / positive regulation of type I interferon production / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / positive regulation of defense response to virus by host / protein dephosphorylation / negative regulation of autophagy / プロテインチロシンホスファターゼ / protein tyrosine phosphatase activity / lipid metabolic process / cytoplasmic side of plasma membrane / オートファジー / kinase binding / SH3 domain binding / positive regulation of type II interferon production / T cell receptor signaling pathway / response to lipopolysaccharide / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / negative regulation of gene expression / ubiquitin protein ligase binding / positive regulation of gene expression / perinuclear region of cytoplasm / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Seidel, R.D. / Love, J. / Piserchio, A. / Cowburn, D. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Lyp/PTPN22 Phosphatase Domain: Substrate Recognition and Specificity for Src family kinases 著者: Seidel, R. / Love, J. / Piserchio, A. / Cowburn, D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3brh.cif.gz | 141.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3brh.ent.gz | 112 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3brh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/br/3brh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/br/3brh | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 36395.695 Da / 分子数: 2 / 断片: Substrate Trapped Catalytic Domain / 変異: D195A, C227S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PTPN22, PTPN8 / プラスミド: pTWIN1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) RIL 参照: UniProt: Q9Y2R2, プロテインチロシンホスファターゼ #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 868.869 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 詳細: The peptide was chemically synthesized. The sequence of the peptide is naturally found in Home sapiens(human). #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | AUTHOR STATES THAT RESIDUE 394 IN CHAIN C AND D WAS PTR BUT THE ENZYME CLEAVED IT INTO TYR AND PO4 | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.76 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 100mM Bicine, 20% PEG6000, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.9786 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年4月27日 詳細: Bent single Si (111) crystal monochromator with vertical focusing mirror |
放射 | モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9786 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→50 Å / Num. all: 35709 / Num. obs: 34892 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 3.4 % / Net I/σ(I): 7.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.259 Å / Num. unique all: 2334 / % possible all: 97.46 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.2→29.591 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 27.909 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→29.591 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.2→29.6 Å / Rfactor Rfree error: 0.143
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