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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3bqt | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a protein of unknown function from Listeria monocytogenes, tetragonal form | ||||||
要素 | Uncharacterized protein | ||||||
キーワード | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / 10114f / NYSGXRC / PSI-2 / Protein Structure Initiative / New York SGX Research Center for Structural Genomics | ||||||
機能・相同性 | 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / DNA polymerase; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / : 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Listeria monocytogenes str. 4b F2365 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å | ||||||
データ登録者 | Madegowda, M. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Swaminathan, S. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal structure of a protein of unknown function from Listeria monocytogenes. 著者: Madegowda, M. / Sauder, J.M. / Burley, S.K. / Swaminathan, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3bqt.cif.gz | 40.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3bqt.ent.gz | 32.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3bqt.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3bqt_validation.pdf.gz | 433.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 3bqt_full_validation.pdf.gz | 443.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3bqt_validation.xml.gz | 10.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3bqt_validation.cif.gz | 13.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bq/3bqt ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bq/3bqt | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10630.845 Da / 分子数: 2 / 変異: G27V, L50M / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Listeria monocytogenes str. 4b F2365 (バクテリア) 生物種: Listeria monocytogenes / 株: F2365 / Serotype 4b / 遺伝子: LMOf2365_2733 / プラスミド: pSGX3(BC) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q71W18 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.67 % / 解説: The structure factor file contains Friedel pairs |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2M MgCl2, 0.1M Tris-HCl, 30% PEG 4000, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.98 Å |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月2日 / 詳細: SGX-CAT |
放射 | モノクロメーター: SGX-CAT / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.9→30.77 Å / Num. all: 9166 / Num. obs: 9166 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 26.2 % / Biso Wilson estimate: -0.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 32 |
反射 シェル | 解像度: 2.9→3.06 Å / 冗長度: 27.3 % / Rmerge(I) obs: 0.23 / Mean I/σ(I) obs: 14.4 / Num. unique all: 1458 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.9→26.04 Å / Rfactor Rfree error: 0.013 / Data cutoff high absF: 121956.9 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber 詳細: The Friedel pairs were used in phasing. Residues listed as missing in Remark 465 are due to lack of electron density. Residues with missing atoms listed in Remark 470 are due to lack of ...詳細: The Friedel pairs were used in phasing. Residues listed as missing in Remark 465 are due to lack of electron density. Residues with missing atoms listed in Remark 470 are due to lack of electron density for side chains and modeled as alanines.
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 10 Å2 / ksol: 0.337389 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.7 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.9→26.04 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.9→3.08 Å / Rfactor Rfree error: 0.035 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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