[日本語] English
万見
- PDB-3bq3: Crystal structure of S. cerevisiae Dcn1 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bq3
タイトルCrystal structure of S. cerevisiae Dcn1
要素Defective in cullin neddylation protein 1
キーワードCELL CYCLE / Ligase / ubiquitin / Nedd8 / neddylation / ubiquitination / SCF / cullin / E3 ligases / E2 / protein degradation
機能・相同性
機能・相同性情報


ubiquitin-like protein binding / protein neddylation / ubiquitin conjugating enzyme binding / cullin family protein binding / ubiquitin ligase complex / protein-macromolecule adaptor activity
類似検索 - 分子機能
Potentiating neddylation domain / Defective-in-cullin neddylation protein / DCN1-like, PONY binding domain / Cullin binding / DCUN1 domain profile. / : / UBA-like domain / UBA-like domain / UBA-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Defective in cullin neddylation protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Chou, Y.C. / Sicheri, F.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2008
タイトル: Dcn1 Functions as a Scaffold-Type E3 Ligase for Cullin Neddylation.
著者: Kurz, T. / Chou, Y.C. / Willems, A.R. / Meyer-Schaller, N. / Hecht, M.L. / Tyers, M. / Peter, M. / Sicheri, F.
履歴
登録2007年12月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Defective in cullin neddylation protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,5892
ポリマ－32,4971
非ポリマー921
水2,018112
1
A: Defective in cullin neddylation protein 1
ヘテロ分子

A: Defective in cullin neddylation protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,1784
ポリマ－64,9942
非ポリマー1842
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,y,-z1
Buried area4200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.863, 51.453, 70.852
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 129.82, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

-
要素

#1: タンパク質 Defective in cullin neddylation protein 1


分子量: 32497.084 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: DCN1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q12395
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 112 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.56 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 400mM Ammonium Acetate, 30% PEG 4000 (w/v), 0.1M Tri-Sodium Citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 8-BM / 波長: 0.97914
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年11月28日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97914 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 21992 / % possible obs: 97.6 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 22.28
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / Rmerge(I) obs: 0.479 / Mean I/σ(I) obs: 2.412 / % possible all: 83.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC5.2.0005精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
精密化解像度: 1.9→29.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 3.975 / SU ML: 0.116 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.169 / ESU R Free: 0.157 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.243 1103 5 %RANDOM
Rwork0.197 ---
obs0.2 20888 94.3 %-
all-23327 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 34.15 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.06 Å20 Å2-0.1 Å2
2---0.06 Å20 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→29.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2124 0 6 112 2242
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0222195
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7151.9582978
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7095250
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.02424.874119
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.07415383
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.399159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1380.2313
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021695
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2230.2995
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3130.21536
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2110.291
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1830.270
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1660.218
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3761.51320
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.35922055
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.08731051
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.6664.5923
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.481 53 -
Rwork0.331 1152 -
obs--72.2 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る