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- PDB-3bpo: Crystal structure of the IL13-IL4R-IL13Ra ternary complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bpo
タイトルCrystal structure of the IL13-IL4R-IL13Ra ternary complex
要素
  • Interleukin 13
  • Interleukin-13 receptor alpha-1 chain
  • Interleukin-4 receptor alpha chain
キーワードCytokine/Cytokine receptor / IL4 / IL13 / IL4R / IL13R / cytokine / receptor / Glycoprotein / Immune response / Membrane / Phosphoprotein / Secreted / Transmembrane / Cytokine-Cytokine receptor COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-13 receptor complex / interleukin-4 receptor activity / interleukin-13 receptor binding / negative regulation of lung ciliated cell differentiation / positive regulation of lung goblet cell differentiation / positive regulation of pancreatic stellate cell proliferation / regulation of proton transport / positive regulation of connective tissue growth factor production / production of molecular mediator involved in inflammatory response / negative regulation of T-helper 1 cell differentiation ...interleukin-13 receptor complex / interleukin-4 receptor activity / interleukin-13 receptor binding / negative regulation of lung ciliated cell differentiation / positive regulation of lung goblet cell differentiation / positive regulation of pancreatic stellate cell proliferation / regulation of proton transport / positive regulation of connective tissue growth factor production / production of molecular mediator involved in inflammatory response / negative regulation of T-helper 1 cell differentiation / T-helper 1 cell differentiation / negative regulation of complement-dependent cytotoxicity / Interleukin-18 signaling / negative regulation of transforming growth factor beta production / positive regulation of T-helper 2 cell differentiation / interleukin-4-mediated signaling pathway / positive regulation of mast cell degranulation / cytokine receptor binding / macrophage activation / T-helper 2 cell differentiation / positive regulation of macrophage activation / cytokine receptor activity / positive regulation of immunoglobulin production / positive regulation of myoblast fusion / defense response to protozoan / cellular response to cytokine stimulus / cytokine binding / positive regulation of interleukin-10 production / centriolar satellite / immunoglobulin mediated immune response / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / positive regulation of tyrosine phosphorylation of STAT protein / positive regulation of B cell proliferation / positive regulation of chemokine production / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / cytokine activity / positive regulation of protein secretion / response to nicotine / positive regulation of smooth muscle cell proliferation / microglial cell activation / cytokine-mediated signaling pathway / negative regulation of inflammatory response / cellular response to mechanical stimulus / positive regulation of cold-induced thermogenesis / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / response to ethanol / response to lipopolysaccharide / receptor complex / cell surface receptor signaling pathway / inflammatory response / immune response / external side of plasma membrane / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / signal transduction / extracellular space / extracellular region / nucleoplasm / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Interleukin-13 receptor subunit alpha-1, Ig-like domain / Interleukin-13 receptor subunit alpha Ig-like domain / Interleukin-4 receptor alpha, N-terminal / Interleukin-4 receptor alpha chain, N-terminal / Interleukin-13 / Interleukin-13 / Short hematopoietin receptor, family 2, conserved site / Short hematopoietin receptor family 2 signature. / Interleukin-4/interleukin-13 / Interleukin-4/interleukin-13, conserved site ...Interleukin-13 receptor subunit alpha-1, Ig-like domain / Interleukin-13 receptor subunit alpha Ig-like domain / Interleukin-4 receptor alpha, N-terminal / Interleukin-4 receptor alpha chain, N-terminal / Interleukin-13 / Interleukin-13 / Short hematopoietin receptor, family 2, conserved site / Short hematopoietin receptor family 2 signature. / Interleukin-4/interleukin-13 / Interleukin-4/interleukin-13, conserved site / Interleukins -4 and -13 signature. / Interleukins 4 and 13 / Short hematopoietin receptor family 1 signature. / Type I cytokine receptor, cytokine-binding domain / Interleukin-6 receptor alpha chain, binding / Short hematopoietin receptor, family 1, conserved site / Growth Hormone; Chain: A; - #10 / Four-helical cytokine-like, core / Growth Hormone; Chain: A; / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Interleukin-4 receptor subunit alpha / Interleukin-13 / Interleukin-13 receptor subunit alpha-1 / Interleukin-13
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Garcia, K.C.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2008
タイトル: Molecular and Structural Basis of Cytokine Receptor Pleiotropy in the Interleukin-4/13 System.
著者: Laporte, S.L. / Juo, Z.S. / Vaclavikova, J. / Colf, L.A. / Qi, X. / Heller, N.M. / Keegan, A.D. / Garcia, K.C.
履歴
登録2007年12月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12021年10月20日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interleukin 13
B: Interleukin-4 receptor alpha chain
C: Interleukin-13 receptor alpha-1 chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,6145
ポリマ－73,9683
非ポリマー6462
水97354
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)211.510, 58.169, 64.236
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.51, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Interleukin 13


分子量: 14136.397 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL13
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): SF9 / 参照: UniProt: Q4VB50, UniProt: P35225*PLUS
#2: タンパク質 Interleukin-4 receptor alpha chain / IL-4R-alpha / CD124 antigen / Soluble interleukin-4 receptor alpha chain


分子量: 23470.332 Da / 分子数: 1 / Fragment: Extracellular domain, residues 27-227 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL4R, 582J2.1, IL4RA
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): SF9 / 参照: UniProt: P24394
#3: タンパク質 Interleukin-13 receptor alpha-1 chain / IL-13R-alpha-1 / IL-13RA-1 / Cancer/testis antigen 19 / CT19 / CD213a1 antigen


分子量: 36361.715 Da / 分子数: 1 / Fragment: Extracellular domain, residues 29-342 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL13RA1, IL13R, IL13RA
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): SF9 / 参照: UniProt: P78552

-
糖 , 2種, 2分子

#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][a-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 1種, 54分子

#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 54 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.23 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 12% PEG8K, 8% ethlyene glycol, 0.1M ammonium citrate pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年9月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→40 Å / Num. obs: 17289 / % possible obs: 97.1 % / Observed criterion σ(F): 2 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 11.9
反射 シェル解像度: 2.9→3.06 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.497 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 85.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.898 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.84 / SU B: 58.148 / SU ML: 0.494 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.538 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.31151 781 5 %RANDOM
Rwork0.25307 ---
obs0.25616 14726 99.1 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 43.236 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.3 Å20 Å2-3.56 Å2
2--3.51 Å20 Å2
3----3.51 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4478 0 42 54 4574
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0224668
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2151.9466389
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg10.1815573
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.49424.293191
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.23215683
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.1661518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1060.2724
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.023527
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2320.22024
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.310.23131
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.170.2143
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2850.243
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0730.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5211.53017
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.14124704
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.71731962
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.9564.51685
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3→3.077 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.436 61 -
Rwork0.335 1083 -
obs--99.83 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
113.184-0.55220.86744.0526-1.8253.7980.09820.43660.45160.1552-0.4551-0.2992-0.08380.44260.3569-0.027-0.0446-0.0848-0.0070.2204-0.2261-11.8699-5.0395-28.1104
21.8094-0.5404-2.10654.208-4.42078.75440.0691-0.28630.11860.2844-0.4765-0.3349-0.69211.14310.4074-0.1335-0.1726-0.23630.25030.338-0.0428-8.985512.7601-53.2699
37.70172.30761.94053.35910.64064.4637-0.00480.23320.1463-0.1322-0.2976-0.01120.3858-0.32370.3024-0.18930.08840.08590.06910.1683-0.1719-33.4379-6.7293-58.4433
413.75035.22380.19245.60941.67074.05440.0104-0.02560.02830.2875-0.2445-0.5767-0.08410.57620.2342-0.08770.0165-0.1948-0.00030.2709-0.1299-0.7675-22.6389-11.179
53.634-0.63561.19132.7703-0.01324.76280.0211-0.01850.02880.1856-0.1369-0.1704-0.01240.14230.1158-0.0849-0.0184-0.0614-0.09070.0835-0.1437-27.8263-32.0621-17.1976
67.68750.17243.66442.0776-0.32425.07820.13830.37560.2470.0795-0.35370.06460.1705-0.01760.2154-0.09580.0607-0.0309-0.09540.0409-0.1459-42.9261-13.7363-40.6313
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA2 - 1122 - 113
2X-RAY DIFFRACTION2BB-1 - 952 - 98
3X-RAY DIFFRACTION3BB96 - 19699 - 199
4X-RAY DIFFRACTION4CC32 - 1214 - 93
5X-RAY DIFFRACTION5CC122 - 22894 - 200
6X-RAY DIFFRACTION6CC229 - 342201 - 314

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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