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- PDB-3bp4: The high resolution crystal structure of HLA-B*2705 in complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bp4
タイトルThe high resolution crystal structure of HLA-B*2705 in complex with a Cathepsin A signal sequence peptide pCatA
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • HLA class I histocompatibility antigen, B-27 alpha chain
  • nonameric peptide from Lysosomal protective protein
キーワードIMMUNE SYSTEM / Major Histocompatibility Complex / MHC / Human Leukocyte Antigen / HLA / Beta-2-microglobulin / b2m / Cathepsin A / pCatA / Ankylosing Spondylitis / Glycoprotein / Host-virus interaction / Immune response / Membrane / MHC I / Transmembrane / Disease mutation / Glycation / Immunoglobulin domain / Pyrrolidone carboxylic acid / Secreted / Carboxypeptidase / Hydrolase / Lysosome / Protease / Zymogen
機能・相同性
機能・相同性情報


carboxypeptidase C / Defective NEU1 causes sialidosis / serine-type carboxypeptidase activity / Sialic acid metabolism / regulation of chaperone-mediated autophagy / Glycosphingolipid catabolism / regulation of interleukin-12 production / regulation of dendritic cell differentiation / regulation of T cell anergy / regulation of interleukin-6 production ...carboxypeptidase C / Defective NEU1 causes sialidosis / serine-type carboxypeptidase activity / Sialic acid metabolism / regulation of chaperone-mediated autophagy / Glycosphingolipid catabolism / regulation of interleukin-12 production / regulation of dendritic cell differentiation / regulation of T cell anergy / regulation of interleukin-6 production / negative regulation of chaperone-mediated autophagy / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / detection of bacterium / carboxypeptidase activity / MHC class II antigen presentation / lysosomal lumen / secretory granule membrane / negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / cellular response to iron ion / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / intracellular protein transport / enzyme activator activity / cellular response to iron(III) ion / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / HFE-transferrin receptor complex / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / defense response / T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / MHC class I protein complex / positive regulation of T cell activation / regulation of protein stability / peptide antigen binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / cellular response to nicotine / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / specific granule lumen / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Interferon gamma signaling / negative regulation of epithelial cell proliferation / MHC class II protein complex binding / Interferon alpha/beta signaling / Modulation by Mtb of host immune system / azurophil granule lumen / late endosome membrane / sensory perception of smell / positive regulation of cellular senescence / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / T cell differentiation in thymus / protein-folding chaperone binding / negative regulation of neuron projection development / ER-Phagosome pathway / protein refolding / early endosome membrane / protein homotetramerization / adaptive immune response / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / lysosome / immune response / endoplasmic reticulum lumen / Amyloid fiber formation / Golgi membrane / signaling receptor binding / lysosomal membrane / innate immune response / external side of plasma membrane / focal adhesion / intracellular membrane-bounded organelle / Neutrophil degranulation / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / cell surface / endoplasmic reticulum
類似検索 - 分子機能
Serine carboxypeptidase, serine active site / Serine carboxypeptidases, serine active site. / Peptidase S10, serine carboxypeptidase / Serine carboxypeptidases, histidine active site / Serine carboxypeptidase / Serine carboxypeptidases, histidine active site. / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 ...Serine carboxypeptidase, serine active site / Serine carboxypeptidases, serine active site. / Peptidase S10, serine carboxypeptidase / Serine carboxypeptidases, histidine active site / Serine carboxypeptidase / Serine carboxypeptidases, histidine active site. / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Alpha/Beta hydrolase fold / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain / HLA class I histocompatibility antigen, B alpha chain / Lysosomal protective protein / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Kumar, P. / Vahedi-Faridi, A. / Saenger, W. / Uchanska-Ziegler, B. / Ziegler, A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2009
タイトル: Structural basis for T cell alloreactivity among three HLA-B14 and HLA-B27 antigens
著者: Kumar, P. / Vahedi-Faridi, A. / Saenger, W. / Merino, E. / Lopez de Castro, J.A. / Uchanska-Ziegler, B. / Ziegler, A.
履歴
登録2007年12月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年12月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年11月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class I histocompatibility antigen, B-27 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: nonameric peptide from Lysosomal protective protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,9745
ポリマ－44,7903
非ポリマー1842
水9,044502
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5030 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area18810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.161, 82.400, 109.846
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 HLA class I histocompatibility antigen, B-27 alpha chain / MHC class I antigen B*27 / Leukocyte Antigen (HLA) B*2705


分子量: 31928.160 Da / 分子数: 1
断片: HLA-B*2705 extracellular domain, UNP residues 25-300
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pHN1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P03989, UniProt: P01889*PLUS
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pHN / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): XA90 / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド nonameric peptide from Lysosomal protective protein / Cathepsin A / Carboxypeptidase C / Protective protein for beta-galactosidase


分子量: 982.198 Da / 分子数: 1 / 断片: Cathepsin A signal sequence, UNP residues 2-10 / 由来タイプ: 合成
詳細: Cathepsin A signal sequence peptide chemically synthesized; This sequence occurs naturally in humans.
由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P10619
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 502 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.41 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 23% PEG 8000, 0.1M Tris buffer pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.95373 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2006年1月19日 / 詳細: Mirrors
放射モノクロメーター: Si-111 crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95373 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 38830 / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / Χ2: 1.12 / Net I/σ(I): 12.41
反射 シェル解像度: 1.85→1.92 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.311 / Mean I/σ(I) obs: 3.08 / Num. unique all: 3323 / Rsym value: 0.311 / Χ2: 0.999 / % possible all: 83.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å46.38 Å
Translation2.5 Å46.38 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3BP7

3bp7


解像度: 1.85→46.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 2.899 / SU ML: 0.088 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.134 / ESU R Free: 0.134 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.222 1929 5 %RANDOM
Rwork0.173 ---
obs0.175 38786 95.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.192 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.01 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→46.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3159 0 12 502 3673
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0220.0213267
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022820
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8231.9274441
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.93136565
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7115384
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.22123.333177
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.2715528
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.4941531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1160.2454
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.023662
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02702
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2130.2592
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2060.22917
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.090.21923
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1980.2362
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1860.27
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3590.261
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2430.230
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7251.52454
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.381.5774
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.94223125
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.14431596
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.3854.51315
LS精密化 シェル解像度: 1.849→1.897 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.29 126
Rwork0.223 2289
all-2415

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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