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- PDB-3boy: Crystal structure of the HutP antitermination complex bound to th... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3boy
タイトルCrystal structure of the HutP antitermination complex bound to the HUT mRNA
要素
  • 5'-R(*UP*UP*UP*AP*GP*UP*UP*UP*UP*UP*AP*GP*UP*UP*UP*UP*UP*AP*GP*UP*UP*U)-3'
  • Hut operon positive regulatory protein
キーワードTRANSCRIPTION/RNA / HutP / RNA-binding / HutP-RNA Complex / Anti-termination / Transcription regulation / Activator / Histidine metabolism / TRANSCRIPTION-RNA COMPLEX / Structural Genomics / NPPSFA / National Project on Protein Structural and Functional Analyses / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


L-histidine metabolic process / mRNA binding / positive regulation of gene expression
類似検索 - 分子機能
Hut operon positive regulatory protein HutP / Hut operon regulatory protein HutP / Hut operon regulatory protein HutP / Hut operon regulatory protein HutP, bacillales / Hut operon regulatory protein HutP superfamily / HutP / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HISTIDINE / RNA / RNA (> 10) / Hut operon positive regulatory protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Kumarevel, T.S. / Balasundaresan, D. / Jeyakanthan, J. / Shinkai, A. / Yokoyama, S. / Kumar, P.K.R. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)
引用
ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of HutP complexed with the 55-mer RNA
著者: Kumarevel, T. / Balasundaresan, D. / Jeyakanthan, J. / Shinkai, A. / Yokoyama, S. / Kumar, P.K.R.
#1: ジャーナル: Structure / 年: 2004
タイトル: Crystal Structure of Activated HutP: An RNA Binding Protein that Regulates Transcription of the hut Operon in Bacillus subtilis
著者: Kumarevel, T. / Fujimoto, Z. / Karthe, P. / Oda, M. / Mizuno, H. / Kumar, P.K.R.
#2: ジャーナル: NUCLEIC ACIDS RES. / 年: 2004
タイトル: Identification of important chemical groups of the hut mRNA for HutP interactions that regulate the hut operon in Bacillus subtilis
著者: Kumarevel, T. / Gopinath, S.C.B. / Nishikawa, S. / Mizuno, H. / Kumar, P.K.R.
#3: ジャーナル: Nature / 年: 2005
タイトル: Structural basis of HutP-mediated anti-termination and roles of the Mg2+ ion and L-histidine ligand
著者: Kumarevel, T. / Mizuno, H. / Kumar, P.K.R.
#4: ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2005
タイトル: Characterization of the metal ion binding site in the anti-terminator protein, HutP, of Bacillus subtilis
著者: Kumarevel, T. / Mizuno, H. / Kumar, P.K.R.
履歴
登録2007年12月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
置き換え2008年1月15日ID: 2GZT
改定 1.02008年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月25日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / Item: _software.name
改定 1.32021年11月10日Group: Advisory / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42023年11月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: 5'-R(*UP*UP*UP*AP*GP*UP*UP*UP*UP*UP*AP*GP*UP*UP*UP*UP*UP*AP*GP*UP*UP*U)-3'
A: Hut operon positive regulatory protein
B: Hut operon positive regulatory protein
C: Hut operon positive regulatory protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,72210
ポリマ－55,1814
非ポリマー5416
水7,314406
1
D: 5'-R(*UP*UP*UP*AP*GP*UP*UP*UP*UP*UP*AP*GP*UP*UP*UP*UP*UP*AP*GP*UP*UP*U)-3'
A: Hut operon positive regulatory protein
B: Hut operon positive regulatory protein
C: Hut operon positive regulatory protein
ヘテロ分子

D: 5'-R(*UP*UP*UP*AP*GP*UP*UP*UP*UP*UP*AP*GP*UP*UP*UP*UP*UP*AP*GP*UP*UP*U)-3'
A: Hut operon positive regulatory protein
B: Hut operon positive regulatory protein
C: Hut operon positive regulatory protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,44520
ポリマ－110,3628
非ポリマー1,08312
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_556-x,y,-z+11
Buried area29750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)99.635, 76.469, 62.790
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.06, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: RNA鎖 5'-R(*UP*UP*UP*AP*GP*UP*UP*UP*UP*UP*AP*GP*UP*UP*UP*UP*UP*AP*GP*UP*UP*U)-3'


分子量: 6876.931 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質 Hut operon positive regulatory protein / HutP


分子量: 16101.357 Da / 分子数: 3 / Mutation: V51I / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: hutP / プラスミド: Pet5A, PETHP4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P10943
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-HIS / HISTIDINE / ヒスチジン-Nα,3-ジカチオン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 156.162 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H10N3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 406 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.96 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 40% MPD, 0.1M HEPES, 0.1M MGCL2, pH 7.40, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MPD11
2HEPES11
3MgCl211
4H2O11
5MPD12
6HEPES12
7MgCl212
8H2O12

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月18日
放射モノクロメーター: SI II Channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→40 Å / Num. all: 48341 / Num. obs: 48341 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.045
反射 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.362 / Num. unique all: 4735 / % possible all: 98.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1WMQ

1wmq


解像度: 1.7→38.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 2.627 / SU ML: 0.088 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.131 / ESU R Free: 0.13 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24629 2445 5.1 %RANDOM
Rwork0.19757 ---
all0.20004 45893 --
obs0.20004 45893 99.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 28.961 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→38.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3393 435 36 406 4270
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0213905
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.562.1035352
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0875438
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.53322.95139
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.58815589
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.9021525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1030.2622
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.022743
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2110.21868
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2970.22601
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1790.2306
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2610.2144
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2460.262
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.071.52231
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.65223434
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.29131977
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6274.51918
LS精密化 シェル解像度: 1.703→1.747 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.346 169 -
Rwork0.268 3241 -
obs--95.44 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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