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- PDB-3boi: Snow Flea Antifreeze Protein Racemate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3boi
タイトルSnow Flea Antifreeze Protein Racemate
要素6.5 kDa glycine-rich antifreeze protein
キーワードANTIFREEZE PROTEIN / racemate / sfAFP / mirror image proteins / racemic protein crystallography
機能・相同性6.5 kDa glycine-rich antifreeze protein
機能・相同性情報
生物種Hypogastrura harveyi (節足動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1 Å
データ登録者Pentelute, B.L. / Kent, S.B.H. / Gates, Z.P. / Tereshko, V. / Kossiakoff, A.A. / Kurutz, J. / Dashnau, J. / Vaderkooi, J.M.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2008
タイトル: X-ray structure of snow flea antifreeze protein determined by racemic crystallization of synthetic protein enantiomers
著者: Pentelute, B.L. / Gates, Z.P. / Tereshko, V. / Dashnau, J.L. / Vanderkooi, J.M. / Kossiakoff, A.A. / Kent, S.B.
履歴
登録2007年12月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年3月28日Group: Other
改定 1.32018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.42018年4月18日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: pdbx_entity_src_syn
Item: _pdbx_entity_src_syn.details / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific
改定 1.52023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 6.5 kDa glycine-rich antifreeze protein
B: 6.5 kDa glycine-rich antifreeze protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,9802
ポリマ－12,9802
非ポリマー00
水3,405189
1
A: 6.5 kDa glycine-rich antifreeze protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,4901
ポリマ－6,4901
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: 6.5 kDa glycine-rich antifreeze protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,4901
ポリマ－6,4901
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)28.603, 32.404, 59.849
Angle α, β, γ (deg.)88.69, 89.18, 73.41
Int Tables number2
Space group name H-MP-1

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要素

#1: タンパク質 6.5 kDa glycine-rich antifreeze protein


分子量: 6489.812 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: The protein was chemically synthesized. / 由来: (合成) Hypogastrura harveyi (節足動物) / 参照: UniProt: Q38PT6
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 189 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.1 %

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.97918
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月7日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.95→50 Å / Num. obs: 101192 / % possible obs: 78.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 17.4
反射 シェル解像度: 0.95→0.98 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.42 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / % possible all: 18.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化開始モデル: PDB ENTRY 3B0G

3b0g


解像度: 1→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.948 / SU B: 0.327 / SU ML: 0.01 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.026 / ESU R Free: 0.026 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.233 4909 5.1 %RANDOM
Rwork0.218 ---
obs0.219 92050 87.1 %-
all-92050 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 7.95 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.57 Å20.27 Å20.67 Å2
2---0.45 Å2-0.06 Å2
3----0.29 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数895 0 0 189 1084
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.019938
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0150.02675
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6131.9341263
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1012.1891573
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0795160
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.8752620
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.171583
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg4.052152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.2113
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021239
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02175
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1830.2287
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1730.2687
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1790.2591
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0990.2533
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1090.2115
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2370.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2030.287
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3920.228
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.441.5762
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.6291.5379
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.00621127
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.5393182
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.3484.5136
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.0173841
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded3.6273826
LS精密化 シェル解像度: 1→1.03 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.297 184 -
Rwork0.229 3423 -
obs--43.7 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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