PDB-3bnc: Lipoxygenase-1 (Soybean) I553G Mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3bnc

タイトル

Lipoxygenase-1 (Soybean) I553G Mutant

要素

Seed lipoxygenase-1

キーワード

OXIDOREDUCTASE / DIOXYGENASE / LIPOXYGENASE / METALLOPROTEIN / FATTY ACIDS / Fatty acid biosynthesis / Iron / Lipid synthesis / Metal-binding / Oxylipin biosynthesis / ----

機能・相同性

機能・相同性情報

linolenate 9R-lipoxygenase activity / linoleate 13S-lipoxygenase / linoleate 13S-lipoxygenase activity / oxylipin biosynthetic process / lipid oxidation / oxidoreductase activity, acting on single donors with incorporation of molecular oxygen, incorporation of two atoms of oxygen / fatty acid oxidation / fatty acid biosynthetic process / iron ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Glycine max (ダイズ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Tomchick, D.R.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2008
タイトル: Enzyme structure and dynamics affect hydrogen tunneling: the impact of a remote side chain (I553) in soybean lipoxygenase-1.
著者: Meyer, M.P. / Tomchick, D.R. / Klinman, J.P.

履歴

登録	2007年12月14日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年4月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2021年10月20日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.3	2023年8月30日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3bnc.cif.gz	194.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3bnc.ent.gz	152.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3bnc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	3bnc_validation.pdf.gz	437.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	3bnc_full_validation.pdf.gz	443.6 KB	表示
XML形式データ	3bnc_validation.xml.gz	36.9 KB	表示
CIF形式データ	3bnc_validation.cif.gz	57.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bn/3bnc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bn/3bnc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3bnbC 3bndC 3bneC 1f8nS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5tqn-2 1yge-d 1lnh-d 4x4q-1 4wfo-d 4x4q-2 2zh6-d 4x4o-1 3dx4-d 1rrl-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#4 - 2000年4月コラーゲン (Collagen) 類似性 (1) #116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Seed lipoxygenase-1

ヘテロ分子

94.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	94.201, 92.278, 49.584
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.90, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Seed lipoxygenase-1 / L-1 分子量: 94466.055 Da / 分子数: 1 / 変異: I553G, S160E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Glycine max (ダイズ) / 遺伝子: LOX1.1, LOX1 / プラスミド: PT-7/L-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P08170, linoleate 13S-lipoxygenase
#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物	ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₄O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 801 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.1 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: PEG 3350, sodium acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97921 Å
検出器	タイプ: SBC-3 / 検出器: CCD / 日付: 2004年9月10日
放射	モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97921 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→31.8 Å / Num. all: 102487 / Num. obs: 102487 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 18.7
反射シェル	解像度: 1.65→1.68 Å / 冗長度: 2 % / R_merge(I) obs: 0.523 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 92.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.2.0019	精密化
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 1f8n

1f8n

解像度: 1.65→27.59 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.952 / SU B: 3.559 / SU ML: 0.063 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.093 / ESU R Free: 0.092 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.20114	3067	3 %	RANDOM
R_work	0.16928	-	-	-
obs	0.17026	98058	100 %	-
all	-	98058	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.889 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.35 Å²	0 Å²	-0.43 Å²
2-	-	-0.41 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.75 Å²

Refine analyze

Luzzati sigma a free: 0.063 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→27.59 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6548	0	5	801	7354

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.022	6802
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.518	1.963	9257
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.643	5	840
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.379	24.137	307
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.21	15	1152
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.891	15	37
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.108	0.2	1014
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	5209
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.211	0.2	3540
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.315	0.2	4749
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.119	0.2	709
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.182	0.2	45
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.12	0.2	23
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.855	1.5	4173
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.474	2	6775
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.442	3	2629
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.015	4.5	2482
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.65→1.693 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.341	217	-
R_work	0.26	6906	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.4413	-2.4484	0.5696	1.8337	0.4297	0.7503	0.1899	0.6844	0.2665	-0.1499	-0.2855	-0.1333	-0.087	0.0594	0.0956	0.0487	0.016	0.046	0.1621	0.0623	0.0777	62.6537	42.7551	1.0853
2	1.6835	-0.3783	-0.3212	0.8078	-0.0631	0.7327	0.0402	0.0478	0.0196	-0.0873	-0.0454	-0.1433	0.008	0.1569	0.0051	-0.0057	-0.0068	-0.0071	0.0933	0.0074	0.091	57.9735	41.5198	11.9477
3	0.5538	-0.1183	0.3831	0.0513	-0.0282	0.3758	-0.0006	0.0084	0.1404	-0.0331	-0.0193	-0.091	-0.0906	0.0361	0.0199	0.0197	-0.0163	0.0139	0.0104	0.0084	0.0229	25.315	58.3031	12.4781
4	0.6853	0.0266	0.0204	1.0139	0.1323	0.3068	0.0077	0.0014	-0.0052	-0.0019	-0.0496	-0.1017	0.0091	-0.0338	0.0419	-0.0172	0.0009	-0.0066	-0.0143	-0.009	-0.0492	8.2846	44.3508	6.8433
5	0.9104	0.4551	0.1374	2.3569	0.7194	1.2818	0.0609	-0.1364	0.0148	0.2577	-0.1068	0.1089	-0.0286	-0.0962	0.0459	0.055	-0.0216	0.0228	0.0279	-0.0047	-0.0413	-1.9665	38.5793	19.4631
6	3.5399	0.0153	0.132	1.9386	-0.1531	1.3123	0.0188	-0.0734	0.1929	0.1118	-0.0462	0.1465	-0.0602	-0.1264	0.0274	0.0867	-0.0027	0.0184	0.059	-0.0142	0.0207	-0.8337	46.5572	14.2605
7	0.9995	0.0507	0.0984	0.3229	0.0448	0.3208	0.0253	-0.1136	0.0361	0.026	-0.0229	-0.0279	-0.0234	-0.0084	-0.0023	0.0291	-0.0132	-0.0087	0.0367	0.0226	0.0082	26.3282	42.1104	19.3192
8	1.1393	-0.0942	0.1835	0.4374	-0.0525	0.575	0.0531	-0.1755	-0.2908	0.0849	-0.0346	-0.0679	0.1225	0.0335	-0.0186	0.056	-0.0033	-0.016	0.0369	0.0636	0.0892	28.5425	27.3359	19.8876
9	1.0003	-0.2262	-0.1768	1.2565	-0.0598	0.9136	0.0212	0.0433	0.1022	0.02	-0.0151	0.0607	-0.0922	-0.1208	-0.0061	0.0557	-0.0054	0.0021	0.0346	0.0056	-0.0086	8.3738	51.4518	6.0001
10	1.7517	-0.0845	0.3909	0.4419	0.0571	0.6488	0.06	0.1588	-0.2402	-0.0466	-0.0446	-0.1282	0.1128	0.0951	-0.0154	0.0478	0.0162	0.0226	0.0208	-0.0122	0.0586	25.4075	29.7403	0.8653

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 33	1 - 33
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	34 - 178	34 - 178
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	A	179 - 312	179 - 312
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	A	313 - 377	313 - 377
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	A	378 - 457	378 - 457
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	A	458 - 499	458 - 499
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	A	500 - 591	500 - 591
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	A	592 - 697	592 - 697
9	X-RAY DIFFRACTION	9	A	A	698 - 768	698 - 768
10	X-RAY DIFFRACTION	10	A	A	769 - 839	769 - 839

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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