PDB-3bn4: Carboxysome Subunit, CcmK1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 3bn4

タイトル

Carboxysome Subunit, CcmK1

要素

Carbon dioxide-concentrating mechanism protein ccmK homolog 1

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN / hexamer

機能・相同性

機能・相同性情報

structural constituent of carboxysome shell / carboxysome / carbon fixation / photosynthesis
類似検索 - 分子機能

生物種

Synechocystis sp. (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Tanaka, S. / Sawaya, M.R. / Yeates, T.O.

引用

ジャーナル: Science / 年: 2008
タイトル: Atomic-level models of the bacterial carboxysome shell.
著者: Tanaka, S. / Kerfeld, C.A. / Sawaya, M.R. / Cai, F. / Heinhorst, S. / Cannon, G.C. / Yeates, T.O.

履歴

登録	2007年12月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2008年3月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.2	2017年10月25日	Group: Refinement description / カテゴリ: software Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.3	2024年2月21日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	3bn4.cif.gz	117.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb3bn4.ent.gz	92.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	3bn4.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bn/3bn4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bn/3bn4	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2qw7C 2rcfC 2qzm PDB 未公開エントリ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4liw-1 3dn9-d 4qig-1 5l38-1 4qig-2 5dii-1 3cim-1 3cim-2 5dih-2 3h8y-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (9) #165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Carbon dioxide-concentrating mechanism protein ccmK homolog 1

B: Carbon dioxide-concentrating mechanism protein ccmK homolog 1

C: Carbon dioxide-concentrating mechanism protein ccmK homolog 1

D: Carbon dioxide-concentrating mechanism protein ccmK homolog 1

E: Carbon dioxide-concentrating mechanism protein ccmK homolog 1

F: Carbon dioxide-concentrating mechanism protein ccmK homolog 1

ヘテロ分子

80.8 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	120.900, 69.770, 78.010
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 94.610, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	C
3	1	E
1	2	B
2	2	D
3	2	F

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ILE / Beg label comp-ID: ILE / End auth comp-ID: ILE / End label comp-ID: ILE / Refine code: 3 / Auth seq-ID: 3 - 91 / Label seq-ID: 3 - 91

Dom-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	A	A
2	1	C	C
3	1	E	E
1	2	B	B
2	2	D	D
3	2	F	F

NCSアンサンブル:

ID
1
2

#1: タンパク質	Carbon dioxide-concentrating mechanism protein ccmK homolog 1 分子量: 13400.320 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Synechocystis sp. (バクテリア) / 遺伝子: ccmK1 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Gold / 参照: UniProt: P72760
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 104 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.69 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.1M MES, 15% MPD, 0.1M lithium sulfate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.97944 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2007年11月8日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97944 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→90 Å / Num. obs: 43130 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 5.3 % / R_merge(I) obs: 0.128 / Χ²: 1 / Net I/σ(I): 8.3

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2-2.07	4.6	0.515	4224	1.062	1	97.8
2.07-2.15	4.8	0.506	4245	1.022	1	98.2
2.15-2.25	5	0.396	4294	0.996	1	98.4
2.25-2.37	5.1	0.33	4251	1.001	1	98.3
2.37-2.52	5.3	0.246	4327	0.972	1	99
2.52-2.71	5.5	0.199	4317	0.983	1	99.4
2.71-2.99	5.7	0.174	4348	0.983	1	99.7
2.99-3.42	5.8	0.142	4352	1.039	1	99.9
3.42-4.31	5.6	0.113	4406	0.961	1	99.7
4.31-90	5.8	0.102	4366	1.001	1	97.6

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3.5 Å	60.38 Å
Translation	3.5 Å	60.38 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定
REFMAC		精密化
PDB_EXTRACT	3.004	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2→60.3 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.928 / SU B: 9.093 / SU ML: 0.126 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.303 / ESU R Free: 0.229 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25	1455	5 %	RANDOM
R_work	0.203	-	-	-
obs	0.206	29350	67.04 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.816 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.01 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.02 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→60.3 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4132	0	20	104	4256

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.022	4289
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	2826
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.366	1.966	5844
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.928	3	6899
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.252	5	566
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.773	22.727	176
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.656	15	719
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.12	15	43
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	709
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	4788
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	859
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.997	2	2741
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.462	2	1141
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.028	3	4458
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.621	2	1548
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.157	3	1375

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	521	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
1	1	C	521	TIGHT POSITIONAL	0.02	0
1	1	E	521	TIGHT POSITIONAL	0.02	0
1	1	A	573	LOOSE POSITIONAL	0.02	5
1	1	C	573	LOOSE POSITIONAL	0.02	0.01
1	1	E	573	LOOSE POSITIONAL	0.02	0
1	1	A	521	TIGHT THERMAL	0.11	0.5
1	1	C	521	TIGHT THERMAL	0.11	0
1	1	E	521	TIGHT THERMAL	0.1	0
1	1	A	573	LOOSE THERMAL	0.07	10
1	1	C	573	LOOSE THERMAL	0.07	0.02
1	1	E	573	LOOSE THERMAL	0.08	0
2	2	B	517	TIGHT POSITIONAL	0.02	0.05
2	2	D	517	TIGHT POSITIONAL	0.02	0
2	2	F	517	TIGHT POSITIONAL	0.02	0
2	2	B	577	LOOSE POSITIONAL	0.02	5
2	2	D	577	LOOSE POSITIONAL	0.02	0.01
2	2	F	577	LOOSE POSITIONAL	0.02	0
2	2	B	517	TIGHT THERMAL	0.12	0.5
2	2	D	517	TIGHT THERMAL	0.11	0
2	2	F	517	TIGHT THERMAL	0.11	0
2	2	B	577	LOOSE THERMAL	0.08	10
2	2	D	577	LOOSE THERMAL	0.08	0.02
2	2	F	577	LOOSE THERMAL	0.08	0

LS精密化シェル

解像度: 2.001→2.053 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.239	25	-
R_work	0.156	489	-
all	-	514	-
obs	-	-	15.82 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -19.9778 Å / Origin y: 22.7271 Å / Origin z: 24.0935 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.0939 Å²	0.0031 Å²	-0.0068 Å²	-	-0.0671 Å²	-0.0033 Å²	-	-	-0.108 Å²
L	1.0633 °²	-0.1175 °²	-0.0055 °²	-	1.076 °²	0.0219 °²	-	-	0.4959 °²
S	-0.0171 Å °	-0.0882 Å °	0.0297 Å °	0.0803 Å °	0.0039 Å °	0.0058 Å °	-0.0078 Å °	-0.002 Å °	0.0132 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	3 - 92	3 - 92
2	X-RAY DIFFRACTION	1	B	B	3 - 92	3 - 92
3	X-RAY DIFFRACTION	1	C	C	3 - 92	3 - 92
4	X-RAY DIFFRACTION	1	D	D	3 - 92	3 - 92
5	X-RAY DIFFRACTION	1	E	E	3 - 92	3 - 92
6	X-RAY DIFFRACTION	1	F	F	3 - 92	3 - 92

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