[日本語] English
万見
- PDB-3bmw: Cyclodextrin glycosyl transferase from Thermoanerobacterium therm... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bmw
タイトルCyclodextrin glycosyl transferase from Thermoanerobacterium thermosulfurigenes EM1 mutant S77P complexed with a maltoheptaose inhibitor
要素Cyclomaltodextrin glucanotransferase
キーワードTRANSFERASE / glycosidase / thermostable / family 13 glycosyl hydrolas / ligand / substrate / acarbose / Glycosyltransferase / Metal-binding / Secreted
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclomaltodextrin glucanotransferase / cyclomaltodextrin glucanotransferase activity / starch binding / alpha-amylase activity / carbohydrate metabolic process / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Carbohydrate binding module family 20 / Starch binding domain / CBM20 (carbohydrate binding type-20) domain profile. / Starch binding domain / Carbohydrate-binding-like fold / Alpha-amylase, C-terminal domain / Aamy_C / Alpha-amylase/branching enzyme, C-terminal all beta / Alpha amylase, C-terminal all-beta domain / Alpha amylase ...Carbohydrate binding module family 20 / Starch binding domain / CBM20 (carbohydrate binding type-20) domain profile. / Starch binding domain / Carbohydrate-binding-like fold / Alpha-amylase, C-terminal domain / Aamy_C / Alpha-amylase/branching enzyme, C-terminal all beta / Alpha amylase, C-terminal all-beta domain / Alpha amylase / IPT/TIG domain / IPT domain / Alpha amylase, catalytic domain / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases / Immunoglobulin E-set / Glycoside hydrolase superfamily / Immunoglobulins / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-maltose / alpha-maltotriose / Chem-ACI / Cyclomaltodextrin glucanotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermoanaerobacterium thermosulfurigenes (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Rozeboom, H.J. / van Oosterwijk, N. / Dijkstra, B.W.
引用
ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2008
タイトル: Elimination of competing hydrolysis and coupling side reactions of a cyclodextrin glucanotransferase by directed evolution.
著者: Kelly, R.M. / Leemhuis, H. / Rozeboom, H.J. / van Oosterwijk, N. / Dijkstra, B.W. / Dijkhuizen, L.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1998
タイトル: Engineering of cyclodextrin product specificity and pH optima of the thermostable cyclodextrin glycosyltransferase from Thermoanaerobacterium thermosulfurigenes EM1
著者: Wind, R.D. / Uitdehaag, J.C.M. / Buitelaar, R.M. / Dijkstra, B.W. / Dijkhuizen, L.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996
タイトル: Crystal structure at 2.3 A resolution and revised nucleotide sequence of the thermostable cyclodextrin glycosyltransferase from Thermonanaerobacterium thermosulfurigenes EM1
著者: Knegtel, R.M.A. / Wind, R.D. / Rozeboom, H.J. / Kalk, K.H. / Buitelaar, R.M. / Dijkhuizen, L. / Dijkstra, B.W.
履歴
登録2007年12月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 2.02017年10月25日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / pdbx_distant_solvent_atoms / struct_conn
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.pdbx_synonyms / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id
改定 3.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.12021年11月10日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 3.22023年11月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 3.32023年11月29日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_database_related / Item: _pdbx_database_related.db_name

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Cyclomaltodextrin glucanotransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,97517
ポリマ－75,5081
非ポリマー2,46716
水20,8071155
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.791, 96.582, 115.241
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Cyclomaltodextrin glucanotransferase / Cyclodextrin-glycosyltransferase / CGTase


分子量: 75508.109 Da / 分子数: 1 / 変異: S77P / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermoanaerobacterium thermosulfurigenes (バクテリア)
株: EM1 / 遺伝子: amyA / プラスミド: PCSCGT-TT / 発現宿主: Bacillus subtilis (枯草菌) / 株 (発現宿主): DB104A
参照: UniProt: P26827, cyclomaltodextrin glucanotransferase

-
糖 , 3種, 3分子

#2: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 alpha-D-quinovopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 488.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DQuipa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1a_1-5][a2122m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-4,6-deoxy-Glcp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltotriose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 504.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltotriose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,3,2/[a2122h-1a_1-5]/1-1-1/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 6種, 1168分子

#5: 化合物 ChemComp-ACI / 6-AMINO-4-HYDROXYMETHYL-CYCLOHEX-4-ENE-1,2,3-TRIOL / バリエナミン


分子量: 175.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C7H13NO4 / コメント: 抗生剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#8: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#9: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1155 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.77 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: 20% Ammonium sulfate, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.931 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2007年9月23日 / 詳細: Toroidal mirror
放射モノクロメーター: Diamond (111), Ge(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→49.5 Å / Num. all: 102676 / Num. obs: 102676 / % possible obs: 94.2 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 11.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Rsym value: 0.115 / Net I/σ(I): 11.6
反射 シェル解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.19 / Mean I/σ(I) obs: 3.6 / Num. unique all: 11370 / Rsym value: 0.223 / % possible all: 72.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.3.0022精密化
ADSCQuantumデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 1A47

1a47


解像度: 1.6→49.48 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 2.142 / SU ML: 0.041 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.074 / ESU R Free: 0.072 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16512 5138 5 %RANDOM
Rwork0.14429 ---
obs0.14535 102676 94.1 %-
all-102676 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 12.246 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.14 Å20 Å20 Å2
2--0.09 Å20 Å2
3---0.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→49.48 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5334 0 154 1155 6643
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0225682
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0761.9477755
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8365706
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.10924.677263
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.94915824
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.2761520
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0720.2872
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.024339
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1850.22702
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3070.24014
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.0980.2977
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0090.21
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1520.244
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.180.245
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3531.53496
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.57525564
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.98832516
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.3594.52181
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.642 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.206 262 -
Rwork0.157 5152 -
obs--67.81 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3304-0.03370.02730.5577-0.01150.19990.00780.0141-0.0425-0.0187-0.0223-0.01320.05660.01840.01450.0692-0.00030.00460.04750.00410.066750.3467-6.588116.3135
20.4754-0.21510.20760.5581-0.07220.44330.02750.0335-0.0628-0.0678-0.01410.05140.0418-0.0301-0.01340.0605-0.00870.00110.0526-0.00390.054536.17380.02849.5929
30.2667-0.08690.10290.3008-0.09050.5093-0.0043-0.012-0.0560.0119-0.01570.05690.0021-0.02710.020.0506-0.0029-0.00010.0503-0.00160.065733.52428.129918.2225
41.4659-0.0587-0.38720.0855-0.14160.46870.02060.00530.1271-0.0013-0.0102-0.014-0.03160.0246-0.01040.0527-0.0049-0.00250.04920.00290.066852.831920.854513.4105
50.43530.05940.03270.17120.08840.3929-0.0058-0.03630.01940.00940.0143-0.0281-0.00680.0979-0.00860.0491-0.001-0.00010.07270.00710.058266.443613.054321.3324
61.4787-0.37750.40750.7477-0.04291.3468-0.017-0.15170.0090.10980.0304-0.0371-0.013-0.0373-0.01340.0497-0.0001-0.00510.05170.00340.037643.267617.575841.2548
71.8685-0.20490.87670.514-0.19831.2195-0.0906-0.14810.06480.08920.044-0.0165-0.1004-0.03180.04660.0690.015-0.00350.0574-0.0240.034941.389621.597739.123
80.2613-0.07440.05080.5774-0.12591.02310.01690.00890.0311-0.0113-0.0184-0.0008-0.0120.03360.00150.04530.0047-0.00130.06270.00410.066225.054528.884514.4528
90.7882-0.25480.04422.8213-0.49541.67230.0041-0.00560.056-0.0099-0.0079-0.0537-0.1130.02350.00380.03830.0031-0.0070.0652-0.00720.07119.888831.709716.6821
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 681 - 68
2X-RAY DIFFRACTION2AA69 - 19369 - 193
3X-RAY DIFFRACTION3AA194 - 257194 - 257
4X-RAY DIFFRACTION4AA258 - 315258 - 315
5X-RAY DIFFRACTION5AA316 - 499316 - 499
6X-RAY DIFFRACTION6AA500 - 541500 - 541
7X-RAY DIFFRACTION7AA542 - 582542 - 582
8X-RAY DIFFRACTION8AA583 - 650583 - 650
9X-RAY DIFFRACTION9AA651 - 683651 - 683

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る