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Yorodumi- PDB-3blz: Crystal structure of a ntf2-like protein of unknown function (sba... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3blz | ||||||
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Title | Crystal structure of a ntf2-like protein of unknown function (sbal_0622) from shewanella baltica os155 at 1.75 A resolution | ||||||
Components | NTF2-like protein of unknown function | ||||||
Keywords | UNKNOWN FUNCTION / Structural genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-2 | ||||||
Function / homology | Putative lumazine-binding / Putative lumazine-binding / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #50 / NTF2-like domain superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Uncharacterized protein Function and homology information | ||||||
Biological species | Shewanella baltica (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MAD / Resolution: 1.75 Å | ||||||
Authors | Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
Citation | Journal: To be published Title: Crystal structure of a NTF2-like protein of unknown function (YP_001049020.1) from Shewanella baltica OS155 at 1.75 A resolution Authors: Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
History |
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Remark 999 | SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS ... SEQUENCE THE CONSTRUCT WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE. |
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3blz.cif.gz | 322.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3blz.ent.gz | 268.7 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3blz.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3blz_validation.pdf.gz | 535.7 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3blz_full_validation.pdf.gz | 544.3 KB | Display | |
Data in XML | 3blz_validation.xml.gz | 67 KB | Display | |
Data in CIF | 3blz_validation.cif.gz | 93.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bl/3blz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/bl/3blz | HTTPS FTP |
-Related structure data
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-Assembly
Deposited unit |
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Unit cell |
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Noncrystallographic symmetry (NCS) | NCS domain:
NCS domain segments: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg label comp-ID: ASN / End label comp-ID: PRO / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 3 - 125 / Label seq-ID: 4 - 126
|
-Components
#1: Protein | Mass: 14062.471 Da / Num. of mol.: 12 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Shewanella baltica (bacteria) / Strain: OS155 / Gene: YP_001049020.1, Sbal_0622 / Plasmid: SpeedET / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): HK100 / References: UniProt: A3D088 #2: Chemical | ChemComp-EDO / #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.35 Å3/Da / Density % sol: 47.69 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.6 Details: NANODROP, 20.0% 2-propanol, 20.0% PEG 4000, 0.1M Citric acid pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ALS / Beamline: 8.2.1 / Wavelength: 1.0000, 0.9796 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315 / Detector: CCD / Date: Sep 15, 2007 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: Double crystal Si(111) / Protocol: MAD / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength |
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Reflection | Resolution: 1.75→29.348 Å / Num. obs: 126809 / % possible obs: 81.7 % / Redundancy: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.042 / Rsym value: 0.042 / Net I/σ(I): 11.9 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: MAD |
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MAD / Resolution: 1.75→29.348 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 4.559 / SU ML: 0.073 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.128 / ESU R Free: 0.123 Stereochemistry target values: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES Details: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN ...Details: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORD CONTAINS RESIDUAL B FACTORS ONLY. 3. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 TO ACCOUNT FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 4. PEG 4000 FRAGMENTS (PEG) FROM CRYSTALLIZATION CONDITIONS AND ETHYLENE GLYCOL (EDO) FROM CRYO CONDITIONS ARE MODELED IN THE STRUCTURE. 5. THE NOMINAL RESOLUTION IS 1.90 A WITH 16060 OBSERVED REFLECTIONS BETWEEN 1.90-1.75 (47.4% COMPLETE FOR THIS SHELL) INCLUDED IN THE REFINEMENT.
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Solvent computation | Ion probe radii: 0.8 Å / Shrinkage radii: 0.8 Å / VDW probe radii: 1.4 Å / Solvent model: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 16.81 Å2
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.75→29.348 Å
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Refine LS restraints |
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Refine LS restraints NCS | Ens-ID: 1 / Number: 1377 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS refinement shell | Resolution: 1.75→1.79 Å / Total num. of bins used: 20
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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