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万見
- PDB-3blx: Yeast Isocitrate Dehydrogenase (Apo Form) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3blx
タイトルYeast Isocitrate Dehydrogenase (Apo Form)
要素
  • Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit 1
  • Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / TCA cycle / oxidative metabolism / allostery / dehydrogenase / decarboxylase / Allosteric enzyme / Magnesium / Manganese / Metal-binding / Mitochondrion / NAD / RNA-binding / Transit peptide / Tricarboxylic acid cycle / Phosphoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


Citric acid cycle (TCA cycle) / : / isocitrate dehydrogenase (NAD+) / isocitrate dehydrogenase (NAD+) activity / glutamate biosynthetic process / isocitrate metabolic process / mitochondrial nucleoid / tricarboxylic acid cycle / mitochondrial intermembrane space / NAD binding ...Citric acid cycle (TCA cycle) / : / isocitrate dehydrogenase (NAD+) / isocitrate dehydrogenase (NAD+) activity / glutamate biosynthetic process / isocitrate metabolic process / mitochondrial nucleoid / tricarboxylic acid cycle / mitochondrial intermembrane space / NAD binding / mitochondrial matrix / magnesium ion binding / mitochondrion / RNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Isocitrate dehydrogenase NAD-dependent / Isopropylmalate Dehydrogenase / Isopropylmalate Dehydrogenase / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase, conserved site / Isocitrate and isopropylmalate dehydrogenases signature. / Isopropylmalate dehydrogenase-like domain / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit 2, mitochondrial / Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit 1, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Taylor, A.B. / Hu, G. / Hart, P.J. / McAlister-Henn, L.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Allosteric Motions in Structures of Yeast NAD+-specific Isocitrate Dehydrogenase.
著者: Taylor, A.B. / Hu, G. / Hart, P.J. / McAlister-Henn, L.
履歴
登録2007年12月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit 1
B: Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit 2
C: Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit 1
D: Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit 2
E: Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit 1
F: Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit 2
G: Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit 1
H: Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit 2
I: Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit 1
J: Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit 2
K: Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit 1
L: Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit 2
M: Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit 1
N: Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit 2
O: Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit 1
P: Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)607,32316
ポリマ－607,32316
非ポリマー00
水00
1
A: Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit 1
B: Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit 2
C: Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit 1
D: Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit 2
E: Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit 1
F: Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit 2
G: Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit 1
H: Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)303,6628
ポリマ－303,6628
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
I: Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit 1
J: Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit 2
K: Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit 1
L: Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit 2
M: Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit 1
N: Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit 2
O: Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit 1
P: Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)303,6628
ポリマ－303,6628
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit 1
B: Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit 2
C: Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit 1
D: Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,8314
ポリマ－151,8314
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9900 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area51910 Å2
手法PISA
4
E: Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit 1
F: Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit 2
G: Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit 1
H: Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,8314
ポリマ－151,8314
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10060 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area51580 Å2
手法PISA
5
I: Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit 1
J: Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit 2
K: Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit 1
L: Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,8314
ポリマ－151,8314
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9910 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area51490 Å2
手法PISA
6
M: Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit 1
N: Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit 2
O: Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit 1
P: Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,8314
ポリマ－151,8314
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10020 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area50450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.444, 115.208, 159.247
Angle α, β, γ (deg.)111.03, 96.08, 107.13
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit 1 / EC 1.1.1.41 / Isocitric dehydrogenase / NAD(+)-specific ICDH


分子量: 38076.352 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: IDH1 / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P28834, isocitrate dehydrogenase (NAD+)
#2: タンパク質
Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit 2 / EC 1.1.1.41 / Isocitric dehydrogenase / NAD(+)-specific ICDH


分子量: 37839.027 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: IDH2 / プラスミド: pET15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P28241, isocitrate dehydrogenase (NAD+)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.21 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 16% polyethylene glycol 3350, 0.13 M potassium sulfate, 0.2 M trimethylamine-N-oxide, 15% propanediol, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年11月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 185029 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 71.3 Å2 / Rsym value: 0.078 / Net I/σ(I): 13.7
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 18017 / Rsym value: 0.554 / % possible all: 94.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3BLV

3blv


解像度: 2.7→35.739 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2643 9219 5.03 %random
Rwork0.2394 ---
obs0.2407 183432 96.48 %-
原子変位パラメータBiso mean: 58.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-33.2784 Å2-0.6078 Å21.0639 Å2
2--37.3134 Å2-2.0874 Å2
3---18.834 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→35.739 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数41336 0 0 0 41336
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_deg1.275
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.7307 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3938 300 -
Rwork0.3482 --
obs-5900 97.38 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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