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万見
- PDB-3blv: Yeast Isocitrate Dehydrogenase with Citrate Bound in the Regulato... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3blv
タイトルYeast Isocitrate Dehydrogenase with Citrate Bound in the Regulatory Subunits
要素
  • Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit 1
  • Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / TCA cycle / oxidative metabolism / allostery / dehydrogenase / decarboxylase / Allosteric enzyme / Magnesium / Manganese / Metal-binding / Mitochondrion / NAD / RNA-binding / Transit peptide / Tricarboxylic acid cycle / Phosphoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


Citric acid cycle (TCA cycle) / : / isocitrate dehydrogenase (NAD+) / isocitrate dehydrogenase (NAD+) activity / glutamate biosynthetic process / isocitrate metabolic process / mitochondrial nucleoid / tricarboxylic acid cycle / mitochondrial intermembrane space / NAD binding ...Citric acid cycle (TCA cycle) / : / isocitrate dehydrogenase (NAD+) / isocitrate dehydrogenase (NAD+) activity / glutamate biosynthetic process / isocitrate metabolic process / mitochondrial nucleoid / tricarboxylic acid cycle / mitochondrial intermembrane space / NAD binding / mitochondrial matrix / magnesium ion binding / mitochondrion / RNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Isocitrate dehydrogenase NAD-dependent / Isopropylmalate Dehydrogenase / Isopropylmalate Dehydrogenase / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase, conserved site / Isocitrate and isopropylmalate dehydrogenases signature. / Isopropylmalate dehydrogenase-like domain / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase / Isocitrate/isopropylmalate dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRATE ANION / Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit 2, mitochondrial / Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit 1, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散, 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Taylor, A.B. / Hu, G. / Hart, P.J. / McAlister-Henn, L.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Allosteric Motions in Structures of Yeast NAD+-specific Isocitrate Dehydrogenase.
著者: Taylor, A.B. / Hu, G. / Hart, P.J. / McAlister-Henn, L.
履歴
登録2007年12月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit 1
B: Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit 2
C: Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit 1
D: Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit 2
E: Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit 1
F: Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit 2
G: Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit 1
H: Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)309,05712
ポリマ－308,3008
非ポリマー7564
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit 1
B: Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit 2
C: Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit 1
D: Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,5286
ポリマ－154,1504
非ポリマー3782
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11540 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area51110 Å2
手法PISA
3
E: Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit 1
F: Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit 2
G: Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit 1
H: Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)154,5286
ポリマ－154,1504
非ポリマー3782
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11480 Å2
ΔGint-77 kcal/mol
Surface area51240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)256.899, 112.949, 125.616
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.67, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit 1 / Isocitric dehydrogenase / NAD(+)-specific ICDH


分子量: 39095.336 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: IDH1 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: P28834, isocitrate dehydrogenase (NAD+)
#2: タンパク質
Isocitrate dehydrogenase [NAD] subunit 2 / Isocitric dehydrogenase / NAD(+)-specific ICDH


分子量: 37979.711 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: IDH2 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) / 参照: UniProt: P28241, isocitrate dehydrogenase (NAD+)
#3: 化合物
ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.56 % / 解説: THE STRUCTURE FACTOR FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5
詳細: 1.1 M sodium citrate, 0.1 M CHES, 15% ethylene glycol, pH 9.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.9791, 0.9796
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月7日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97911
20.97961
反射解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 109531 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 68.6 Å2 / Rsym value: 0.101 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル解像度: 3.2→3.31 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 11104 / Rsym value: 0.556 / % possible all: 97.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
SHARP位相決定
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散, 分子置換
開始モデル: PDB entry 1WPW

1wpw


解像度: 3.2→49.346 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / 詳細: THE FRIEDEL PAIRS WERE USED FOR PHASING
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2649 5439 5.08 %random
Rwork0.2212 ---
obs0.2235 107063 95.96 %-
原子変位パラメータBiso mean: 73.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--12.337 Å20 Å2-6.8859 Å2
2--33.573 Å20 Å2
3----18.5302 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→49.346 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20801 0 52 0 20853
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_deg1.149
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.2364 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3387 167 -
Rwork0.3234 --
obs-3635 96.92 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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