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万見
- PDB-3bkf: Zinc-bound C-terminal Domain of NikR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bkf
タイトルZinc-bound C-terminal Domain of NikR
要素Nickel-responsive regulator
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / NikR / nickel regulatory protein / transcription factor / beta sandwich / DNA-binding / Metal-binding / Repressor / Transcription regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of DNA-templated transcription initiation / response to nickel cation / DNA-binding transcription repressor activity / nickel cation binding / core promoter sequence-specific DNA binding / protein-DNA complex / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / regulation of DNA-templated transcription ...negative regulation of DNA-templated transcription initiation / response to nickel cation / DNA-binding transcription repressor activity / nickel cation binding / core promoter sequence-specific DNA binding / protein-DNA complex / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / transcription cis-regulatory region binding / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Nickel-responsive transcriptional regulator NikR, proteobacteria / Transcription factor, NikR, nickel binding C-terminal / Nickel-responsive transcriptional regulator NikR / : / NikR C terminal nickel binding domain / ACT-like. Chain A, domain 2 / Acetolactate synthase/Transcription factor NikR, C-terminal / Ribbon-helix-helix protein, CopG / Ribbon-helix-helix protein, copG family / Arc-type ribbon-helix-helix ...Nickel-responsive transcriptional regulator NikR, proteobacteria / Transcription factor, NikR, nickel binding C-terminal / Nickel-responsive transcriptional regulator NikR / : / NikR C terminal nickel binding domain / ACT-like. Chain A, domain 2 / Acetolactate synthase/Transcription factor NikR, C-terminal / Ribbon-helix-helix protein, CopG / Ribbon-helix-helix protein, copG family / Arc-type ribbon-helix-helix / Ribbon-helix-helix / ACT-like domain / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Nickel-responsive regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Phillips, C.M. / Schreiter, E.R. / Drennan, C.L.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2008
タイトル: Structural Basis of the Metal Specificity for Nickel Regulatory Protein NikR.
著者: Phillips, C.M. / Schreiter, E.R. / Guo, Y. / Wang, S.C. / Zamble, D.B. / Drennan, C.L.
履歴
登録2007年12月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02008年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22017年10月11日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell / Item: _reflns_shell.percent_possible_all
改定 1.32023年8月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nickel-responsive regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,8563
ポリマ－9,7251
非ポリマー1312
水39622
1
A: Nickel-responsive regulator
ヘテロ分子

A: Nickel-responsive regulator
ヘテロ分子

A: Nickel-responsive regulator
ヘテロ分子

A: Nickel-responsive regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,42312
ポリマ－38,8994
非ポリマー5238
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_455-x+y-1,y,-z1
crystal symmetry operation4_455-x-1,-y,z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
Buried area5640 Å2
手法PISA
2
A: Nickel-responsive regulator
ヘテロ分子

A: Nickel-responsive regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,7116
ポリマ－19,4502
非ポリマー2624
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_455-x+y-1,y,-z1
Buried area1830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.220, 46.220, 124.900
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number180
Space group name H-MP6222
詳細Biological unit is a tetramer generated from the monomer in the asymmetric unit and is of the same tetrameric organization as in other C-terminal NikR structures.

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要素

#1: タンパク質 Nickel-responsive regulator


分子量: 9724.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: nikR / プラスミド: pET28 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A6Z6
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.88 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1M Bis-Tris, 0.2M Ammonium Sulfate, 25% w/v PEG 3350, pH 6.0, vapor diffusion, hanging drop, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 1.2829, 1.0
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年7月9日
放射モノクロメーター: Si 111 Double-crystal monochrometer
プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.28291
211
反射解像度: 1.9→40 Å / Num. obs: 6755 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 9.8 % / Rsym value: 0.52 / Net I/σ(I): 28.1
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 6 % / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique all: 957 / Rsym value: 0.345

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALAdata processing
CNS精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
HKL-2000データ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CNS位相決定
精密化開始モデル: MONOMER OF PDB 1Q5Y

1q5y


解像度: 1.9→40 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.273 564 4.8 %RANDOM
Rwork0.25 ---
all0.251 6789 --
obs0.251 6755 99.3 %-
溶媒の処理Bsol: 59.007 Å2
原子変位パラメータBiso mean: 45.545 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.155 Å2-2.315 Å20 Å2
2--2.155 Å20 Å2
3----4.311 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数508 0 2 22 532
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.2011.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.2982
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.632
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.7672.5
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.9 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.273 564 -
Rwork0.249 --
obs-11703 99.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1CNS_TOPPAR:protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2CNS_TOPPAR:ion.param
X-RAY DIFFRACTION3CNS_TOPPAR:water_rep.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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