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- PDB-3bkc: Crystal structure of anti-amyloid beta FAB WO2 (P21, FormB) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bkc
タイトルCrystal structure of anti-amyloid beta FAB WO2 (P21, FormB)
要素
  • WO2 IgG2a Fab fragment Heavy Chain
  • WO2 IgG2a Fab fragment Light Chain Kappa
キーワードIMMUNE SYSTEM / Abeta / amyloid beta peptide / Fab / WO2 / alzheimer's disease / immunotherapies / APP
機能・相同性
機能・相同性情報


immunoglobulin complex / immunoglobulin mediated immune response / antigen binding / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type ...: / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
If kappa light chain / Ig heavy chain Mem5
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Miles, L.A. / Wun, K.S. / Crespi, G.A. / Fodero-Tavoletti, M. / Galatis, D. / Bageley, C.J. / Beyreuther, K. / Masters, C.L. / Cappai, R. / McKinstry, W.J. ...Miles, L.A. / Wun, K.S. / Crespi, G.A. / Fodero-Tavoletti, M. / Galatis, D. / Bageley, C.J. / Beyreuther, K. / Masters, C.L. / Cappai, R. / McKinstry, W.J. / Barnham, K.J. / Parker, M.W.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2008
タイトル: Amyloid-beta-anti-amyloid-beta complex structure reveals an extended conformation in the immunodominant B-cell epitope.
著者: Miles, L.A. / Wun, K.S. / Crespi, G.A. / Fodero-Tavoletti, M.T. / Galatis, D. / Bagley, C.J. / Beyreuther, K. / Masters, C.L. / Cappai, R. / McKinstry, W.J. / Barnham, K.J. / Parker, M.W.
履歴
登録2007年12月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: WO2 IgG2a Fab fragment Light Chain Kappa
H: WO2 IgG2a Fab fragment Heavy Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,6783
ポリマ－52,6552
非ポリマー231
水6,557364
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3900 Å2
ΔGint-31.1 kcal/mol
Surface area20190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)40.404, 111.164, 53.090
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.780, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体 WO2 IgG2a Fab fragment Light Chain Kappa


分子量: 27817.248 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: hybridoma / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: balb/c / 参照: UniProt: A2NHM3*PLUS
#2: 抗体 WO2 IgG2a Fab fragment Heavy Chain


分子量: 24837.916 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: hybridoma / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / 株: balb/c / 参照: UniProt: P84751*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 364 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.07 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 100 mM MES, 25% (v/v) PEG 550 MME, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.97937 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年6月20日
詳細: Si(111) Double Crystal Monochrometer. Adjustable focusing mirrors in K-B geometry
放射モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97937 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→51.571 Å / Num. all: 35794 / Num. obs: 33358 / % possible obs: 93.194 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.164 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / Num. unique all: 3538 / % possible all: 68.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.2.0019精密化
PDB_EXTRACT3.004データ抽出
Blu-Iceデータ収集
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化解像度: 1.9→51.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.911 / SU B: 3.141 / SU ML: 0.096 / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.169 / ESU R Free: 0.161 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.236 1668 5 %RANDOM
Rwork0.179 ---
all0.198 35794 --
obs0.182 33358 93.21 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 16.748 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→51.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3414 0 1 364 3779
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0223501
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022356
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.681.9524770
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9823.0035743
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1625440
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.06223.478138
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.38415567
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg22.3621519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.110.2543
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023869
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02709
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2050.2570
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.210.22380
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1790.21643
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.090.21913
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1690.2287
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.6480.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.4430.220
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.310.244
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2170.222
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined0.2970.22
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.081.52201
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2761.5888
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.94823586
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.91631360
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.3124.51184
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.249 83 -
Rwork0.194 1597 -
all-1680 -
obs-1680 63.81 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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