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- PDB-3bk3: Crystal structure of the complex of BMP-2 and the first Von Wille... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3bk3
タイトルCrystal structure of the complex of BMP-2 and the first Von Willebrand domain type C of Crossveinless-2
要素
  • Bone morphogenetic protein 2
  • Crossveinless 2
キーワードHormone/growth Factor / TGF-beta superfamily / BMP modulator proteins / Chordin / BMP inhibitor / Chondrogenesis / Cleavage on pair of basic residues / Cytokine / Developmental protein / Differentiation / Glycoprotein / Growth factor / Osteogenesis / Polymorphism / Secreted / Hormone-growth Factor COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


otic placode formation / cardiac atrium formation / cardiocyte differentiation / negative regulation of calcium-independent cell-cell adhesion / cardiac jelly development / negative regulation of aldosterone biosynthetic process / negative regulation of cortisol biosynthetic process / atrioventricular canal morphogenesis / mesenchymal cell proliferation involved in ureteric bud development / embryonic heart tube anterior/posterior pattern specification ...otic placode formation / cardiac atrium formation / cardiocyte differentiation / negative regulation of calcium-independent cell-cell adhesion / cardiac jelly development / negative regulation of aldosterone biosynthetic process / negative regulation of cortisol biosynthetic process / atrioventricular canal morphogenesis / mesenchymal cell proliferation involved in ureteric bud development / embryonic heart tube anterior/posterior pattern specification / negative regulation of steroid biosynthetic process / positive regulation of extracellular matrix constituent secretion / regulation of odontogenesis of dentin-containing tooth / endodermal-mesodermal cell signaling / negative regulation of cardiac muscle cell differentiation / corticotropin hormone secreting cell differentiation / negative regulation of insulin-like growth factor receptor signaling pathway / thyroid-stimulating hormone-secreting cell differentiation / aortic valve development / positive regulation of phosphatase activity / mesenchyme development / ameloblast differentiation / telencephalon regionalization / neural crest formation / positive regulation of cartilage development / proteoglycan metabolic process / positive regulation of odontogenesis / heart induction / positive regulation of peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / mesenchymal cell differentiation / pericardium development / lung vasculature development / BMP receptor complex / regulation of BMP signaling pathway / co-receptor binding / telencephalon development / BMP receptor binding / cardiac epithelial to mesenchymal transition / endocardial cushion formation / positive regulation of odontoblast differentiation / positive regulation of bone mineralization involved in bone maturation / phosphatase activator activity / Transcriptional regulation by RUNX2 / positive regulation of astrocyte differentiation / cellular response to BMP stimulus / Signaling by BMP / cardiac muscle cell differentiation / cardiac muscle tissue morphogenesis / astrocyte differentiation / positive regulation of ossification / dorsal/ventral pattern formation / extracellular matrix binding / atrioventricular valve morphogenesis / Molecules associated with elastic fibres / positive regulation of p38MAPK cascade / endocardial cushion morphogenesis / branching involved in ureteric bud morphogenesis / bone mineralization / negative regulation of fat cell differentiation / odontogenesis of dentin-containing tooth / blood vessel development / positive regulation of osteoblast proliferation / cellular response to organic cyclic compound / positive regulation of SMAD protein signal transduction / inner ear development / hemopoiesis / positive regulation of Wnt signaling pathway / negative regulation of cell cycle / epithelial to mesenchymal transition / cell fate commitment / positive regulation of fat cell differentiation / BMP signaling pathway / regulation of angiogenesis / chondrocyte differentiation / positive regulation of osteoblast differentiation / positive regulation of bone mineralization / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / negative regulation of MAP kinase activity / Notch signaling pathway / positive regulation of neuron differentiation / extracellular matrix / osteoclast differentiation / protein serine/threonine kinase activator activity / skeletal system development / cytokine activity / animal organ morphogenesis / response to bacterium / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / protein destabilization / growth factor activity / bone development / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / positive regulation of miRNA transcription / osteoblast differentiation / Regulation of RUNX2 expression and activity / positive regulation of protein binding / cell-cell signaling / heart development
類似検索 - 分子機能
Defensin A-like - #20 / : / Defensin A-like / : / Uncharacterised domain, cysteine-rich / C8 / von Willebrand factor, type D domain / von Willebrand factor type D domain / VWFD domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type D domain ...Defensin A-like - #20 / : / Defensin A-like / : / Uncharacterised domain, cysteine-rich / C8 / von Willebrand factor, type D domain / von Willebrand factor type D domain / VWFD domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type D domain / Trypsin Inhibitor-like, cysteine rich domain / Serine protease inhibitor-like superfamily / Trypsin Inhibitor like cysteine rich domain / von Willebrand factor type C domain / TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. / Transforming growth factor-beta-related / VWFC domain signature. / Transforming growth factor-beta (TGF-beta) family / VWFC domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type C domain / VWFC domain / Transforming growth factor-beta, C-terminal / Transforming growth factor beta like domain / TGF-beta family profile. / Cystine Knot Cytokines, subunit B / Cystine-knot cytokines / Other non-globular / Cystine-knot cytokine / Special / Ribbon / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Bone morphogenetic protein 2 / Crossveinless 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Mueller, T.D. / Sebald, W. / Zhang, J.-L.
引用ジャーナル: Dev.Cell / 年: 2008
タイトル: Crystal structure analysis reveals how the Chordin family member crossveinless 2 blocks BMP-2 receptor binding
著者: Zhang, J.-L. / Qiu, L.-Y. / Kotzsch, A. / Weidauer, S. / Patterson, L. / Hammerschmidt, M. / Sebald, W. / Mueller, T.D.
履歴
登録2007年12月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02008年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22021年11月10日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bone morphogenetic protein 2
B: Bone morphogenetic protein 2
C: Crossveinless 2
D: Crossveinless 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,1364
ポリマ－40,1364
非ポリマー00
水84747
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5790 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area19510 Å2
手法PISA
2
A: Bone morphogenetic protein 2
C: Crossveinless 2

B: Bone morphogenetic protein 2
D: Crossveinless 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,1364
ポリマ－40,1364
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_545-y,x-1/2,z+1/41
Buried area4170 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area21140 Å2
手法PISA
3
A: Bone morphogenetic protein 2
C: Crossveinless 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,0682
ポリマ－20,0682
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1380 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area11180 Å2
手法PISA
4
B: Bone morphogenetic protein 2
D: Crossveinless 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,0682
ポリマ－20,0682
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1410 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area11330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.750, 83.750, 139.850
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number80
Space group name H-MI41

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要素

#1: タンパク質 Bone morphogenetic protein 2 / BMP-2 / BMP-2A


分子量: 12875.898 Da / 分子数: 2 / 変異: F41M, Y91M / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BMP2, BMP2A / プラスミド: pN25C109 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P12643
#2: タンパク質 Crossveinless 2


分子量: 7192.293 Da / 分子数: 2 / Fragment: VWC1 CV-2, VWC domain 1, UNP residues 28-93 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ)
遺伝子: crossveinless-2 / プラスミド: pET32a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5D734
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 47 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
配列の詳細THIS COORDINATES IN CHAINS C AND D ARE USED NON-SEQUENTIAL RESIDUE NUMBERING. SINCE RESIDUE -1 IS A ...THIS COORDINATES IN CHAINS C AND D ARE USED NON-SEQUENTIAL RESIDUE NUMBERING. SINCE RESIDUE -1 IS A EXPRESSION TAG, IT HAS BEEN GIVEN A NEGATIVE NUMBER. 0(ZERO) WAS SIMPLY SKIPPED IN THE NUMBERING.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.74 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 2.2M ammonium phosphate, 0.1M Tris pH 7.5, 8% glycerol, 5% sucrose, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9799, 0.9796, 0.9079
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月15日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si-111 crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97991
20.97961
30.90791
反射解像度: 2.7→40.7 Å / Num. all: 13231 / Num. obs: 13191 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 40 Å2 / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / 冗長度: 3.2 % / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 1303 / Rsym value: 0.342 / % possible all: 99.7

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解析

ソフトウェア
名称分類
MAR345dtbデータ収集
SHARP位相決定
REFMAC精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.7→40 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.245 652 -Random
Rwork0.203 ---
all0.205 13230 --
obs0.205 13191 5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 56.2 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.313 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2588 0 0 47 2635
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.603
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.829
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.77 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.359 45 -
Rwork0.29 --
obs-755 100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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